Pagrindinis skirtumas – genotipų nustatymas ir sekos nustatymas
Genotipų nustatymas ir sekos nustatymas yra du būdai gauti informaciją apie nukleino rūgštis, daugiausia apie organizmo DNR. Pagrindinis skirtumas tarp genotipų nustatymo ir sekos nustatymo yra tas, kad genotipų nustatymas yra procesas, kurio metu nustatoma, kurį genetinį variantą individas turi, naudojant žymenis, o sekvenavimas – tai teisingos nukleotidų sekos tam tikrame DNR fragmente nustatymas.
Kas yra genotipų nustatymas?
Genotipų nustatymas – tai individo genetinės sandaros nustatymas naudojant DNR ir žymenų seką bei jos paveldėjimo palyginimas ir identifikavimas. Genotipų nustatymas yra svarbus evoliucinėje biologijoje, populiacijos biologijoje, taksonomijoje, ekologijoje ir organizmų genetikoje. Jis gali būti atliekamas naudojant įvairius metodus, įskaitant DNR sekos nustatymą, polimerazės grandininę reakciją, restrikcijos fragmento ilgio polimorfizmą (RFLP), atsitiktinį amplifikuotą polimorfinį aptikimą, amplifikuoto fragmento ilgio polimorfizmą (AFLP), DNR mikromatricas ir kt.
Genotipų nustatymas apima tam tikrų mažų DNR sekų fragmentų sekos nustatymą ir genetinės sudėties ryšio su kitais asmenimis nustatymą naudojant genetinius žymenis. Jis nustato vieno nukleotido polimorfizmus (SNP) tarp individų arba konkrečių alelių. Genotipų nustatymas taikomas daugeliui organizmų, įskaitant žmones. Jis taip pat taikomas mikroorganizmams, tokiems kaip virusai, grybai ir kt., ir gali būti naudojamas jų genetiniams variantams nustatyti naudojant etaloninius profilius. Molekulinėje epidemiologijoje ir teismo mikrobiologijoje patogenų, ypač mikroorganizmų, kontrolė atliekama remiantis informacija, gauta nustatant genotipą. Genotipų nustatymas yra labai svarbus kilmės analizei. Žmonėms nustatomas genotipas, siekiant patvirtinti motinystę ir tėvystę. Genotipas atskleis dominuojančius ir recesyvinius genų alelius, kurie lemia specifinius bruožus.
1 pav.: RFLP genotipų nustatymas
Kas yra sekos nustatymas?
Sekvenavimas – tai teisingos nukleotidų eilės tam tikrame DNR arba RNR fragmente nustatymo procesas. Praktiškai visa informacija, reikalinga organizmo augimui ir vystymuisi, yra užkoduota jo genome. Dėl kelių šimtų nukleotidų ilgio nukleorūgščių fragmentų gamybos ir atskyrimo metodų buvo sukurtos procedūros, leidžiančios nustatyti tikslią tam tikro DNR arba RNR fragmento nukleotidų seką. Šiandien yra įvairių tipų sekos nustatymo metodų. Šie sekos nustatymo metodai kartu su genomo bibliotekų, reprezentuojančių visą organizmo genomą, kūrimo technologijomis, palengvina viso to organizmo genomo sekos nustatymą, atliekant nuodugnią genų struktūrų, genų funkcijų, genų vietų, genų ekspresijos analizę, genų žemėlapių sudarymas, genų reguliavimo regionai ir kt.
Bendras daugelio virusų, kelių bakterijų, archebakterijų, mielių ir kelių kitų organizmų genomas buvo suskirstytas ir sudarytas. Žmogaus genomo projektas leido nustatyti ir kartografuoti visą žmogaus genomą ir 2003 m. paskelbti pirmąjį jo juodraštį. Tai svarbus etapas siekiant biologijos pažangos. Žmogaus genomo sekos dabar naudojamos medicinos sektoriuje, siekiant nustatyti genetines retų ligų priežastis, tikrinti naujagimių ligų riziką, nustatyti įvairių vėžio formų genetines detales, kurti naujus gydymo būdus ir kurti naujas diagnostikos priemones ir kt.
Augalų pasaulyje ryžių genomas ir Arabidopsis genomai buvo sekvenuoti. Žinios apie šias sekas neabejotinai pakeis mūsų supratimą apie ląstelių ir organizmų funkcionavimą.
Paveikslėlis_2: Dainininko sekos autoradiografija
Kuo skiriasi genotipų nustatymas ir sekos nustatymas?
Genotipo nustatymas prieš sekos nustatymą |
|
| Genotipų nustatymas – tai individo genetinės sudėties nustatymo ir to organizmo grupės arba taksonomijos tikrinimo procesas. | Sekvenavimas yra tikslios tam tikros DNR arba RNR fragmento nukleotidų tvarkos nustatymo procesas. |
| Technika | |
| RFLP, genų sekos nustatymas, PGR, DNR mikromatricos, AFLP ir kt. | Sangerio sekos nustatymas, Gilberto sekos nustatymas, pirozės nustatymas, naujos kartos sekos nustatymas, šautuvų sekos nustatymas ir tt |
| Pagrindiniai rūpesčiai | |
| Tai labiau rūpi, ar genotipo skirtumai lemia tikrus fenotipo skirtumus. | Tai labiau rūpi nukleotidų tvarka ir jos skirtumai bei kitimai su kitais organizmais. |
Santrauka – genotipų nustatymas ir sekos nustatymas
Genotipų nustatymas ir sekos nustatymas yra naudingi tiriant organizmų genetinę informaciją. Genotipų nustatymas – tai individų genotipų skirtumų ir jų kategorijų nustatymo procesas. Sekvenavimas yra teisingos nukleotidų eilės nustatymo suinteresuotame fragmente arba DNR regione procesas. Abu metodai suteikia svarbios informacijos apie genus ir genomus.
