Pagrindinis skirtumas tarp panašumo ir tapatumo sekos lygiavime yra tas, kad panašumas yra panašumas (panašumas) tarp dviejų sekų palyginimo, o tapatumas yra simbolių, kurie tiksliai atitinka dvi skirtingas sekas, skaičius.
Bioinformatika yra tarpdisciplininė mokslo sritis, daugiausia apimanti molekulinę biologiją ir genetiką, informatiką, matematiką ir statistiką. Sekos derinimas yra pagrindinis bioinformatikos terminas. Tai procedūra, kurios metu DNR, RNR ar b altymo sekos išdėstomos taip, kad nustatytų panašumo sritis, kurios yra funkcinio, struktūrinio ar evoliucinio sekų ryšio pasekmė. Lygiavimo pabaigoje jie bus pateikti kaip eilutės matricoje. Siekiant sulygiuoti identiškus simbolius iš eilės einančiose stulpelyje, tarp likučių yra įterpti tarpai.
Kas yra panašumas?
Sekų derinimo panašumas yra dviejų sekų panašumas, lyginant. Šis faktas priklauso nuo sekų tapatumo. Panašumas parodo likučių išlyginimo mastą. Taigi panašios sekos turi panašių savybių. Bioinformatikoje panašumas yra priemonė įvertinti dviejų b altymų panašumą.
01 pav.: Sekos išlygiavimo panašumas
Yra du pagrindiniai sekos derinimo proceso žingsniai. Pradinis žingsnis yra porų derinimas, kuris padeda rasti optimalų dviejų sekų (įskaitant tarpus) suderinimą, naudojant tokius algoritmus kaip BLAST, FastA ir LALIGN. Atitikimo algoritmas suranda minimalų redagavimo operacijų skaičių; in-dels ir pakaitalai, kad viena seka būtų suderinta su kita seka. Išlyginus porą, iš kiekvieno porinio palyginimo reikia gauti du kiekybinius parametrus. Tai tapatumas ir panašumas.
Kas yra tapatybė?
Sekų lygiavimo tapatybė – tai simbolių, tiksliai atitinkančių dvi skirtingas sekas, skaičius. Vadinasi, spragos neįskaičiuojamos vertinant tapatybę. Laikoma, kad matavimas yra susijęs su trumpesne seka tarp dviejų sekų. Tai reikšmingai reiškia, kad jis turi poveikį, kai sekos tapatumas nėra tranzityvus. Jei X=Y ir Y=Z, tai X nebūtinai yra lygus Z. Tai išvedama pagal tapatybės atstumo matą.
02 pav. Tapatybė sekos lygiavime
Pavyzdžiui, X turi AAGGCTT seką, Y turi AAGGC seką, o Z turi AAGGCAT seką. X ir Y tapatumas yra 100 % {5 identiški nukleotidai / min [ilgis (X), ilgis (Y)]}. Y ir Z tapatumas taip pat yra 100%. Tačiau X ir Z tapatumas yra tik 85 % {(6 identiški nukleotidai / 7)}.
Kokie yra panašumo ir tapatumo sekos lygiavimo panašumai?
- Panašumas ir tapatumas yra du terminai, kuriuos naudojame derindami seką.
- Be to, jie nurodo dviejų sekų panašumą.
- Be to, išreiškiame juos kaip procentinę reikšmę.
Kuo skiriasi panašumas ir tapatumas sekos lygiavime?
Išlygiavimo panašumas rodo dviejų sekų panašumą, kai palyginamas, o tapatumas sekų lygiavime nurodo simbolių, kurie tiksliai sutampa tarp dviejų skirtingų sekų, skaičių. Todėl tai yra pagrindinis skirtumas tarp panašumo ir tapatumo sekos derinimo srityje.
Santrauka – panašumas ir tapatybė sekos lygiavime
Sekų derinimas padeda nustatyti DNR, RNR ar b altymo panašumo sritis, atsiradusias dėl funkcinių, struktūrinių ar evoliucinių sekų ryšio. Taigi panašumas ir tapatumas yra du pagrindiniai terminai sekos derinimo kontekste. Pagrindinis skirtumas tarp šių dviejų terminų yra tas, kad panašumas yra dviejų sekų panašumas, o tapatumas yra simbolių, kurie tiksliai atitinka dvi skirtingas sekas, skaičius. Taigi, tai yra skirtumo tarp panašumo ir tapatumo sekos derinimo santrauka.
