Pagrindinis skirtumas tarp slapyvardžio vertimo ir galo užpildymo yra tas, kad slapyvardžio vertimas yra procesas, kurio metu sukuriami žymėti DNR zondai įvairioms hibridizacijos reakcijoms, o galo užpildymas yra metodas, kuriuo sukuriami neryškūs fragmentai, pridedant nukleotidų į vienos grandinės iškyšas.
Nicko vertimas ir galo užpildymas yra du metodai, naudojami molekulinėje biologijoje. Niko vertimas naudojamas hibridizacijos zondų žymėjimui, siekiant aptikti specifines nukleotidų sekas. Galų užpildymas naudojamas atbukuotiems fragmentams, kurių galai buvo lipnūs su vienagrandžiais iškyšomis. Abu metodai yra labai svarbūs, ir jie reguliariai atliekami molekulinių tyrimų laboratorijose.
Kas yra Niko vertimas?
Nicko vertimas yra svarbi technika, naudojama ruošiant paženklintus zondus įvairioms molekulinės biologijos technikoms, tokioms kaip blotingas, hibridizacija in situ, fluorescencinė in situ hibridizacija ir kt. Tai DNR žymėjimo in vitro metodas. DNR zondai naudojami specifinėms DNR arba RNR sekoms nustatyti. Pažymėto zondo pagalba iš sudėtingo nukleorūgščių mišinio galima pažymėti arba vizualizuoti specifinius fragmentus. Todėl paženklinti zondai ruošiami įvairiais būdais. Niko vertimas yra vienas iš tokių metodų, kuriais, naudojant DNazės 1 ir DNR polimerazės 1 fermentus, gaunami pažymėti zondai.
01 pav.: Niko vertimas
Nicko vertimo procesas prasideda nuo DNazės 1 fermento aktyvumo. DNazė 1 įveda įtrūkimus į dvigrandės DNR fosfatinį pagrindą, suskaidydama fosfodiesterio ryšius tarp nukleotidų. Sukūrus slapyvardį, bus pagaminta laisva nukleotido 3′ OH grupė ir ją veiks DNR polimerazės 1 fermentas. DNR polimerazės 1 eksonukleazės aktyvumas nuo 5′ iki 3′ pašalina nukleotidus nuo įtrūkimo link DNR grandinės 3′ krypties.
Tuo pačiu metu veikia DNR polimerazės 1 fermento polimerazės aktyvumas ir prideda nukleotidų, kad pakeistų pašalintus nukleotidus. Jei nukleotidai yra pažymėti, pakeitimas įvyks pažymėtais nukleotidais ir pažymės DNR identifikavimui. Galiausiai, ši naujai susintetinta žymėta DNR gali būti naudojama kaip zondai įvairiose hibridizacijos reakcijose.
Kas yra pabaigos užpildymas?
Galų užpildymas yra metodas, naudojamas molekulinėje biologijoje, kad būtų galima padaryti atbukusius fragmentus. Ribojantis virškinimas sukuria fragmentus su iškyšomis. Šie fragmentai gali būti nesuderinami surišimui į plazmidinius vektorius. Vektoriai dažnai yra neryškūs, kad būtų galima sujungti nesuderinamus galus. Todėl fragmentai su iškyšomis gali būti atstumti, pridedant nukleotidus prie papildomos grandinės, naudojant iškyšą kaip polimerizacijos šabloną. Šis procesas žinomas kaip pabaigos užpildymas.
DNR polimerazės, tokios kaip Klenow DNR polimerazės I ir T4 DNR polimerazės fragmentai, katalizuoja galų užpildymą. Jie prideda nukleotidų, kad užpildytų (5′ → 3′) ir kramtytų atgal (3′ → 5′). Kai lipnūs galai užpildomi, jie tampa buki ir yra pasirengę susijungti į vektorių.
Be to, galo užpildymas gali būti naudojamas DNR molekulėms pažymėti. Tačiau jis gali būti naudojamas tik DNR molekulėms su lipniais galais žymėti. Palyginti su slapyvardžiu, galo užpildymas yra švelnesnis metodas, dėl kurio retai nutrūksta DNR.
Kokie yra slapyvardžio vertimo ir pabaigos užpildymo panašumai?
- Ir slapyvardžio vertimas, ir galo užpildymas yra molekulinės biologijos metodai.
- Jie gali būti naudojami zondams pažymėti.
- Abu yra in vitro
Kuo skiriasi slapyvardžio vertimas ir pabaigos užpildymas?
Nicko vertimas yra technika, kuria sukuriami paženklinti hibridizacijos zondai. Priešingai, galo užpildymas yra būdas, kuriuo sukuriami buki fragmentai, skirti surišti į vektorius. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp slapyvardžio vertimo ir pabaigos užpildymo. Be to, Niko vertimui reikia naudoti 5–3′ egzonukleazės aktyvumą, o pabaigai užpildyti nereikia 5–3′ egzonukleazės aktyvumo.
Toliau pateiktoje infografikoje išsamiau pateikiami skirtumai tarp slapyvardžio vertimo ir pabaigos užpildymo.
Santrauka – vardo vertimas prieš pabaigos užpildymą
Nicko vertimas yra metodas, kuris į DNR įtraukia radioaktyviai pažymėtus nukleotidus. Jis sintetina žymėtus zondus pagal DNazės 1 ir E. coli DNR polimerazės 1 fermentų aktyvumą. Kita vertus, galų užpildymas yra būdas, kai susidaro buki fragmentai. Kai fragmentai turi lipnius galus (viensriegiai iškyšos), juos reikia padaryti bukais galais, kad jie susijungtų į vektorius. Galų užpildymas prideda suderinamų nukleotidų ir sukuria bukus galų fragmentus, kad jie būtų suderinami surišimui. Taigi čia apibendrinamas skirtumas tarp slapyvardžio vertimo ir pabaigos užpildymo.
