Pagrindinis skirtumas tarp ITS1 ir ITS2 yra tas, kad ITS1 yra tarpinė DNR, esanti tarp 18S ir 5,8S rRNR genų eukariotuose, o ITS2 yra tarpinė DNR, esanti tarp 5,8S ir 28S rRNR genų eukariotuose.
Vidinis transkribuotas tarpiklis (ITS) yra tarpinė DNR, paprastai esanti tarp mažo subvieneto ribosominės RNR ir didelio subvieneto ribosominės RNR genų chromosomoje arba atitinkamoje policistroninės rRNR pirmtako transkripto molekulės transkribuotoje srityje. Bakterijose ir archėjose tarp 16S ir 23S rRNR genų yra tik vienas ITS. Tačiau eukariotuose yra dvi ITS tarpinės DNR: ITS1 (tarp 18S ir 5.8S rRNR genai) ir ITS2 (tarp 5,8S ir 28S rRNR). Todėl ITS1 ir ITS2 yra dvi tarpinės DNR, randamos tarp rRNR genų eukariotuose.
Kas yra ITS1?
ITS1 yra tarpinė DNR, esanti tarp 18S ir 5,8S rRNR genų eukariotuose. ITS reiškia nefunkcinės tarpinės DNR dalį, esančią tarp rRNR genų. ITS1 ilgis skiriasi labiau nei ITS2. ITS1 ilgio kitimas yra maždaug (200–300 bp). ITS žymenys, tokie kaip ITS1, įrodė savo efektyvumą išaiškinant filogenetinius ryšius tarp skirtingų taksonų. Be to, ITS1 tarpinė DNR yra mažiau konservuota nei ITS2 tarpinė DNR. ITS1 struktūros išsaugomos tik daug mažesniuose taksonominiuose vienetuose. Kiekviename eukariotų ribosomų klasteryje taip pat yra sričių, vadinamų išoriniais transkribuotais tarpikliais (5' ir 3' ETS).
01 pav.: ITS1 regionas
ITS1 tarpiklio DNR yra labai arti 5 colių išorinio transkribuoto tarpiklio (5 colių ETS). Be to, jei kas nors nori sustiprinti ITS1 regioną filogenetinių santykių tyrimams, jie turi naudoti tam tikrą pradmenų porą (atvirkštinius ir į priekį pradmenis). Norint sustiprinti ITS1 sritį, laboratorijų PGR protokoluose paprastai naudojami du pradmenų rinkiniai. Jie yra ITS1 pirmyn ir ITS2 atgal arba ITS1 pirmyn ir ITS4 atgal.
Kas yra ITS2?
ITS2 yra tarpinė DNR, esanti tarp 5,8S ir 28S rRNR genų eukariotuose. ITS2 regionas turi trumpesnį ilgio pokytį nei ITS1 regionas. ITS2 ilgio kitimas yra maždaug (180–240 bp). Tačiau ITS2 regionas daugelyje taksonominių vienetų yra labiau išsaugotas nei ITS1 regionas. Ji identifikuoja, kad visos ITS2 sekos turi bendrą antrinės struktūros branduolį. Be to, 40% ITS2 regiono yra išsaugoti tarp visų gaubtasėklių, o 50% ITS2 regiono galima išlyginti šeimos ir aukštesnio lygio.
02 pav.: ITS2 regionas
Nepriklausomai nuo išsaugojimo apimties, ITS2 regiono, pvz., ITS1 regiono, naudojimas filogenetinių santykių tyrimuose, ypač grybų DNR brūkšniniam kodui, taip pat yra labai populiarus. Norint sustiprinti ITS2 sritį, laboratorijų PGR protokoluose paprastai naudojamas specifinis pradmenų rinkinys. Tai yra ITS1 pirmyn ir ITS4 atgal. Tačiau kai PGR protokolas naudoja šį pradmenų rinkinį, jis taip pat sustiprina ITS1 sritį kartu su ITS2 regionu. Be to, ITS2 tarpiklio DNR yra labai arti 3' išorinio transkribuoto tarpiklio (3' ETS).
ITS1 ir ITS2 panašumai
- ITS1 ir ITS2 yra dvi tarpinės DNR, esančios tarp rRNR genų.
- Jų yra tik eukariotuose.
- Abu gali būti sustiprinti naudojant konkrečias pradmenų poras.
- Jie abu yra iškirpti rRNR brendimo metu kaip nefunkciniai šalutiniai produktai.
- Abu yra labai svarbūs filogenetinių santykių tyrimams, ypač grybų DNR brūkšniniam kodui.
Skirtumas tarp ITS1 ir ITS2
ITS1 yra tarpinė DNR, esanti tarp 18S ir 5,8S rRNR genų eukariotuose, o ITS2 yra tarpinė DNR, esanti tarp 5,8S ir 28S rRNR genų eukariotuose. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp ITS1 ir ITS2. Be to, ITS1 ilgis skiriasi labiau nei ITS2. Kita vertus, ITS2 ilgis skiriasi trumpiau nei ITS1. Tai dar vienas skirtumas tarp ITS1 ir ITS2.
Toliau pateiktoje infografikoje lentelės pavidalu pateikiami skirtumai tarp ITS1 ir ITS2, kad būtų galima palyginti.
Santrauka – ITS1 prieš ITS2
Vidinė transkribuota sritis (ITS) yra nefunkcinė tarpinės DNR dalis, esanti tarp rRNR genų. Bakterijose ir archėjose yra tik vienas ITS regionas. Tačiau eukariotuose yra du ITS regionai: ITS1 ir ITS2. ITS1 yra tarpinė DNR, esanti tarp 18S ir 5,8S rRNR genų eukariotuose, o ITS2 yra tarpinė DNR, esanti tarp 5,8S ir 28S rRNR genų eukariotuose. Taigi, tai yra skirtumo tarp ITS1 ir ITS2 santrauka.
