Pagrindinis skirtumas tarp hierarchinio ir viso genomo šautuvų sekos nustatymo yra tas, kad atliekant hierarchinį šautuvų sekos nustatymą, genomas suskaidomas į didesnius fragmentus prieš nustatant seką, o atliekant viso genomo šautuvų sekos nustatymą visas genomas suskaidomas į mažus fragmentus, kad būtų galima nustatyti seką..
Sekvenavimas yra svarbus molekulinių procesų metodas, ypač tiksliai identifikuojant rūšis. Tiesą sakant, tai yra metodas, leidžiantis nustatyti tikslią nukleotidų tvarką gene arba genome. Egzistuoja daugybė sekos sudarymo būdų. Kai kurie iš jų apima Maxamo Gilberto metodą, Sangerio metodą ir automatizuotą Sangerio metodą.
Kas yra hierarchinė šautuvų seka?
Hierarchinis šautuvų sekos nustatymas yra vienas iš sekos nustatymo būdų. Jis taip pat vadinamas „sekvenavimu iš viršaus į apačią“. Be to, šis metodas susideda iš dviejų etapų: pirmasis žingsnis yra genomo amplifikacija, o antrasis žingsnis yra genomo fragmentacija. Šiuo metodu pirmiausia genomas supjaustomas į didelius fragmentus. Po to šie dideli fragmentai klonuojami į įvairius šeimininkus, naudojant vektorius arba dirbtines chromosomas. Tada šie rekombinantiniai vektoriai suskirstomi į biblioteką. Atliekant šautuvų seką, rekombinantinių vektoriaus klonų seka nustatoma atskirai. Klonuose esantys fragmentai yra suskaidomi restrikciniu būdu, kad dar labiau sumažintų genomo dydį, todėl atliekama seka.
01 pav.: Hierarchinė šautuvų seka
Atliekant hierarchinę šautuvų seką, prieš nustatant šautuvų seką, dideli fragmentų gabalai turi būti išdėstyti eilės tvarka. Tai vyksta naudojant molekulinius žymenis, kurie yra įtraukiami klonavimo proceso metu.
Hierarchinė šautuvų seka sukuria mažos skiriamosios gebos genų žemėlapį. Bet tai sukuria tvarkingą sekos žemėlapį. Taigi tai trunka ilgiau nei tiesioginis sekos nustatymas. Visas procesas vėluoja dėl rekombinantinės vektorinės bibliotekos sukūrimo. Ar tai irgi daug darbo reikalaujanti technika. Tačiau šiuo metu ši technika yra automatizuota, kad būtų lengviau atlikti darbą.
Kas yra viso genomo šautuvų sekos nustatymas?
Viso genomo pistoleto sekos nustatymas yra vieno žingsnio sekos nustatymo procesas. Šiame procese pirmiausia vyksta viso genomo kirpimas. Po to kiekvieno iš šių mažų fragmentų seka atliekama atsitiktinai. Užbaigus seką, atliekama sekų analizė. Atliekant sekų analizę, sutampančios sekos pašalinamos, o analizė nėra užsakytas procesas. Todėl sekų surinkimas yra mažiau efektyvus procesas, palyginti su hierarchiniu šautuvų sekos nustatymu. Tačiau viso genomo šautuvų sekos nustatymo procesas yra greitesnis, o viso genomo analizė gali vykti vienu atveju.
Kokie yra hierarchinio ir viso genomo šautuvų sekos panašumai?
- Hierarchinė ir viso genomo sekos nustatymas šautuvu yra du sekos nustatymo būdai.
- Abiems taikomas Sangerio sekos nustatymas arba automatiniai Sangerio sekos nustatymo metodai.
- Jie dalyvauja nustatant DNR ir RNR fragmentų seką.
- Be to, abu metodai yra svarbūs molekulinės diagnostikos ir tyrimų tikslais.
- Šiuo metu abu metodai yra automatizuoti arba kompiuteriniai.
- Abu metodai priklauso nuo genomo suskaidymo.
Kuo skiriasi hierarchinė ir viso genomo šautuvų sekos nustatymas?
Hierarchinis šautuvų sekos nustatymas sukuria didesnio dydžio fragmentus, palyginti su viso genomo šautuvų sekos nustatymu, kuris veikia su mažais sekų fragmentais. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp hierarchinio ir viso genomo šautuvų sekos nustatymo. Be to, hierarchinė šautuvų seka susideda iš dviejų pagrindinių žingsnių, o viso genomo šautuvų sekos nustatymas priklauso nuo vieno pagrindinio žingsnio.
Be to, kitas skirtumas tarp hierarchinio ir viso genomo šautuvų sekos nustatymo yra tas, kad viso genomo šautuvų sekos skyra yra didesnė, palyginti su hierarchiniu šautuvų sekos nustatymu.
Toliau pateiktoje infografijoje apibendrinamas skirtumas tarp hierarchinio ir viso genomo šautuvų sekos nustatymo.
Santrauka – hierarchinė ir viso genomo šautuvų sekos nustatymas
Hierarchinis ir viso genomo šautuvų sekos nustatymas yra du dideli genomų sekos būdai. Hierarchinė šautuvų seka yra dviejų pakopų sekos nustatymo procesas, kai genomas suskaidomas į didesnius fragmentus. Priešingai, viso genomo šautuvų sekos nustatymas yra vieno žingsnio sekos nustatymas, kai genomas suskaidomas į mažus fragmentus ir tiesiogiai sekvenuojamas. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp hierarchinio ir viso genomo šautuvų sekos nustatymo. Be to, šių dviejų metodų techniniai aspektai gali skirtis.
