Pagrindinis skirtumas tarp BLAST ir FastA yra tas, kad BLAST yra pagrindinis derinimo įrankis, kurį galima rasti Nacionalinio biotechnologijos informacijos centro svetainėje, o FastA yra panašumų paieškos įrankis, kurį galima rasti Europos bioinformatikos instituto svetainėje.
BLAST ir FastA yra dvi programinė įranga, plačiai naudojama siekiant palyginti skirtingų rūšių DNR, aminorūgščių, b altymų ir nukleotidų biologines sekas ir ieškoti jų panašumų. Šie algoritmai buvo parašyti atsižvelgiant į greitį. Nes kai devintojo dešimtmečio viduryje mokslininkams pavyko išskirti DNR laboratorijoje, iškilo poreikis palyginti ir rasti identiškus genus tolesniems tyrimams dideliu greičiu. Taigi šios dvi programinės įrangos buvo sukurtos taip, kad vartotojas galėtų greitai ieškoti panašių sekų su savo užklausų sekomis.
BLAST yra pagrindinio vietinio išlygiavimo paieškos įrankio santrumpa ir naudoja lokalizuotą metodą, lyginant dvi sekas. FastA yra programinė įranga, susijusi su Fast A, kur A reiškia viską. Čia programinė įranga veikia su abėcėlėmis, tokiomis kaip Fast A DNR sekai nustatyti ir Fast P b altymams. Tiek BLAST, tiek FastA labai greitai palygina bet kokią genomo duomenų bazę, todėl yra labai perspektyvios piniginiu požiūriu ir taupo laiką.
Kas yra BLAST?
BLAST yra viena iš plačiausiai naudojamų bioinformatikos programinės įrangos, kuri buvo sukurta 1990 m. Nuo tada ji yra prieinama visiems NCBI svetainėje. Be to, bet kuris asmuo gali pasiekti šią programinę įrangą ir ja naudotis. Be to, BLAST yra programinė įranga, kuriai reikia įvesties duomenų arba sekos FastA formatu. Tačiau jis pateikia išvesties duomenis paprasto teksto, HTML arba XML formatu. BLAST veikia pagal principą: ieško lokalizuotų panašumų tarp dviejų sekų ir trumpai išvardija panašias sekas, o po to ieško kaimyninių panašumų.
01 pav.: BLAST rezultatai
Taigi, ši programinė įranga ieško daug panašių vietinių regionų ir pateikia rezultatą pasiekus slenkstinę vertę. Tačiau šis procesas skiriasi nuo ankstesnės programinės įrangos, kuri pirmiausia ieško visoje sekoje, o tada atlieka palyginimą, todėl užtruko daug laiko.
Be aukščiau nurodyto panašumo tikrinimo, BLAST galima naudoti daugybe kitų, pavyzdžiui, DNR kartografavimo, dviejų identiškų skirtingų rūšių genų palyginimo, filogenetinio medžio kūrimo ir kt.
Kas yra FastA?
FastA yra b altymų sekų derinimo programinė įranga. Davidas J. Lipmanas ir Williamas R. Pearsonas aprašė šią programinę įrangą 1985 m. Nors iš pradžių ši programinė įranga buvo naudojama tik b altymų sekoms palyginti, modifikuotoje jos versijoje buvo galima palyginti ir DNR sekas. Čia ši programinė įranga naudoja dviejų sekų statistinio panašumo nustatymo principą. Jis suderina vieną DNR arba b altymo seką su kita seka vietinio sekos derinimo metodu.
02 pav.: GreitasA
Tačiau ji ieško vietinių regionų, kad būtų panašumas, bet ne geriausias dviejų sekų atitikimas. Kadangi ši programinė įranga kartais lygina lokalizuotus panašumus, joje taip pat gali atsirasti neatitikimų. Eilėje FastA užima nedidelę dalį, žinomą kaip k-eilės, kur kortelės gali būti nuo 1 iki 6 ir atitinka kitos sekos k eilutes. Atitikties proceso pabaigoje, pasiekus slenkstinę vertę, gaunamas rezultatas.
Kokie yra BLAST ir FastA panašumai?
- BLAST ir FastA yra bioinformatikos įrankiai, naudojami b altymų ir DNR sekoms lyginti, siekiant panašumų.
- Be to, abi programos naudoja taškų strategiją, kad palygintų sekas.
- Be to, abu įrankiai duoda labai tikslius rezultatus.
Kuo skiriasi BLAST ir FastA?
BLAST yra įrankis, skirtas patikrinti biologinių sekų panašumą. Kita vertus, FastA yra dar viena programa, palengvinanti b altymų ir DNR sekų panašumo patikrinimą. Tačiau, palyginti su FastA, BLAST programinė įranga yra labai populiari, nes duoda tikslesnius ir greitesnius rezultatus. Taigi, tai yra skirtumas tarp BLAST ir FastA. Be to, skirtingai nei FastA, BLAST programa yra modifikuojama pagal vartotojo poreikius. Todėl tai dar vienas skirtumas tarp BLAST ir FastA.
Toliau pateiktame infografike apie skirtumus tarp BLAST ir FastA pateikiama daugiau informacijos.
Santrauka – BLAST vs FastA
BLAST ir FastA yra dvi programos, leidžiančios vartotojui palyginti savo užklausų seką su esamų duomenų bazių sekomis ir patikrinti panašumus. Pradinis FastA tikslas buvo palyginti tik b altymų sekas. Tačiau modifikuota šios programinės įrangos versija palengvina b altymų ir DNR sekų palyginimą. Nors FastA yra gera programinė įranga, dauguma žmonių naudoja BLAST derinimo įrankį, nes jis yra populiaresnis ir duoda tikslesnius bei greitesnius rezultatus nei FastA. Be to, BLAST įrankis yra modifikuojamas pagal vartotojo poreikius. Trumpai tariant, čia apibendrinamas skirtumas tarp BLAST ir FastA.
