Pagrindinis skirtumas – Phusion vs Taq Polymerase
DNR polimerazės yra plačiai naudojami fermentai molekulinės biologijos metoduose ir taip pat natūraliai yra visuose organizmuose, kuriuose vyksta DNR replikacija. Jie yra pagrindiniai polimerizuojantys fermentai, dalyvaujantys replikacijos metu. DNR polimerazė gali pridėti nukleotidų į laisvą 3' DNR grandinės galą, taip sukeldama naujos grandinės pratęsimą. Šiuo metu dėl molekulinės biologijos vystymosi ligų diagnostikoje ir pramonėje svarbu gaminti polimerazes, turinčias įvairių naudingų savybių. Tai padidina metodo tikslumą ir daro jį greitesniu. Phusion ir Taq polimerazė yra du komerciškai gaminami termostabilūs polimerazės fermentai, naudojami specialiose molekulinėse srityse. Phusion yra DNR polimerazė, išskirta iš Pyrococcus furiosus ir daugiausia naudojama klonavimo eksperimentuose, siekiant padidinti tikslumą. Taq DNR polimerazė yra standartinė DNR polimerazė, naudojama polimerazės grandininėje reakcijoje (PGR), ir ji yra išskirta iš termostabilios bakterijos; Thermus aquaticus. Pagrindinis skirtumas tarp dviejų fermentų yra š altinis mikroorganizmas. Phusion yra išskirta iš ekstremofilo Pyrococcus furiosus, o Taq polimerazė yra išskirta iš termofilo Thermus aquaticus.
Kas yra Phusion?
Phusion DNR polimerazė yra nauja polimerazė, gaunama išskiriant fermentą iš Pyrococcus furiosus, kuris yra ekstremofilinis archajas. Šie mikrobai gyvena ypač aukštoje temperatūroje, todėl polimerazė yra labai atspari karščiui. Phusion polimerazė naudojama norint pasiekti ypatingą tikslumą, palyginti su įprastine termostabilia polimeraze; Taq polimerazė. Phusion polimerazė gali amplifikuoti ilgus šablonus iki 7,5 kb genominės DNR. Optimalus Phusion polimerazės polimerizacijos pajėgumas yra 720 C. Phusion taip pat naudojamas klonuojant produktus sekos nustatymui, ekspresijos analizei ir mutacijų analizei.
Phusion DNR polimerazė pasižymi 3–5 colių egzonukleazės aktyvumu. Tai leidžia korektuoti naujai susintetintą grandinę po sintezės. Taigi nukleotidų neatitikimus lengva ištaisyti. Taigi klaidų lygis yra mažesnis. Bendri Phusion polimerazės pranašumai:
- Extreme Fidelity
- Didelis greitis ir sutrumpintas pratęsimo laikas
- Tvirta reakcija ir reikalauja minimalaus optimizavimo
- Didelė pajamingumas
01 pav.: Phusion
Pagrindinis Phusion polimerazės trūkumas yra tai, kad ji slopinama esant deoksiuridino trifosfatui (dUTP). Kai reakcijos mišinyje kaupiasi dUTP, tai gali slopinti Phusion polimerazės veikimą. To išvengiama prieš pridedant fermento reakcijos mišinį apdorojant dUTPaze. Šiuo metu dUTP atsparus Phusion polimerazės variantas, žinomas kaip Pfu Turbo, naudojamas vietoj Phusion polimerazės kaip šios problemos sprendimas.
Kas yra Taq polimerazė?
Taq DNR polimerazės išradimas sukėlė revoliuciją molekulinės biologijos srityje. Tai išsprendė didelę DNR amplifikacijos problemą. Taq DNR polimerazė yra karščiui stabilus polimerazės fermentas, ekstrahuotas ir išskirtas iš termofilinės bakterijos Thermus aquaticus. Šių fermentų atradimas lemia PGR vystymąsi. Šis fermentas leido naudoti polimerazės grandininę reakciją DNR amplifikacijoje, o ne įprastus daug darbo reikalaujančius klonavimo metodus. PGR dabar naudojama molekulinėje diagnostikoje, žemės ūkio ir pramonės srityse, o į metodą įtraukta daug naujų variantų.
02 pav.: Taq polimerazė
Taq DNR polimerazė veikia optimaliame temperatūros diapazone tarp 720C – 800C. Taq DNR polimerazei reikalingas kofaktorius; magnio savo funkcijai. Taq polimerazė neturi 3'–5' korektūros gebėjimo, todėl Taq DNR polimerazės klaidų lygis yra didelis, palyginti su naujesniais DNR polimerazių tipais, pvz., Phusion polimeraze ir kt. Tačiau Taq DNR polimerazės populiarumas išlieka tas pats visame mokslo pasaulyje dėl fermento patogumo ir lankstumo.
Kokie yra Phusion ir Taq polimerazės panašumai?
- Tiek Phusion, tiek Taq polimerazės fermentai yra polimerizuojantys fermentai, galintys pridėti nukleotidų prie 3' laisvojo DNR grandinės galo.
- Tiek Phusion, tiek Taq polimerazėms reikalinga pradmenų seka, kad inicijuotų polimerizaciją.
- Tiek Phusion, tiek Taq polimerazės yra karščiui stabilios.
- Tiek Phusion, tiek Taq polimerazės naudojamos PGR mechanizmuose DNR amplifikuoti.
- Pridedant polimerazę į reakcijos mišinį, Phusion ir Taq polimerazės pridedamos paskutinės, kad būtų užtikrintas fermento efektyvumas.
- Tiek Phusion, tiek Taq polimerazės yra komerciškai sintezuojamos molekulinės biologijos eksperimentiniais tikslais.
- Tiek Phusion, tiek Taq polimerazėms reikalingas kofaktorius, kad užbaigtų savo funkciją.
Kuo skiriasi Phusion ir Taq polimerazė?
Phusion vs Taq Polymerase |
|
| Phusion yra DNR polimerazė, išskirta iš Pyrococcus furiosus ir daugiausia naudojama klonavimo eksperimentuose, siekiant padidinti tikslumą. | Taq DNR polimerazė yra standartinė DNR polimerazė, naudojama polimerazės grandininėje reakcijoje (PGR), išskirta iš termostabilios bakterijos Thermus aquaticus. |
| Š altinis organizmas | |
| Phusion išgaunama iš ekstremofilinių archėjų – Pyrococcus furiosus. | Šie literatūros kūriniai apima nuo kolonizacijos laikotarpio iki dekolonizacijos laikotarpio. |
| Kokrosyvaus skaitymo galimybė | |
| 3’ – 5 colių korektūros skaitymo galimybė yra Phusion. | Taq polimerazėje nėra 3’ – 5 colių korektūros skaitymo galimybės. |
| Fidelity | |
| Su Phusion yra didelis tikslumas. | Taq polimerazė rodo mažą tikslumą. |
| Amplifikacija | |
| Phusion gali amplifikuoti ilgus DNR fragmentus. | Taq polimerazė gali amplifikuoti daug trumpesnius DNR fragmentus. |
| dUTP apsinuodijimas | |
| Pusijos veikimą slopina kaupimosi nelygybė. | DUPT neslopina Taq polimerazės. |
Santrauka – Phusion vs Taq polimerazė
Phusion ir Taq DNR polimerazė yra dvi karščiui stabilios polimerazės, naudojamos PGR metoduose. Phusion yra polimerazė, išskirta iš ekstremofilų Pyrococcus furiosus, o Taq yra išskirta iš termostabilių bakterijų Thermus aquaticus. Taq DNR polimerazės atradimas veda prie PGR išradimo. „Phusion“turi daug pranašumų, palyginti su „Taq“, todėl Phusion yra geresnis pasirinkimas gaminant aukštos kokybės DNR. Tačiau Taq polimerazė vis dar naudojama kaip standartinis polimerazės fermentas PGR. Tai yra skirtumas tarp Phusion ir Taq polimerazės.
