Pagrindinis skirtumas tarp NGS ir WGS yra tas, kad naujos kartos sekos nustatymas (NGS) yra masiškai lygiagreti antrosios kartos sekos nustatymo technologija, kuri pasižymi dideliu našumu, mažomis sąnaudomis ir greitumu, o viso genomo sekos nustatymas (WGS) yra išsamus metodas, leidžiantis vienu metu analizuoti visą ląstelės genominę DNR, naudojant sekos nustatymo metodus, tokius kaip Sangerio sekos nustatymas, šautuvų metodas arba didelio našumo NGS sekos nustatymas.
Per pastaruosius kelis dešimtmečius žmonių ir kitų gyvūnų genomo supratimas labai išaugo, nes buvo atrasti greiti sekos nustatymo metodai ir bioinformatikos įrankiai. Įprasti sekos nustatymo metodai, tokie kaip Sangerio sekos nustatymas, turėjo savo apribojimų, todėl reikėjo sukurti naujus greitus sekos nustatymo metodus, tokius kaip naujos kartos sekos nustatymas (NGS) ir nanoporų seka. Viso genomo sekos nustatymo (WGS) technika yra naujausias metodas, kuris jau naudojamas daugelyje genominių tyrimų projektų, tokių kaip 100 000 genomo projektas, kurį atliko Genomic England, JK. Taigi, NGS ir WGS yra du sekos nustatymo metodai, kurie šiuo metu naudojami daugelyje genominių projektų.
Kas yra NGS?
NGS (naujos kartos sekos nustatymas) yra labai lygiagreti antrosios kartos sekos nustatymo technologija, kuri pasižymi dideliu našumu, mažomis sąnaudomis ir sparta. Nėra tikslaus naujos kartos sekos apibrėžimo. Tačiau galime aiškiai atskirti jį nuo įprastų kapiliarų sekos nustatymo metodų. Naujos kartos sekos nustatymas leidžia viename eksperimente nustatyti DNR molekulės, kurios bendras dydis didesnis nei 1 milijonas bazinių porų, seką. Jis siūlo precedento neturintį greitį ir didelį pralaidumą, pavyzdžiui, leidžia vienu metu nustatyti kelių asmenų DNR seką. Tai pasiekiama sumažinus atskirų sekos reakcijų tūrį. Be to, tai taip pat riboja instrumentų dydį ir sumažina reagentų išlaidas vienai reakcijai.
01 pav.: NGS platformos
NGS yra trumpo skaitymo sekos nustatymo metodas, kuris jau padarė perversmą biologinių tyrimų srityje. Be to, NGS taikomas įvairiose srityse, tokiose kaip de novo genomo sekos nustatymas, viso genomo sekos nustatymas, transkripto analizė, mažos RNR ir mikro RNR sekos nustatymas, tikslinės sekos nustatymas ir viso egzomo sekos nustatymas.
Kas yra WGS?
WGS (viso genomo sekos nustatymas) yra išsamus visos ląstelės genominės DNR analizės metodas vienu metu, naudojant sekos nustatymo metodus, tokius kaip Sangerio sekos nustatymas, šautuvo metodas arba didelio našumo NGS sekos nustatymas. Jis taip pat žinomas kaip visiškas genomo sekos nustatymas arba visiškas genomo sekos nustatymas. Viso genomo sekos nustatymas apima visos organizmo chromosominės DNR seką, taip pat DNR mitochondrijose, o augalams – DNR chloroplaste vienu metu. WGS leidžia mokslininkams perskaityti tikslią visų raidžių, sudarančių visą DNR rinkinį, seką. Tikimasi, kad WGS, naudojanti NGS platformą, pakeis klinikinę sąranką.
02 paveikslas: WGS ir hierarchinių šautuvų seka
Viso genomo sekos nustatymas į klinikinę priežiūrą buvo įtrauktas 2014 m. Be to, WGS taikymas apima genų sekos nustatymą SNP lygiu, siekiant tiksliai nustatyti funkcinius variantus asociacijos tyrimuose, terapinę intervenciją į personalizuotą mediciną, evoliucinę biologiją, lyginamąją genominę analizę., mutacijų ir pertvarkymų tyrimai, retų variantų asociacijos tyrimai ir jautrumo ligoms bei atsako į vaistus numatymas.
Kokie yra NGS ir WGS panašumai?
- NGS ir WGS yra du sekos nustatymo būdai.
- Abu metodai atlieka DNR arba RNR sekos.
- Šie metodai yra nauji ir patikimi.
- Jie abu naudojami diagnozuojant ligas ir ieškant vaistų.
Kuo skiriasi NGS ir WGS?
NGS yra masiškai lygiagreti antrosios kartos sekos nustatymo technologija, kuri yra didelio našumo, mažos kainos ir greita, o WGS yra išsamus metodas, leidžiantis vienu metu analizuoti visą ląstelės genominę DNR, naudojant sekos nustatymo metodus, pvz. kaip Sangerio sekos nustatymas, artėjimas prie šautuvų arba didelio našumo NGS sekų nustatymas. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp NGS ir WGS. Be to, NGS sudaro tik antrosios kartos sekos nustatymo metodai, o WGS sudaro pirmosios, antrosios ir trečiosios kartos sekos nustatymo metodai.
Toliau esančioje lentelėje pateikiami skirtumai tarp ir NGS ir WGS lentelės pavidalu, kad būtų galima palyginti.
Santrauka – NGS vs WGS
Per pastaruosius dešimtmečius šiuolaikiniuose molekuliniuose tyrimuose buvo įprastai taikomi įvairūs sekos nustatymo metodai. Ir netgi jie yra labai galingi įrankiai daugeliui klinikinių programų. NGS ir WGS yra du sekos nustatymo metodai, kurie šiuo metu yra įtraukti į daugelį genominių projektų. NGS yra antrosios kartos sekos nustatymo technologija, kuri pasižymi dideliu našumu, mažomis sąnaudomis ir sparta. Kita vertus, WGS yra visos ląstelės genominės DNR arba visos genominės DNR analizės metodas vienu metu, naudojant sekos nustatymo metodus, tokius kaip Sangerio sekos nustatymas, šautuvų metodas arba didelio našumo NGS sekos nustatymas. Taigi, tai yra NGS ir WGS skirtumo santrauka.
