Pagrindinis skirtumas – bukas ir lipnus galo surišimas
Restrikcijos endonukleazės yra specifiniai fermentai, kurie supjausto dvigrandę DNR (dsDNR). Molekulinėje biologijoje jie taip pat žinomi kaip molekulinės žirklės. Restrikcijos fermentai gali atpažinti specifines trumpas dsDNR sekas, žinomas kaip atpažinimo vietos, ir suskaidyti fosfodiesterio bei vandenilio ryšius, kad atsidarytų dvigubos grandinės. Dėl šių fermentų skilimo susidaro DNR fragmentai, kurių galai yra skirtingi, pavyzdžiui, lipnūs ir buki galai. DNR ligazė yra fermentas, naudojamas molekulinėje biologijoje, kad sujungtų dvi gretimas DNR grandines, sudarydamos naujus ryšius. Žingsnis yra žinomas kaip perrišimas ir, atsižvelgiant į surišto DNR galo tipą, jie gali būti vadinami buko galo ir lipniojo galo surišimu. Pagrindinis skirtumas tarp buko ir lipnaus galo perrišimo yra tas, kad bukas galas perrišamas tarp DNR fragmentų, turinčių du bukus galus, o lipnių galų perrišimas vyksta tarp 5' ir 3' iškyšų. Lyginant su buko galo perrišimu, lipnus galo surišimas yra efektyvesnis ir stabilesnis.
Kas yra bukas galas?
Kai kurios restrikcijos endonukleazės gali perpjauti DNR priešingose bazėse ir sudaryti bukus DNR fragmentus. Šie fermentai yra žinomi kaip bukas galų pjoviklis; jie suskyla tiesiai iki restrikcijos vietos vidurio, nepalikdami viengubo išsikišusių pagrindų. Buki galai taip pat žinomi kaip neiškišę galai, nes jų galuose nėra 3 ir 5 colių išsikišusių pagrindų. Abi gijos baigiasi nuo bazinių porų bukais galais. Įprasti buko galų pjovimo fermentai yra EcoRV HaeIII, AluI ir SmaI.
Bukas galas perrišamas tarp dviejų bukų galų. Tai nėra išsikišusių pagrindų perrišimas. Šis perrišimas yra mažiau efektyvus nei lipnus galo perrišimas. Tačiau kai kuriais atvejais buko galo perrišimas tampa naudingesnis nei lipniojo galo perrišimas, ypač perrišant PGR produktus. PGR produktai visada gaminami bukais galais. Bukų galų perrišimui nereikia papildomų DNR galų, kad būtų galima surišti.
01 paveikslas: „Eco RV“fermento gamybos pabaiga yra neryški
Kas yra lipnus galas?
Kai kurios restrikcijos endonukleazės gali pjauti dsDNR, palikdamos vienagrandės DNR gabalėlį gale. Šie galai yra žinomi kaip lipni arba išsikišę galai. Lipnus galas surišamas tarp dviejų DNR fragmentų, turinčių sutampančių iškyšų, nes lipnūs galai turi nesuporuotas bazes ir reikalingos papildomos bazės, kad susidarytų ryšiai. Taigi, norint gauti atitinkančius susiejančius fragmentus, abiem DNR š altiniams būtina naudoti tą patį restrikcijos fermentą.
Lipnus galo surišimas yra efektyvesnis ir dažnai labai pageidautinas klonavimo procesuose. Yra keletas restrikcijos fermentų, kurie gamina lipnius galus. Tai EcoRI, BamHI, HindIII ir kt.
02 pav. Lipni galutinė Eco RI fermento gamyba
Kuo skiriasi bukas ir lipnus galas?
Blunt vs lipni galo rišimas |
|
| Bukas galas sujungiamas tarp dviejų bukų DNR fragmentų. | Lipnių galų perrišimas vyksta tarp dviejų sutampančių DNR fragmentų su lipniais galais. |
| Fermentai | |
| Bukais galais pjaustytuvai sukuria bukus galus. | Lipnių galų pjaustyklės gamina lipnius arba vientisus galus. |
| Reikalavimas suderinti galus | |
| Jam nereikia atitinkančių fragmentų ar papildomų bazių. | Jo galuose reikia papildomų bazių, kad būtų sudarytos bazių poros. |
| Efektyvumas | |
| Tai mažiau efektyvu nei lipnus galo surišimas | Tai efektyviau nei buko galo surišimas. |
Santrauka – bukas vs lipnus galas
Restrikcijos endonukleazės gali suskaldyti dsDNR ir gaminti DNR fragmentus su skirtingais galais. Jie atpažįsta specifines sekas ir apriboja DNR, sukurdami lipnius ir bukus galus. Lipnūs galai turi nesuporuotus pagrindus fragmentų gale. Buki galai susidaro dėl tiesaus skilimo, o galuose jų yra bazių poros. Lipniojo galo perrišimui reikia dviejų vienas kitą papildančių vienos grandinės DNR dalių. Buko galo perrišimas vyksta tarp bet kurių dviejų buko galo fragmentų. Tai yra skirtumas tarp buko ir lipnaus rišimo.
