Pagrindinis skirtumas tarp molekulinio prijungimo ir taškų skaičiavimo yra tas, kad prijungimas yra metodas, naudojamas dviejų molekulių surišimo afinitetui nustatyti, o balų skaičiavimas yra tam tikros pozos įvertinimo procesas, skaičiuojant palankių tarpmolekulinių sąveikų skaičių.
Molekulinio modeliavimo srityje vartojami terminai molekulinis prijungimas ir taškų skaičiavimas. Molekulinis modeliavimas yra metodas, naudojamas norint nustatyti galimą skirtingų molekulių išsidėstymą tam tikroje medžiagoje. Šis metodas yra svarbus kuriant naujus stabilius junginius.
Kas yra molekulinis prijungimas?
Molekulinis prijungimas yra skaičiuojamasis kandidato ligando prisijungimo prie receptoriaus modeliavimas. Šis metodas numato pageidaujamą vienos molekulės orientaciją į kitą molekulę, kai jos yra sujungtos viena su kita, kad susidarytų stabilus kompleksas. Šio metodo rezultatai gali būti naudojami dviejų molekulių asociacijos stiprumui arba surišimo afinitetui numatyti. Čia taip pat svarbi molekulinio balo funkcija.
01 pav.: paprasta diagrama, rodanti molekulinės sąveikos procesą biologinėse sistemose
Paprastai šis metodas apima biologiškai svarbias molekules, tokias kaip b altymai, peptidai, nukleorūgštys, angliavandeniai ir lipidai. Šios molekulės yra labai svarbios ir atlieka svarbų vaidmenį signalų perdavimo mechanizmuose mūsų organizme. Todėl dviejų molekulių, kurios ketina prisijungti prie šio signalo perdavimo proceso, orientacija turi įtakos čia gaunamo signalo tipui. Tai reiškia; molekulinis prijungimas yra svarbus nustatant signalo, gaunamo perduodant signalą biologinėse sistemose, stiprumą ir tipą.
Be to, molekulinio prijungimo metodai yra svarbūs kuriant struktūrinius vaistus. Taip yra dėl to, kad galima nuspėti mažų molekulių, tokių kaip ligandai, susiejimą su tinkama surišimo vieta.
Kas yra molekulinis balas?
Molekulinis balų skaičiavimas yra matematinės funkcijos tipas, naudingas vertinant molekulinio prijungimo eigą. Skaičiavimo chemijos srityje balų funkcijos naudojamos dviejų molekulių surišimo afinitetui numatyti po prijungimo proceso. Pavyzdžiui, jei turime nedidelę vaisto dalelių molekulę ir yra biologinis taikinys, pvz., b altymas, galime įvertinti vaisto afinitetą surišimo vietai. Be to, molekulinis balas gali būti naudojamas nuspėti tarpmolekulines sąveikas tarp dviejų b altymų arba tarp b altymo ir DNR molekulių.
02 pav. Trumpai apie balų skaičiavimo funkciją
Pagrindinis molekulinio įvertinimo taikymas yra vaistų kūrimo procesuose, pavyzdžiui, virtualioje atrankoje, de novo projektavimui, potencialių klientų optimizavimui ir kt.
Kuo skiriasi molekulinis prijungimas ir taškų skaičiavimas?
Molekulinis prijungimas ir taškų skaičiavimas yra svarbūs molekuliniam modeliavimui. Pagrindinis skirtumas tarp molekulinio prijungimo ir taškų nustatymo yra tas, kad prijungimas yra metodas, naudojamas dviejų molekulių surišimo afinitetui nustatyti, o balų skaičiavimas yra tam tikros pozos įvertinimo procesas, skaičiuojant palankių tarpmolekulinių sąveikų skaičių.
Toliau pateiktoje infografijoje apibendrinamas skirtumas tarp molekulinio prijungimo ir taškų skaičiavimo.
Santrauka – molekulinis prijungimas prieš taškų skaičiavimą
Molekulinis prijungimas ir taškų skaičiavimas yra svarbūs molekuliniam modeliavimui. Pagrindinis skirtumas tarp molekulinio prijungimo ir taškų nustatymo yra tas, kad prijungimas yra metodas, naudojamas dviejų molekulių surišimo afinitetui nustatyti, o balų skaičiavimas yra tam tikros pozos įvertinimo procesas, skaičiuojant palankių tarpmolekulinių sąveikų skaičių.
