Pagrindinis skirtumas tarp konsensuso PGR ir visos PGR yra tas, kad konsensuso PGR visada taikoma konservuotiems regionams, o Pan PGR taikoma kintamiems regionams, siekiant nustatyti skirtingus grupės padermes
Polimerazės grandininė reakcija (PGR) yra genų amplifikacijos metodas, kurį sudaro trys pagrindiniai etapai: denatūravimas, atkaitinimas ir pratęsimas. Tai plačiai naudojama diagnostikoje ir molekulinėje identifikacijoje. Konsensuso PGR ir Pan PGR metodai yra pagrįsti pradmenų taikiniais, kuriuos naudoja kiekvienas PGR tipas.
Kas yra Consensus PCR?
Consensus PCR yra PGR metodas, kuris taikomas tam tikros rūšies ar genties konservuotam regionui. Todėl amplifikacijai pasirenkami labai konservuoti regionai. Taikant šį metodą, organizmus galima identifikuoti ir atskirti remiantis jų sutarimu. Šis metodas identifikuoja išsaugotą tam tikros rūšies regioną. Pavyzdžiui, bakterijų 16s rRNR sritis išlieka konservuota bakterijų sritis. Todėl amplifikacijai reikalingas tik vienas pradmenų rinkinys. Daugeliu atvejų konservuotam regionui gali būti naudojamas universalus pradmuo.
01 pav.: PGR metodas
Taikant konsensuso PGR metodą, galima nustatyti rūšių apibūdinimą ir evoliucinius ryšius. Remiantis konkretaus mėginio organizmo amplifikacijos efektyvumu, taip pat galima daryti išvadą apie organizmo sutarimą grupės atžvilgiu. Be to, atliekant filogenetinius tyrimus, labai svarbu atlikti sutarimo PGR. Tai leidžia identifikuoti rūšį ir interpretuoja konkretaus organizmo nuokrypį, rodomą bendru protėviu.
Kas yra Pan PCR?
A Pan PGR yra PGR multipleksavimo režimas. Taikant šį metodą, įvairios padermės amplifikuojamos naudojant įvairius pradmenų taikinius. Tačiau tikslai gali būti bendri padermių grupių tikslai. Taigi Pan PGR vienu metu galima naudoti daugiau nei du pradmenų rinkinius. Tai gali vykti taikant vieno vamzdelio reakcijos metodą arba kaip kelių vamzdelių reakcijos metodą. Pan PGR užtrunka daugiau laiko ir yra sudėtingesnė, palyginti su konsensuso PGR. Dėl šios priežasties PGR rezultatų aiškinimas Pan PGR taip pat gali būti sudėtingesnis.
Pagrindinis Pan PGR taikymas yra molekulinėje diagnostikoje. Tai leidžia atskirti skirtingas rūšies padermes tikslinės amplifikacijos būdu. Pan PGR yra idealus būdas nustatyti skirtingus vienos rūšies štamus, sukeliančius ligą. Daugeliu atvejų Pan PGR metodų automatizavimas įvairioms sveikatos sąlygoms yra labai svarbus ir yra patikimas ir labai efektyvus metodas.
Kokie yra Consensus PCR ir Pan PGR panašumai?
- Consensus PCR ir Pan PGR yra dviejų tipų PGR metodai.
- Abi procedūros atliekamos pagal bendrą trijų etapų procedūrą – denatūravimą, atkaitinimą ir pratęsimą.
- Jie naudoja pradmenis, kurie yra specifiniai tiksliniai.
- Abi reakcijos vyksta šiluminiame cikle.
- Šios reakcijos gali būti automatizuotos.
- Abu gali būti naudojami molekulinėje diagnostikoje ir identifikacijoje; tačiau tikslumas skiriasi.
- Šias procedūras reikia patvirtinti.
Kuo skiriasi konsensuso PGR ir Pan PGR?
Tiek „Consensus“, tiek „Pan PCR“atliekama ta pati įprasta procedūra. Tačiau pagrindinis skirtumas tarp konsensuso PGR ir Pan PGR yra pagrįstas kiekvienos procedūros naudojamais pradmenų tikslais. Nors konsensuso PGR visada taikoma konservuotiems regionams, Pan PGR taikoma kintamiems regionams, siekiant nustatyti skirtingus grupės padermes. Dėl šio skirtumo skiriasi pradmenų projektavimo protokolai, naudojamų pradmenų rinkinių skaičius ir konkrečios programos.
Toliau pateiktoje infografijoje apibendrinamas skirtumas tarp Consensus PCR ir Pan PGR.
Santrauka – konsensuso PCR vs Pan PCR
PCR, kurį pristatė Mulli, atlieka svarbų revoliucinį vaidmenį molekulinės biologijos taikymuose. „Consensus“ir „Pan PCR“yra dviejų tipų PGR, pagrįsti jų pradmenų tikslinėmis sritimis. Nors konsensuso PGR taikoma konservuotiems regionams, Pan PCR taikoma kintamiems regionams ir atlieka svarbų vaidmenį identifikuojant padermes. Dėl šio pagrindinio skirtumo tarp konsensuso PGR ir Pan PGR specifinės kiekvieno tipo PGR funkcijos taip pat skiriasi nuo filogenetinės analizės iki molekulinio apibūdinimo iki molekulinės diagnostikos.
