Pagrindinis skirtumas tarp genominės DNR ir plazmidinės DNR išskyrimo yra tas, kad genomo DNR išskyrimas skirtas genominės DNR išskyrimui, o plazmidinės DNR išskyrimas – bakterijų plazmidinės DNR išskyrimui.
DNR išskyrimas yra cheminis procesas, naudojamas DNR išskyrimui iš skirtingų rūšių arba iš skirtingų mėginių. DNR išskyrimas yra svarbus tolesniuose molekulinės biologijos metoduose, tokiuose kaip gelio elektroforezė, polimerazės grandininė reakcija ir DNR sekos nustatymo metodai. Todėl DNR išskyrimas yra esminis cheminis procesas atliekant molekulinius biologinius tyrimus. Atsižvelgiant į tyrimo tikslą, kartais reikia išskirti genominę DNR. Be to, kai kuriuose tyrimuose pagrindinis dėmesys skiriamas plazmidės DNR išskyrimui iš bakterijų. Genominės DNR išskyrimas yra genominės DNR išskyrimas iš prokariotinio arba eukarioto mėginio. Išskyrimo etapai skiriasi priklausomai nuo ląstelės, kurioje išskiriama DNR, tipo. Plazmidinės DNR išskyrimas yra plazmidinės DNR išskyrimo iš bakterinės ląstelės procesas. Palyginti su genomo DNR išskyrimu, visas plazmidinės DNR išskyrimo procesas yra sudėtingas.
Kas yra genomo DNR išskyrimas?
Genominės DNR išskyrimas yra visos organizmo genominės DNR išskyrimo procesas. Šis konkretus procesas apima tris pagrindinius įvykius. Tai yra ląstelių lizė arba branduolio lizė, b altymų skaidymas arba proteolizė ir genominės DNR nusodinimas. Lizės etapas gali skirtis priklausomai nuo ląstelės tipo. Kadangi prokariotuose yra peptidoglikano ląstelės sienelė, pirmasis žingsnis turėtų būti ląstelės sienelės suardymas. Kita vertus, eukariotuose lizės etapas apima plazminės membranos ir branduolinės membranos suskaidymą, kad DNR būtų pašalinta į išorę. Priešingai, norint suardyti augalų ir grybelių ląstelių sieneles, būtina atlikti specialius veiksmus.
01 paveikslas: genomo DNR išskyrimas
Todėl, kai lizės etapas bus baigtas, galiausiai DNR pateks į supernatantą. Tuo pačiu metu tirpale taip pat vyksta b altymų skaidymas dėl proteinazės K pridėjimo. Kitas žingsnis – atskirti genominę DNR ir suskaidytus b altymus vieną nuo kito. Taigi suskaidyti b altymai išsiskiria nusodinant, todėl genomo DNR gali likti supernatante. Nusodinus b altymus, genominė DNR gali būti nusodinama ir pakartotinai suspenduojama tinkamame buferyje, kol to prireiks eksperimentui.
Genominėje DNR, kuri yra linijinė DNR, yra visa genetinė organizmo informacija. Kitaip tariant, genomas yra gyvo organizmo paveldimoji medžiaga, atsakinga už visą struktūrinę ir funkcinę ląstelės veiklą. Jį sudaro ir koduojančios, ir nekoduojančios DNR sekos. Išskiriant genominę DNR, ji apima visą organizmo genomą.
Kas yra plazmidinės DNR išskyrimas?
Plazmidinės DNR išskyrimas yra ypatingas ir sudėtingesnis DNR išskyrimo procesas. Plazmidės yra ekstrachromosominė DNR, esanti daugumoje bakterijų ląstelių. Tai yra ramybės būsenos žiedinė DNR, kuri padeda bakterijoms išgyventi atšiauriomis aplinkos sąlygomis. Plazmidinė DNR susideda iš specialių atsparių genų, kurie suteikia bakterijoms papildomų pranašumų, pavyzdžiui, atsparumo antibiotikams, virulentiškumo ir toksinių savybių.
02 pav. Plazmidinės DNR išskyrimas
Plazmidinės DNR išskyrimas taip pat apima tris pagrindinius procesus; ląstelių lizė, proteinolizė ir DNR nusodinimas. Nors biocheminis išskyrimo mechanizmas yra panašus į genominės DNR išskyrimo mechanizmą, procesas yra sudėtingesnis už jį. Ląstelių lizės procesas yra svarbiausias šios procedūros procesas. Svarbiausia, kad genominė DNR ir plazmidinė DNR neturėtų būti maišomos viena su kita. Todėl į plazmidės DNR išskyrimo procedūrą įtraukiamas daug švelnesnis lizės procesas. Vadinasi, daugumoje plazmidės DNR išskyrimo procedūrų naudojamas ploviklis; natrio dodecilsulfatas ląstelių lizei.
Kokie yra genominės DNR ir plazmidinės DNR išskyrimo panašumai?
- Genominės DNR ir plazmidinės DNR išskyrimo tikslas – išskirti organizmo DNR.
- Be to, abiejuose vyksta tas pats bendras procesas, apimantis ląstelių lizę, b altymų skaidymą ir DNR nusodinimą.
- Be to, abiejų procesų DNR yra svarbi tolesniems procesams.
- Be to, abu išskyrimo procesai apima DNR gryninimo ir saugojimo tam tikromis laikymo sąlygomis veiksmus.
- Be to, proteinazė K naudojama abiem būdais b altymams skaidyti.
Kuo skiriasi genomo DNR ir plazmidinės DNR išskyrimas?
Genominės DNR išskyrimas yra skirtas visos tikslinio organizmo genominės DNR išskyrimui, o plazmidės DNR išskyrimas skirtas tik plazmidės DNR išskyrimui iš tam tikrų bakterijų rūšių. Todėl tai yra pagrindinis skirtumas tarp genominės DNR ir plazmidės DNR išskyrimo. Be to, procedūroje yra dar vienas skirtumas tarp genominės DNR ir plazmidės DNR išskyrimo. Genominės DNR išskyrimas yra mažiau sudėtinga procedūra, palyginti su plazmidės DNR išskyrimu. Taigi, išskiriant plazmidinę DNR, būtina imtis atsargumo priemonių, kad genominė ir plazmidinė DNR nesusimaišytų viena su kita.
Toliau pateikta informacija apie tai, kaip skiriasi genomo DNR ir plazmidinės DNR išskyrimas.
Santrauka – genomo DNR ir plazmidinės DNR išskyrimas
DNR išskyrimas yra svarbus molekulinės biologijos metodų procesas. Yra dviejų tipų DNR, būtent genominė DNR ir plazmidinė DNR (nechromosominė DNR). Remiantis reikalavimu, kai kurios procedūros atliekamos siekiant išskirti genominę DNR, o kai kurios procedūros yra skirtos tik plazmidės DNR išskyrimui iš bakterijų. Taigi abiejų procesų etapai šiek tiek skiriasi vienas nuo kito. Tačiau bendras procesas abiejose izoliacijose yra vienodas. Abiejų procesų izoliuota DNR plačiai naudojama tolesniuose procesuose, tokiuose kaip klonavimas, gelio elektroforezė ir polimerazės grandininės reakcijos. Pasibaigus genominės DNR išskyrimo protokolui, visa organizmo genominė DNR gali būti išskirta kaip galutinis produktas, o plazmidės DNR išskyrimo protokolo pabaigoje atitinkamos bakterijos plazmidinė DNR gali būti išskirta kaip galutinis produktas. Todėl tai yra skirtumas tarp genominės DNR ir plazmidinės DNR išskyrimo.
