Pagrindinis skirtumas tarp izochizomerų ir neoschizomerų yra tas, kad izochizomerai yra restrikcijos fermentai, turintys tą pačią atpažinimo seką ir skaidantys DNR tose pačiose padėtyse, o neoschizomerai yra restrikcijos fermentai, kurių atpažinimo seka yra tokia pati, bet skaido DNR skirtingose padėtyse..
Restrikcijos fermentai arba restrikcijos endonukleazės yra fermentai, kurie suskaido DNR į fragmentus konkrečiose atpažinimo vietose arba šalia jos. Jie supjausto DNR restrikcijos vietose. Restrikcijos fermentai paprastai skirstomi į penkias grupes pagal struktūrą, ar jie supjausto savo DNR substratą savo atpažinimo vietoje ir ar atpažinimo ir skilimo vietos yra atskirtos viena nuo kitos. Jau buvo nustatyta daugiau nei 3600 restrikcijos endonukleazių. Prekyboje yra apie 800 restrikcijos fermentų. Izoschizomerai ir neoschizomerai yra dviejų tipų restrikcijos fermentai, pagrįsti atpažinimo vieta ir skilimo specifiškumu.
Kas yra izoschizomeriai?
Izoschizomerai yra restrikcijos fermentai, turintys tą pačią atpažinimo seką ir skaidantys DNR tose pačiose padėtyse. Šie restrikcijos fermentai turi tą patį specifiškumą. Pirmasis aptiktas restrikcijos fermentas, atpažįstantis tam tikrą seką, yra žinomas kaip prototipas, o visi vėliau nustatyti restrikcijos fermentai, atpažįstantys tą pačią seką, vadinami izochizomerais. Tačiau izoschizomerai gali skirtis pagal vietos pasirinkimą, reakcijos sąlygas, metilinimo jautrumą ir žvaigždžių aktyvumą. Izoschizomerai yra išskirti iš skirtingų bakterijų padermių. Todėl jiems gali prireikti skirtingų reakcijos sąlygų. Kai kuriais atvejais tik viena iš izochizomerų poros gali atpažinti ir metilintas, ir nemetilintas restrikcijos vietų formas. Kita vertus, kitas restrikcijos fermentas gali atpažinti tik nemetilintą restrikcijos vietos formą. Ši ypatinga izochizomerų savybė padeda nustatyti restrikcijos vietos metilinimo būseną, tuo pačiu išskiriant ją nuo bakterinės būsenos.
Pavyzdžiui, AgeI ir BshT1 atpažįsta ir suskaido 5’-A↓CCGGT pagal tą patį modelį. HpaII ir MSPI yra kitos izochizomerų poros. Jie abu atpažįsta seką 5’-C↓CGG-3’, kai ji nemetilinta. Bet kai antrasis sekos C yra metilintas, tik MSPI gali atpažinti šią seką, o HpaII negali jos atpažinti.
Kas yra neoschizomeriai?
Neoschizomerai yra restrikcijos fermentai, turintys tą pačią atpažinimo seką, bet skaidantys DNR skirtingose padėtyse. Kai kuriose specialiose molekulinės biologijos srityse tai yra labai naudinga funkcija. Neoschizomerai yra izochizomerų pogrupis. Gerai žinomi neoschizomerų pavyzdžiai yra SmaI (5’-CCC↓GGG-3’) ir XmaI (5’-C↓CCGGG-3’); abu atpažįsta 5'-CCCGGG-3' seką, bet suskaido jas kitoje padėtyje. Taigi šie du restrikcijos fermentai sukuria skirtingų tipų galus. Šiuo atveju SmaI padaro bukus galus, o XmaI – 5 colių išsikišusius galus.
01 pav.: Neoschizomers
Kitas pavyzdys yra MaeII ir Tail restrikcijos fermentų pora. Prototipas MaeII (A↓CGT) gamina DNR fragmentus su 2 bazių 5' pailgėjimu, o neoschizomer Tail (ACGT↓) gamina DNR fragmentus su 4 bazių 3' pailgėjimu.
Kokie yra izochizomerių ir neoschizomerių panašumai?
- Izoschizomerai ir neoschizomerai yra dviejų tipų restrikcijos fermentai.
- Jie daugiausia randami prokariotuose.
- Jie yra apribojimų modifikavimo (RM) sistemos, esančios bakterijose ir archėjose, dalis.
- Abu yra b altymų molekulės.
- Abu suskaido DNR į fragmentus.
Kuo skiriasi izochizomeriai ir neoschizomerai?
Izoschizomerai yra restrikcijos fermentai, turintys tą pačią atpažinimo seką ir skaidantys DNR tose pačiose padėtyse, o neoschizomerai yra restrikcijos fermentai, turintys tą pačią atpažinimo seką, bet skaidantys DNR skirtingose padėtyse. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp izoschizomerių ir neoschizomerių. Be to, izochizomerų specifiškumas yra toks pat, o neoschizomerų specifiškumas skiriasi.
Toliau pateiktoje infografikoje pateikiami skirtumai tarp izochizomerų ir neoschizomerų lentelės pavidalu, kad būtų galima palyginti.
Santrauka – Isoschizomers vs Neoschizomers
Restrikcijos fermentai yra DNR pjovimo fermentai. Jie taip pat vadinami molekulinėmis žirklėmis. Yra įvairių restrikcijos fermentų tipų. Remiantis atpažinimo vieta ir skilimo specifiškumu, restrikcijos fermentai yra dviejų tipų: izochizomerai ir neoschizomerai. Izoschizomerai turi tą pačią atpažinimo seką ir suskaido DNR tose pačiose padėtyse, o neoschizomerai turi tą pačią atpažinimo seką, bet suskaido DNR skirtingose padėtyse. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp izochizomerų ir neoschizomerų.
