PCR vs realaus laiko PGR
PCR arba polimerazės grandininė reakcija yra revoliuciją pakeitęs atradimas šiuolaikinėje molekulinėje biologijoje, kurį pirmą kartą sukūrė chemikas Kary Mullis 1983 m. Jis leidžia analizuoti vieną sudėtingos DNR seką. Pagrindinė PGR idėja yra ta, kad du pradmenys, kurie papildo priešingas DNR sekos grandines, yra orientuoti vienas į kitą; pradmenys gamina vienas kitą papildančias sruogas, kurių kiekvienoje yra kitas gruntas. Taigi rezultatas yra didelis sekos kiekis, atitinkantis DNR, esančią tarp dviejų pradmenų. DNR polimerazės fermentas naudojamas PGR pradmenų pratęsimui. DNR polimerazė yra termostabilus fermentas ir gali išgyventi aukštoje temperatūroje (94–95 °C), naudojama DNR šablono denatūravimui.
PGR apima tris etapus, būtent pakartotinius denatūravimo ratus, pradmenų susiliejimą ir DNR sintezę. Šiai reakcijai atlikti naudojamas termocikleris, kad būtų galima užprogramuoti greitai ir tiksliai keisti temperatūrą. PGR taikymas yra kriminaliniai tyrimai, DNR pirštų atspaudai, patogenų aptikimas ir ankstyvųjų žmonių rūšių DNR analizė.
Kas yra įprastas PGR?
Yra trys pagrindiniai įprastinio PGR etapai, būtent; DNR amplifikacijos etapas, PGR atskyrimas ir produktų aptikimas. DNR segmentų atskyrimas paprastai atliekamas agarozės gelio elektroforeze. Tada produktai nudažomi eteidido bromidu. Galiausiai aptikimas pasiekiamas vizualizuojant juostas ant gelių UV šviesoje. Todėl galutiniai įprastinės PGR rezultatai nėra išreikšti skaičiais. Paprastai įprastinis PGR gali aptikti tik vieną parametrą.
Kas yra PGR realiuoju laiku?
Realiojo laiko PGR gali aptikti produktų amplifikaciją, nes produktai yra sintetinami. Tobulėjant technologijoms, PGR tapo labai populiari technika, ypač skirta bakterijoms maisto produktuose aptikti ir identifikuoti. Realaus laiko PGR naudojama fluorescencinių dažų sistema ir termocikleris su fluorescencijos aptikimo funkcija.
Kuo skiriasi įprastinė PGR ir realaus laiko PGR?
• Įprasta PGR užima daugiau laiko, nes amplifikuotiems PGR produktams analizuoti naudojama gelio elektroforezė. Priešingai, realaus laiko PGR atima mažiau laiko, nes gali aptikti amplifikacijas ankstyvosiose reakcijos fazėse.
• Realaus laiko PGR renka duomenis eksponentinės PGR augimo fazėje, o tradicinė PGR renka duomenis reakcijos pabaigoje.
• Įprasto PGR galutinio taško rezultatai gali būti nelabai tikslūs, tačiau realaus laiko PGR rezultatai yra labai tikslūs.
• Realaus laiko PGR yra jautresnis nei įprastas PGR.
• Įprastos PGR skiriamoji geba labai prasta, o PGR realiuoju laiku gali aptikti labai nedidelius pokyčius dėl didelės skiriamosios gebos.
• Įprasto PGR galutinio taško aptikimas turi trumpą dinaminį diapazoną, o realaus laiko PGR aptikimas turi platų dinaminį diapazoną.
• Skirtingai nuo įprasto PGR, automatinės aptikimo technologijos randamos atliekant PGR realiuoju laiku.
• Įprasta PGR yra labai sudėtinga ir reikalauja daugiau darbo nei PGR realiuoju laiku.
• Skirtingai nuo realaus laiko PGR, įprastinė PGR negali atskirti negyvų ir gyvų bakterijų.
• Realaus laiko PGR naudoja fluorescencinių dažų sistemą produktams aptikti, o įprastoje PGR naudoja etidžio bromidą ir UV šviesą, kad būtų galima vizualizuoti juostas agarozės gelio terpėje.
