Pagrindinis skirtumas – AFLP vs RFLP
DNR tyrimai turi didžiulę reikšmę suvokiant ir nustatant filogenetinius ryšius, diagnozuojant genetines ligas ir nustatant organizmo genomus. Tam tikram genui arba DNR sekai nežinomos DNR telkinyje taip pat naudojami keli metodai, susiję su DNR analize. Jie žinomi kaip molekuliniai žymenys. Sustiprinto fragmento ilgio polimorfizmas (AFLP) ir ribojimo fragmento ilgio polimorfizmas (RFLP) yra du tokie molekuliniai žymenys (metodai), sukurti molekulinėje biologijoje, siekiant nustatyti genetinius organizmų skirtumus. Abu metodai yra vienodai svarbūs ir turi privalumų ir trūkumų. Pagrindinis skirtumas tarp AFLP ir RFLP yra tas, kad AFLP apima selektyvią suskaidytos DNR PGR amplifikaciją, o RFLP neapima selektyvaus DNR fragmentų PGR amplifikacijos.
Kas yra AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) yra svarbi molekulinės biologijos priemonė ir plačiai naudojama atliekant genetinių variacijų analizę. AFLP yra pagrįsta specifiniu suskaidytos genominės DNR PGR amplifikavimu ir polimorfizmo aptikimu autoradiografais naudojant gelio elektroforezę. AFLP plačiai padeda nustatyti įvairių karalysčių, įskaitant augalus, gyvūnus, bakterijas ir grybus, padermių ar glaudžiai susijusių rūšių genetinius skirtumus. AFLP galima atlikti su nedideliu kiekiu nežinomų DNR mėginių. Tam nereikia išankstinių žinių apie sekas ir zondų projektavimo.
AFLP žingsniai
- DNR išskyrimas
- DNR virškinimas restrikcijos endonukleazėmis
- Apribotų DNR fragmentų sujungimas su adapteriais
- Selektyvioji fragmentų su specifinėmis restrikcijos vietomis amplifikacija
- PGR produktų atskyrimas gelio elektroforezės būdu
- Gelio matricos vizualizavimas autoradiografu
AFLP yra jautresnis ir atkuriamesnis metodas, kuris gali būti naudojamas kelių taksonų, įskaitant grybus, bakterijas, augalus ir gyvūnus, DNR profiliavimui be išankstinių žinių apie DNR sekas. Tai padeda nustatyti nedidelius populiacijų individų skirtumus dėl labai jautraus pobūdžio. AFLP taip pat svarbus genomo kartografavimo, teismo ekspertizės, tėvų tyrimų, genotipų nustatymo ir kt.
01 pav.: AFLP
Kas yra RFLP?
Ribojimo fragmento ilgio polimorfizmai (RFLP) yra technika, naudojama homologinių DNR sekų genetiniams variacijoms aptikti. Tai pirmasis DNR profiliavimo metodas. Organizmai turi unikalius DNR pirštų atspaudus arba DNR profilius. RFLP yra svarbi priemonė analizuojant skirtumus tarp specifinių ar glaudžiai susijusių organizmų DNR profilių, nes homologinės sekos turi skirtingas restrikcijos vietas (vietoves), kurios yra unikalios konkrečiam organizmui. Kai homologinė DNR virškinama specifinėmis restrikcijos endonukleazėmis, susidaro skirtingi DNR profiliai, kurie yra unikalūs kiekvienam asmeniui. Todėl šio metodo esmė yra genetinės variacijos tarp organizmų aptikimas ribojant homologinę DNR specifiniais restrikcijos fermentais ir fragmentų ilgio polimorfizmo analizė gelio elektroforezės ir blotavimo būdu. Blotavimo modeliai yra unikalūs kiekvienam organizmui ir apibūdina specifinius genotipus.
RFLP žingsniai
- Pakankamo DNR kiekio išskyrimas iš mėginių
- DNR mėginių su specifinėmis restrikcijos endonukleazėmis suskaidymas į trumpą seką
- Gautos skirtingo ilgio fragmentų atskyrimas agarozės gelio elektroforeze.
- Gelio profilio perkėlimas į membraną Southern blotting būdu
- Membranos hibridizavimas su paženklintais zondais ir fragmento ilgio polimorfizmo analizė kiekviename profilyje
RFLP yra labai svarbus metodas nustatant ligos paveldimumą ir nustatant ligos atsiradimo riziką tarp šeimos narių. RFLP taip pat dažnai naudojamas genomo kartografavimui, nusik altėlių identifikavimui kriminalistikoje, tėvystės tyrimuose ir kt. RFLP taip pat turi keletą apribojimų. Norint sukurti hibridizacijos zondus, RFLP reikia išankstinių žinių apie sekos duomenis. Taip pat reikia iš analizuoti mėginio atskirti pakankamą DNR kiekį, o tai sunku atliekant teismo medicinos tyrimus.
01 pav.: RRFLP atvaizdavimas
Kuo skiriasi AFLP ir RFLP?
ALFP prieš RFLP |
|
| AFLP apima selektyvią suskaidytos DNR PGR amplifikaciją. | RFLP neapima PGR, nebent tai yra PGR-RFLP. |
| Sekos žinios | |
| Išankstinių sekos žinių nebūtina. | Norint sukurti RFLP zondus, reikia išankstinių žinių apie seką. |
| Patikimumas | |
| Tai patikimesnis. | Tai mažiau patikima, palyginti su AFLP. |
| Efektyvumas nustatant polimorfizmą | |
| Tai efektyviau aptinka polimorfizmą nei RFLP. | Tai mažiau efektyvu, palyginti su AFLP. |
| Kaina | |
| Tai šiek tiek brangu, palyginti su RFLP. | Tai pigiau, palyginti su AFLP. |
| Applications | |
| AFLP buvo pritaikyti genomo kartografavimui, DNR pirštų atspaudų ėmimui, genetinės įvairovės tyrimams, tėvystės tyrimams ir teismo ekspertizei | RFLP analizė yra svarbi priemonė genomo kartografavimui, genetinių sutrikimų genų lokalizavimui, ligų rizikos nustatymui ir tėvystės tyrimui. |
Santrauka – AFLP vs RFLP
AFLP ir RFLP yra du metodai, naudojami kaip genetiniai žymenys, skirti įvertinti įvairovę ir įvertinti genetinius ryšius molekulinėje biologijoje. AFLP yra efektyvus ir jautrus būdas nustatyti genetinį polimorfizmą tarp organizmų nei RFLP. Tačiau, nors abu šie metodai yra skirtingai veiksmingi nustatant genetines variacijas, jie vis tiek naudojami DNR pirštų atspaudams imti ir ligoms diagnozuoti.
