Pagrindinis skirtumas tarp RNR polimerazės šerdies ir holofermento yra tas, kad RNR polimerazės šerdis yra fermentas, kuris neturi sigmos faktoriaus, o RNR polimerazės holofermentas yra fermentas, susidedantis iš sigmos faktoriaus.
Bakterijų transkripcija yra procesas, kai naudojant RNR polimerazės fermentą bakterijų DNR segmentas nukopijuojamas į naujai susintetintą mRNR grandinę. Šis procesas vyksta trimis pagrindiniais etapais: inicijavimas, pailgėjimas ir užbaigimas. Bakterinė RNR polimerazė susideda iš 6 subvienetų. RNR polimerazės šerdį sudaro β, β′, α2 ir ω subvienetai. Ši RNR polimerazės šerdis virsta holofermentu, kai σ (sigma) faktorius yra prijungtas prie pagrindinio fermento. RNR polimerazės šerdis ir holofermentas yra dvi bakterinės RNR polimerazės fermento formos.
Kas yra RNR polimerazės šerdis?
RNR polimerazės šerdis yra fermentas, dalyvaujantis bakterijų transkripcijoje ir neturintis sigmos faktoriaus. Jį sudaro 5 subvienetai, žymimi β, β′, α2 ir ω. Šis fermentas nepradeda specifinės transkripcijos iš bakterijų ir fagų DNR promotorių. Taip yra todėl, kad jis neatpažįsta jokių specifinių bakterijų ar fagų DNR promotorių. Tačiau šis fermentas išlaiko galimybę transkribuoti RNR iš nespecifinių iniciacijos sekų. Be to, sigmos faktoriaus pridėjimas prie šio fermento leidžia fermentui inicijuoti RNR sintezę iš specifinių bakterijų ir fagų promotorių. RNR polimerazės branduolio fermento molekulinė masė yra maždaug 400 kDa.
01 pav.: RNR polimerazės šerdis
Pagrindiniame fermente yra RNR polimerazės katalizinių savybių. α subvienetas yra homodimeras, kurio dydis yra 36,5 kDa. Jį koduoja rpoA genas. Šio subvieneto funkcijos yra RNAP surinkimas, sąveika su DNR ir transkripcijos faktoriai transkripcijos reguliavimui. Β subvienetas yra 150,4 kDa dydžio. Jį koduoja rpoB genas. Šio subvieneto funkcijos yra DNR ir RNR surišimas, RNR sintezė, NTP surišimas, RMP surišimo vieta ir σ faktoriaus surišimas. β′ subvienetas yra 155 kDa dydžio ir jį koduoja rpoC genas. Šio subvieneto funkcijos yra DNR surišimas, RNR sintezė, katalizinis Mg2+koordinavimas, ppGpp surišimo vieta 1 ir σ faktoriaus surišimas. Be to, ω faktorius yra 10, 2 kDa dydžio ir koduotas rpoZ geno. ω faktoriaus funkcija yra RNAP lankstymas ir ppGpp surišimo vieta 1.
Kas yra RNR polimerazės holofermentas?
RNR polimerazės holofermentas susideda iš specifinio komponento, žinomo kaip sigmos faktorius, išskyrus β, β′, α2 ir ω subvienetus. Dėl sigmos faktoriaus RNR polimerazės holofermentas gali atpažinti promotorius. Sigmos faktorius taip pat padeda tinkamai išdėstyti RNR polimerazės holofermentą ir išsivynioti pradžios vietoje. Kai sigmos faktorius atlieka reikiamą ir specifinę funkciją, jis atsiskiria nuo RNR polimerazės holofermento, o katalizinė RNR polimerazės dalis (β, β′, α2 ir ω) lieka DNR ir tęsia transkripciją.
02 pav.: RNR polimerazės holofermentas
Sigmos faktorių skaičius įvairiose bakterijų rūšyse skiriasi. E. coli turi septynis sigmos faktorius. Be to, sigmos faktoriai išsiskiria jiems būdingomis molekulinėmis masėmis. Pavyzdžiui, σ70 yra sigmos koeficientas, kurio molekulinė masė yra 70 kDa. Skirtingomis aplinkos sąlygomis bakterijos naudoja skirtingus sigmos faktorius. Įvairių σ faktorių pavyzdžiai: σ19, σ24, σ18, σ32, σ38 ir σ54
Kokie yra RNR polimerazės šerdies ir holofermento panašumai?
- RNR polimerazės šerdis ir holofermentas yra dvi bakterinės RNR polimerazės fermento formos.
- Abi formos yra susijusios su bakterijų transkripcija.
- Jie turi subvienetus.
- Jos yra b altymų molekulės, sudarytos iš aminorūgščių.
Kuo skiriasi RNR polimerazės šerdis ir holofermentas?
RNR polimerazės šerdis yra fermentas, kuris neturi sigmos faktoriaus, o RNR polimerazės holofermentas yra fermentas, susidedantis iš sigmos faktoriaus. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp RNR polimerazės šerdies ir holofermento. Be to, RNR polimerazės šerdis daugiausia dalyvauja transkripcijos pailgėjimo etape, o RNR polimerazės holofermentas daugiausia katalizuoja transkripcijos inicijavimo etape.
Toliau pateiktoje infografikoje pateikiami skirtumai tarp RNR polimerazės šerdies ir holofermento lentelės pavidalu, kad būtų galima palyginti.
Santrauka – RNR polimerazės šerdis prieš holofermentą
Bakterinė RNR polimerazė yra nuo daugelio subvienetų DNR priklausomas fermentas. Jis dalyvauja bakterijų transkripcijos procese. Tai pagrindinis genų ekspresijos fermentas ir reguliavimo tikslas. RNR polimerazės šerdis ir holofermentas yra dvi bakterinės RNR polimerazės fermento formos. RNR polimerazės šerdis neturi sigmos faktoriaus, o RNR polimerazės holofermentas susideda iš sigmos faktoriaus. Taigi, čia apibendrinamas skirtumas tarp RNR polimerazės šerdies ir holofermento.
