Pagrindinis skirtumas tarp QTL ir GWAS priklauso nuo analizei naudojamų sekų tipo. QTL naudoja susiejimo genų lokusus, kad analizuotų fenotipinius požymius, susijusius su poligeniniu paveldėjimu, o GWAS naudoja viso genomo sekas tam tikros būklės vieno nukleotido polimorfizmui analizuoti.
QTL žemėlapiai ir GWAS vaidina svarbų vaidmenį atliekant įvairių bruožų genetinę analizę. Be to, jie yra svarbūs analizuojant įvairias ligas, kurių etiologija nežinoma. Be to, sekos nustatymas vaidina pagrindinį vaidmenį abiejuose metoduose. Šiuos metodus galima derinti su kitais didelio našumo metodais, kad būtų padidintas tikslumas ir tikslumas.
Kas yra QTL?
QTL reiškia Quantitative Trait Locus. Tai DNR sritis, susijusi su fenotipiniu bruožu. Paprastai QTL sukelia poligeninį poveikį. QTL pasiskirstymas skiriasi, o QTL skaičius rodo konkretaus fenotipinio požymio kitimo laipsnį. Be to, jie paprastai koduoja pagrindinius nuolatinius, o ne atskirus bruožus.
Nustačius QTL sritis, svarbu sekti tam tikrą QTL sritį. Be to, kad tyrimai ir tyrimai būtų lengvi, sekvenavimas ir bendrų QTL regionų sekos duomenų saugojimas vyksta dalyvaujant bioinformatikai. Šią techniką vadiname QTL kartografavimu. Vėliau sukuriama duomenų bazė su QTL srities sekomis.
01 pav.: QTL nuskaitymas
Be to, QTL sekų taikymas daugiausia priklauso nuo BLAST įrankio, kuriame galima nustatyti sekos panašumą. Tai svarbu nustatant ryšius tarp organizmų. Be to, tai svarbu nustatant konkretaus poligeninio fenotipo sudėtingumą. Tai taip pat lemia tam tikros savybės raidą.
Šiuo metu QTL analizė derinama su kitais didelio našumo metodais, pvz., DNR mikromatricomis. Tai svarbu fenotipo ekspresijos analizei. Šiuo metu mokslininkai labai domisi QTL duomenų bazės kūrimu, nes QTL regionai yra atsakingi už daugelį svarbių skirtingų rūšių bruožų.
Kas yra GWAS?
GWAS reiškia Genome Wide Association Study. Tai taip pat reiškia viso genomo asociacijos tyrimus. Šiuose tyrimuose daugiausia dėmesio skiriama stebėjimo tyrimams. Ji analizuoja skirtingų individų genetinius variantus, paprastai susijusius su konkrečiu bruožu. Be to, visas genomas yra svarbus GWAS analizei.
02 pav.: GWAS
GWAS yra svarbi priemonė analizuojant vieno nukleotido polimorfizmus, susijusius su įvairiomis ligomis. Tai taip pat yra lyginamasis skirtingų vieno nukleotido polimorfizmų tyrimas visoje populiacijoje. Be to, GWAS tyrimo imtis yra labai didelė; taigi jis taip pat yra skerspjūvio kohortos tyrimo formatas.
Be to, buvo atliktas pirmasis GWAS tyrimas, susijęs su miokardo infarktu ir analizuojant su miokardo infarktu susijusius genus. Šiuo metu GWAS vaidina svarbų vaidmenį nustatant sudėtingų nežinomos etiologijos ligų genetinį foną.
Kokie yra QTL ir GWAS panašumai?
- Jie remiasi DNR sekų duomenimis analizei.
- Abu siejami su įvairių veikėjų genetine kilme.
- Be to, norint nustatyti ir interpretuoti rezultatus, jiems reikia bioinformatikos įrankių.
- Jie atliekami didelėms populiacijoms.
Kuo skiriasi QTL ir GWAS?
QTL analizuoja fenotipinius požymius, susijusius su poligeniniu paveldėjimu, naudodama susietų genų lokusus, o GWAS analizuoja tam tikros būklės vieno nukleotido polimorfizmus, naudodama visas genomo sekas. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp QTL ir GWAS. QTL kartografavimas yra palyginti ne tokia sudėtinga technika nei GWAS, nes reikia viso genomo sekos nustatymo.
Toliau pateiktoje infografikoje lentelės pavidalu apibendrinamas skirtumas tarp QTL ir GWAS.
Santrauka – QTL prieš GWAS
QTL kartografavimas ir GWAS vaidina svarbų vaidmenį nustatant įvairių fenotipinių požymių genetinį foną. Jie taip pat padeda analizuoti įvairių ligų genetinį foną. QTL kartografavimas atvaizduoja ryšio genus, atsakingus už nuolatinius požymius, taip pat apima poligeninio paveldėjimo genų kartografavimą. Kita vertus, GWAS vyksta su viso genomo analize, siekiant nustatyti vieno nukleotido polimorfizmus. Be to, tai vyksta didesnei gyventojų grupei. Taigi, tai yra skirtumo tarp QTL ir GWAS santrauka.
