Pagrindinis augalų ir gyvūnų DNR ekstrahavimo skirtumas yra tas, kad augalų DNR ekstrahavimo metu būtina sulaužyti ląstelės sienelę sumalant audinį sausame lede arba skystame azote, kad išskiriant gyvūnų DNR išskirtų ląstelių turinį., šio veiksmo atlikti nebūtina, nes gyvūnų ląstelės neturi ląstelės sienelės.
Genominė DNR yra augalų ir gyvūnų ląstelių genetinė medžiaga. Genominė DNR yra unikali kiekvienam augalui ar gyvūnui. Geros kokybės DNR išskyrimas yra būtina molekulinių tyrimų sąlyga. Organizmų DNR išgaunama siekiant identifikuoti, diagnozuoti ligas, nustatyti specifinius genus ir sekas, teismo ekspertizės tikslais, tirti tėvystę, nustatyti genomo seką, kurti vaistus ir kt. DNR ekstrahavimo metodas skiriasi priklausomai nuo ląstelių tipo – ar tai gyvūno, ar augalo ląstelė.
Kas yra augalų DNR ekstrahavimas?
DNR iš augalų ląstelių išgaunama įvairiems molekuliniams tyrimams. Būtina išgauti nepažeistą, gryną genominę DNR. Taigi yra įvairių tipų DNR ekstrahavimo protokolų, kurie skiriasi nuo DNR išskyrimo iš gyvūnų ląstelių protokolų. Taip yra todėl, kad augalų ląstelės turi ląstelių sienelę, kurią reikia sulaužyti, kad būtų pašalintas ląstelių turinys.
Paprastai ekstrahavimas atliekamas sumalant augalų audinius sausame lede arba skystame azotu, naudojant grūstuvą ir grūstuvą. Tada ląstelių membranos suardomos, o ląstelių turinys ištraukiamas į ekstrahavimo buferį. Paprastai tai atliekama naudojant ploviklį; SDS (natrio dodecilsulfato) arba CTAB (cetiltrimetilamonio bromido) buferis. Išsiskyrusi DNR yra apsaugota nuo endogeninių nukleazių naudojant kompleksoną, pvz., EDTA. Be to, b altymai atskiriami nuo DNR naudojant chloroformą arba fenolį.
01 pav. Augalų DNR ekstrahavimas
Augalai sintetina polisacharidus ir polifenolius, įskaitant flavonoidus ir kitus antrinius metabolitus. Šie junginiai trukdo išgauti gryną genominę DNR. Taigi dauguma augalų DNR ekstrahavimo protokolų apima kitą veiksmą, pvz., cezio chlorido tankio gradiento metodą, skirtą šiems junginiams pašalinti.
Daugelyje DNR ekstrahavimo protokolų DNR ekstrahavimui rekomenduojama naudoti šviežių lapų mėginius. Kai kurie metodai neapima pavojingų cheminių medžiagų, tokių kaip skystas azotas ir fenolis. CTAB (cetiltrimetilamonio bromido) protokolas yra populiarus augalų DNR ekstrahavimo protokolas, palengvinantis aukštos kokybės augalų genominės DNR išskyrimą. Tai paprastas, saugus, patikimas ir ekonomiškas augalų DNR ekstrahavimo metodas. Dauguma kitų metodų yra modifikuotos CTAB metodo versijos.
Kas yra gyvūnų DNR ekstrahavimas?
Gyvūnų DNR ekstrahavimas – tai genominės DNR išgavimas iš gyvūnų ląstelių molekulinei analizei atlikti. Skirtingai nuo augalų DNR ekstrahavimo, gyvūnų ląstelėms ląstelių sienelės suskaidymas nėra būtinas, nes joms trūksta ląstelės sienelės. Kraujo ląstelės yra labiausiai paplitusi gyvūnų ląstelių rūšis, kurios naudojamos įvairiems tikslams.
02 pav.: DNR išskyrimas
Fenolio ir chloroformo metodas yra vienas geriausių kraujo kūnelių pasirinkimų. Išskiriant DNR šiuo metodu, DNR išeiga ir kokybė yra didelė. Tai yra skysčio ir skysčio DNR ekstrahavimo protokolas, ir šis metodas atskiria DNR molekules pagal jų tirpumą nesimaišančiuose tirpaluose. Fenolis, chloroformas ir izoamilo alkoholis yra trys pagrindiniai šio metodo ingredientai.
Kokie yra augalų ir gyvūnų DNR ekstrahavimo panašumai?
- Ir augalų, ir gyvūnų DNR ekstrahavimo metu ląstelių membranos turi būti suardytos.
- DNR turi būti apsaugota nuo endogeninių nukleazių.
- Be to, reikia užkirsti kelią DNR kirpimui.
- Galimi komerciniai rinkiniai, skirti augalų ir gyvūnų DNR ekstrahuoti.
- Daugelį augalų ir gyvūnų DNR ekstrahavimo metodų reikia nuolat keisti ir standartizuoti.
Kuo skiriasi augalų ir gyvūnų DNR ekstrahavimas?
Pagrindinis augalų ir gyvūnų DNR ekstrahavimo skirtumas yra tas, kad norint išgauti augalų DNR, augalo audinį reikia sum alti sausame lede arba skystame azote, kad būtų sulaužyta ląstelės sienelė, o gyvūnų DNR ekstrahavimui šio žingsnio nereikia, nes jie yra gyvūniniai. ląstelės neturi ląstelės sienelės. CTAB metodas yra vienas geriausių augalų DNR ekstrahavimo metodų, o fenolio-chloroformo metodas yra vienas geriausių gyvūnų DNR ekstrahavimo metodų.
Toliau infografijoje pateikiami skirtumai tarp augalų ir gyvūnų DNR ekstrahavimo.
Santrauka – augalų ir gyvūnų DNR ekstrahavimas
DNR iš skirtingų ląstelių tipų galima išskirti skirtingais metodais. Todėl augalų DNR ekstrahavimo protokolai skiriasi nuo gyvūnų ląstelių DNR ekstrahavimo protokolų. Augalų DNR ekstrahavimui reikia suardyti ląstelės sienelę, ląstelės membraną ir branduolinę membraną, o gyvūnų DNR ekstrahavimui reikia suardyti ląstelės membraną ir branduolio membraną. Dar svarbiau, kad gyvūnų ląstelių DNR ekstrakcijai nereikia suardyti ląstelių sienelių sumalant sausame lede arba skystame azotu. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp augalų ir gyvūnų DNR ekstrahavimo.
