Pagrindinis skirtumas – VNTR vs STR
DNR tyrimai yra nepaprastai naudingi norint suprasti ir nustatyti filogenetinius ryšius, diagnozuoti genetines ligas ir nustatyti organizmo genomus. Tam tikram genui arba DNR sekai nežinomos DNR telkinyje nustatyti naudojami keli metodai, susiję su DNR analize. Jie žinomi kaip genetiniai žymenys. Genetiniai žymenys yra naudojami molekulinėje biologijoje, siekiant nustatyti genetinius individų ir rūšių skirtumus. Kintamo skaičiaus tandeminis pasikartojimas (VNTR) ir trumpas tandeminis kartojimas (STR) yra dviejų tipų genetiniai žymenys, rodantys individų polimorfizmą. Abu tipai yra nekoduojančios pasikartojančios DNR, kurios kartojasi kartu. Chromosomose jie išsidėstę nuo galvos iki uodegos. VNTR yra genomo dalis, kurioje trumpa nukleotidų seka kartojama keletą kartų. STR yra dar viena genomo DNR dalis, kuri yra organizuota kaip pasikartojantys vienetai, susidedantys iš dviejų iki trylikos nukleotidų šimtą kartų. Pagrindinis skirtumas tarp VNTR ir STR yra nukleotidų skaičius pasikartojančioje sekoje. Pasikartojančius VNTR vienetus sudaro 10–100 nukleotidų, o pasikartojančius STR vienetus sudaro 2–13 nukleotidų. VNTR ir STR plačiai naudojami teismo medicinos tyrimuose.
Kas yra VNTR?
Tandeminis pasikartojimas yra trumpa DNR seka, kuri kartojasi nuo galvos iki uodegos tam tikrame chromosomų lokuse. Tandemo pakartojime nėra jokios kitos sekos ar nukleotido. Genome yra keletas tandeminių pasikartojimų tipų. VNTR yra tandeminio pasikartojimo tipas, turintis pasikartojančius vienetus, sudarytus nuo 10 iki 100 nukleotidų. VNTR yra mini palydovo tipas. Šiuos tandeminius pasikartojimus galima rasti daugelyje chromosomų. Jie yra įsiterpę į žmogaus genomą ir daugiausia yra subtelomeriniuose chromosomų regionuose.
VNTR rodo tandeminį pasikartojantį individų polimorfizmą. VNTR ilgis tam tikroje chromosomos vietoje labai skiriasi tarp individų dėl toje DNR dalyje organizuotų pasikartojančių vienetų skaičiaus skirtumo. Todėl VNTR gali būti naudojamas kaip galingas įrankis identifikuojant asmenis, o VNTR analizė naudojama daugelyje sričių, įskaitant genetiką, biologijos tyrimus, teismo ekspertizę ir DNR pirštų atspaudus. VNTR buvo pirmieji genetiniai žymenys, naudojami kaulų čiulpų transplantacijos kiekybiniam įvertinimui. VNTR taip pat buvo pirmieji polimorfiniai žymenys, naudojami DNR profiliavimui kriminalistikoje.
01 pav. VNTR kitimas šešiems asmenims
VNTR analizė atliekama naudojant restrikcijos fragmento ilgio polimorfizmą, po kurio seka pietinė hibridizacija. Vadinasi, jai reikia palyginti didelio DNR mėginio. Problemų kelia ir VNTR profilio interpretacija. Dėl šių apribojimų VNTR naudojimas teismo medicinos genetikoje buvo apribotas ir pakeistas STR analize.
Kas yra STR?
STR yra labai pasikartojanti DNR sekcija, kurią sudaro nuo dviejų iki trylikos pasikartojančių nukleotidų vienetų, išdėstytų tandemu. STR yra panašus į VNTR. Tačiau jis skiriasi nuo VNTR nuo nukleotidų skaičiaus pasikartojančioje sekoje ir pakartojimų skaičiaus. STR yra mikropalydovo tipas.
STR analizė, susijusi su tikslaus pasikartojančių vienetų skaičiaus matavimu. STR labai skiriasi tarp asmenų, panašiai kaip VNT. STR profiliai skiriasi kiekvienam asmeniui. Todėl STR analizė naudojama molekulinėje biologijoje, kad būtų galima palyginti specifinius DNR lokusus iš dviejų ar daugiau mėginių. Taigi STR yra laikomi galingais genetiniais žymenimis molekulinėje biologijoje. Dėl didelio polimorfizmo laipsnio ir santykinai trumpo ilgio tai yra puiki priemonė identifikuoti asmenis.
Šiuo metu STR yra dažniausiai naudojama analizuojama genetinio polimorfizmo priemonė teismo genetikoje. Dauguma teismo ekspertizės bylų apima STR polimorfinę analizę. STR lokusai yra išplitę visame genome. Chromosomose yra tūkstančiai STR, kurie gali būti naudojami atliekant teismo ekspertizę. STR analizė neapima restrikcijos ilgio polimorfizmo, kaip VNTR analizė. STR analizė nepjauna DNR restrikcijos fermentais. Norint prijungti norimas DNR sritis, naudojami specifiniai zondai, o naudojant PGR metodą, nustatomi STR ilgiai.
02 pav. STR skirtumai tarp pavyzdžių
Kokie yra VNTR ir STR panašumai?
- VNTR ir STR yra nekoduojanti DNR.
- Abu kartojasi kartu.
- Abu rodo individų polimorfizmą dėl DNR sekcijos ilgio skirtumo.
- Abu naudojami kaip galingi genetiniai žymenys imant DNR pirštų atspaudus ir atliekant teismo medicinos tyrimus.
Kuo skiriasi VNTR ir STR?
VNTR prieš STR |
|
| VNTR yra nekoduojanti pasikartojanti DNR, kurios trumpa nukleotidų seka kartojama tandemu. | STR yra labai pasikartojanti DNR sekcija, kurią sudaro nuo dviejų iki trylikos pasikartojančių nukleotidų vienetų, išdėstytų tandemu. |
| Dydis | |
| VNTR yra didesni nei STR. | STR yra mažesni nei VNTR. |
| Nukleotidų skaičius pasikartojančioje sekoje | |
| Pasikartojantis VNTR vienetas susideda iš 10–100 nukleotidų. | Pasikartojantis STR vienetas susideda iš 2–13 nukleotidų. |
Santrauka – VNTR prieš STR
VNTR ir STR yra du galingi genetiniai žymenys, naudojami molekulinėje biologijoje, ypač teismo genetikos srityje. VNTR yra minipalydovas, o STR yra mikropalydovas. VNTR ir STR yra nekoduojančios, labai pasikartojančios DNR. Jie yra tandeminiai pakartojimai. Bendra VNTR ir STR struktūra yra vienoda. Tačiau nukleotidų skaičius pasikartojančioje sekoje ir ilgis skiriasi. VNTR pasikartojančios sekos susideda iš 10–100 nukleotidų. STR turi pasikartojančias sekas, susidedančias iš 2–13 nukleotidų. Tai yra skirtumas tarp VNTR ir STR.
Atsisiųskite VNTR vs STR PDF versiją
Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatų pastabose. Atsisiųskite PDF versiją čia Skirtumas tarp VNTR ir STR.
