Pagrindinis skirtumas tarp polisomų profiliavimo ir ribosomų profiliavimo yra tas, kad polisomų profiliavimas analizuoja ribosomų elgesį naudojant ribosomą ir mRNR (polisomą) vertimo metu, o ribosomų profiliavimas analizuoja ribosomų elgseną tik naudojant mRNR seką vertimo metu.
Vertimas yra antroji b altymų sintezės fazė, kuri paverčia mRNR informaciją į aminorūgščių seką. Translatomika yra ORF (atvirųjų skaitymo rėmų), kurie aktyviai verčiami organizmo ląstelėje, tyrimas. Polisomų ir ribosomų profiliavimo metodai yra dviejų tipų metodai molekulinės biologijos srityje, skirti įvertinti ir daryti išvadą apie skirtingus parametrus analizuojant translatomą.
Kas yra polisominis profiliavimas?
Polisomų profiliavimas – tai metodas, kuriuo nustatoma konkrečios mRNR transliacijos būsena, analizuojant ir ribosomos, ir mRNR (polisomos) elgesį. Kitaip tariant, šis metodas suteikia duomenų ir išvadų apie mRNR susiejimą su ribosomomis. Polisoma reiškia ribosomų grupę, susietą su mRNR, kuri yra transliacijos pailgėjimo fazės metu.
01 pav.: polisomų profiliavimas
Polisomų profiliavimui reikalingas ląstelių lizatas, kuris vėliau centrifuguojamas. Tada centrifuguotas mėginys atskiriamas pagal jų tankį, kad būtų apibūdinti maži ir dideli ribosomų subvienetai ir atitinkama mRNR, dalyvaujanti formuojant polisomą. Be to, šis procesas taip pat apima optinio tankio matavimą. Polisomų profiliavimą turi atlikti ekspertai.
Polisominio profiliavimo technika yra svarbi daugelio programų priemonė. Mokslininkai naudoja šį metodą, norėdami ištirti transliacijos laipsnį ląstelėse. Tiksliau, tai yra įrankis, skirtas pateikti tikslią informaciją apie atskirų b altymų ir jų specifinių mRNR tyrimą. Tiriant tam tikros mRNR transliacijos laipsnį, polisomų profiliavimo technika yra gyvybiškai svarbi. Čia 3' ir 5' mRNR sekos gali būti tiriamos atsižvelgiant į jų poveikį pagamintos mRNR kiekiui ir transliacijos lygiui.
Kas yra ribosomų profiliavimas?
Ribosomų profiliavimas yra metodas, kuriuo analizuojamas ribosomos elgesys jos mRNR atžvilgiu transliacijos metu. Šią techniką atrado ir sukūrė Joan Steitz ir Marilyn Kozak. Vėliau šią technologiją toliau plėtojo du mokslininkai, Nikolajus ir Džonatanas, kartu su naujos kartos sekos nustatymu, dėl kurio buvo sukurti įvairūs susiję metodai, pvz., Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) metodika.
02 pav. Ribosomų sekos nustatymas
Ribosomų profiliavimo procedūra apima mRNR išskyrimą, RNR, kuri nesusijusi su ribosomomis, pašalinimą ir su ribosomomis susietos mRNR atskyrimą. Po šios procedūros mRNR izoliatas yra atvirkštinis transkribavimas ir vyksta cDNR sintezė. Galiausiai, sekos duomenys gali būti suderinti su transliacijos profiliu, kad būtų galima nustatyti ribosomų elgesio ypatybes mRNR atžvilgiu.
Ribosomų profiliavimas padeda daugeliui tyrėjų nustatyti ir daryti išvadą apie vertimo pradžios vietas, išverstų atvirųjų skaitymo rėmelių (ORF) komplementą ląstelėje arba audinyje, ribosomų pasiskirstymą mRNR ir ribosomų vertimas. Ribosomų profiliavimas taip pat žinomas kaip ribosomų pėdsakas arba Ribo Seq.
Kokie yra polisomų profiliavimo ir ribosomų profiliavimo panašumai?
- Polisomų ir ribosomų profiliavimas yra molekulinės biologijos metodai, svarbūs tyrimams.
- Jie suteikia informacijos apie vertimo procesą.
- Abu profiliavimo procesai pateikia duomenis analizuojant translatomą.
- Reikalingi profesionalūs ekspertai, kurie atliktų abu metodus, kad gautų tikslius rezultatus.
- Bioinformatikos įrankiai atlieka svarbų vaidmenį abiejuose metoduose.
Kuo skiriasi polisomų profiliavimas ir ribosomų profiliavimas?
Polisomų profiliavimas analizuoja ribosomų elgesį naudojant ribosomą ir mRNR (polisomą) transliacijos metu, o ribosomų profiliavimas analizuoja ribosomų elgesį tik naudojant mRNR seką vertimo metu. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp polisomų profiliavimo ir ribosomų profiliavimo. Be to, polisomų profiliavimas apima tokius metodus kaip tankio gradiento centrifugavimas ir optinio tankio matavimai, o ribosomų profiliavimas apima mRNR ekstrahavimo ir sekos nustatymo metodus. Be to, ribosomų profiliavimas yra tikslesnis nei polisomų profiliavimas.
Toliau pateiktoje infografikoje pateikiami skirtumai tarp polisomų ir ribosomų profiliavimo lentelės pavidalu, kad būtų galima palyginti.
Santrauka – polisomų profiliavimas prieš ribosomų profiliavimą
Vertimas yra antrasis b altymų sintezės etapas, kurio metu informacija apie mRNR seką paverčiama aminorūgščių seka. Šiam procesui reikalingas mRNR šablonas, ribosomos, aminorūgštys, tRNR ir kiti veiksniai. Polisomų ir ribosomų profiliavimas yra du molekuliniai metodai. Polisomų profiliavimas analizuoja ribosomų elgesį naudojant ribosomą ir mRNR (polisomą) vertimo metu, o ribosomų profiliavimas analizuoja ribosomų elgesį tik naudojant mRNR seką vertimo metu. Polisomų profiliavimas apima tokius metodus kaip tankio gradiento centrifugavimas ir optinio tankio matavimai. Ribosomų profiliavimas apima tokius metodus kaip mRNR ekstrahavimas, cDNR sintezė ir sekos nustatymas. Taigi, čia apibendrinamas skirtumas tarp polisomų profiliavimo ir ribosomų profiliavimo.
