Pagrindinis skirtumas tarp agarozės ir poliakrilamido gelio elektroforezės yra tas, kad atliekant agarozės gelio elektroforezę naudojami horizontaliai pilami agarozės geliai, kad būtų atskirti palyginti didesni DNR fragmentai, o poliakrilamido gelio elektroforezės metu naudojami vertikaliai pilami poliakrilamido gelio geliai, skirti atskirti trumpesnius nukleino rūgšties fragmentus.
Elektroforezė yra metodas, kai naudojamas elektrinis laukas, veikiamas per gelio matricą, kad būtų atskirtos biomolekulės, pvz., DNR, RNR ir b altymai. Šis biomolekulių, tokių kaip DNR, RNR ir b altymų, atskyrimas elektroforezės būdu pagrįstas krūviu ir dydžiu. Mėginiai įkeliami į gelio šulinukus. Vėliau elektrinis laukas taikomas skersai gelio. Dėl lauko neigiamo krūvio molekulės juda teigiamo elektrodo link. Gelio matrica veikia kaip molekulinis sietas, per kurį mažiausios molekulės praeina arba greitai keliauja, o didesnės molekulės juda lėtai. Tai leidžia atskirti molekules pagal krūvį ir dydį. Todėl agarozės ir poliakrilamido gelio elektroforezė yra dviejų tipų gelio elektroforezės metodai, kurie daugiausia padeda atskirti molekules pagal jų dydį ir krūvį.
Kas yra agarozės gelio elektroforezė?
Agarozės gelio elektroforezė yra metodas, kai agarozės geliai naudojami biomolekulėms, tokioms kaip DNR ir RNR, atskirti. Tai metodas, naudojamas nukleino rūgštims atskirti pirmiausia pagal dydį. Pagrindinis junginys, vadinamas agaroze, naudojamas šioje technikoje, yra polisacharidas. Jis gaunamas iš jūros dumblių. Agarozę galima ištirpinti verdančiame buferyje ir tada supilti į dėklą, kuris laikomas horizontaliai. Dėkle jis sustingsta, kai atvėsta, sudarydamas plokštę. Agarozės geliai pilami su šukomis, kad būtų padarytos duobutės, į kurias, geliui sukietėjus, įpilamos nukleino rūgštys, pvz., DNR arba RNR.
01 pav.: Agarozės gelio elektroforezė
Vėliau gelis panardinamas į atitinkamą buferį ir per visą gelį patenka srovė. DNR turi vienodą neigiamą krūvį, kuris nepriklauso nuo molekulės sekos sudėties. Todėl DNR molekulės migruos nuo katodo (-) link anodo (+). Migracijos greitis tiesiogiai priklauso nuo molekulės dydžio. Didžiausioms makromolekulėms sunkiausia naršyti gelyje. Kita vertus, mažesnės makromolekulės greitai ir gana lengvai praslysta per gelį.
Kas yra poliakrilamido gelio elektroforezė?
Poliakrilamido gelio elektroforezė (PAGE) – tai metodas, kai biomolekulėms atskirti naudojami poliakrilamido geliai. Tai metodas, plačiai naudojamas atskirti biologines makromolekules, dažniausiai b altymus ir nukleino rūgštis, atsižvelgiant į jų elektroforezinį mobilumą. Akrilnitrilo hidratacija lemia akrilamido molekulių susidarymą, veikiant nitrilo hidratazei. Akrilamidas tirpsta vandenyje, o pridėjus laisvųjų radikalų iniciatorių akrilamidas polimerizuojasi, todėl susidaro poliakrilamido gelis. Paprastai dėl padidėjusios akrilamido koncentracijos sumažėja porų dydis gelyje. Poliakrilamido geliai pilami vertikaliai, skirtingai nei agarozės geliai.
02 pav.: poliakrilamido gelio elektroforezė
Atliekant poliakrilamido gelio elektroforezę, molekulės gali bėgti į pradinę būseną, taip išsaugodamos aukštesnės eilės molekulių struktūrą. Šis metodas vadinamas vietiniu PAGE. Arba taip pat galima pridėti cheminio denatūranto, kad būtų pašalinta aukštesnės eilės struktūra ir molekulė paverstų nestruktūrizuota molekule, kurios mobilumas priklauso tik nuo jos ilgio. Šis tipas vadinamas SDS-PAGE.
Kokie yra agarozės ir poliakrilamido gelio elektroforezės panašumai?
- Agarozė ir poliakrilamido gelio elektroforezė yra dviejų tipų gelio elektroforezės metodai.
- Tiesą sakant, tai yra molekulinės biologijos metodai.
- Abu metodai naudojami aptikti biologines makromolekules, pvz., DNR ir b altymus.
- Šiuos būdus atlieka kvalifikuoti technikai arba tyrėjai.
- Abu metodais makromolekulių atskyrimas pagrįstas krūviu ir dydžiu.
- Abu metodai leidžia atskirti nukleino rūgštis, pvz., DNR ir RNR.
Kuo skiriasi agarozės ir poliakrilamido gelio elektroforezė?
Agarozės gelio elektroforezė yra metodas, kai biomolekulėms atskirti naudojami horizontaliai pilami agarozės geliai, o poliakrilamido gelio elektroforezė yra metodas, kai biomolekulėms atskirti naudojami vertikaliai pilami poliakrilamido geliai. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp agarozės ir poliakrilamido gelio elektroforezės. Be to, agarozės gelio elektroforezė naudojama DNR ir RNR atskirti, o poliakrilamido gelio elektroforezė naudojama nukleorūgštims, tokioms kaip DNR, RNR arba b altymai, atskirti.
Toliau pateiktoje lentelėje apibendrinamas skirtumas tarp agarozės ir poliakrilamido gelio elektroforezės.
Santrauka – agarozės vs poliakrilamido gelio elektroforezė
Agarozė ir poliakrilamido gelio elektroforezė yra dviejų tipų gelio elektroforezės metodai, naudojami molekulinės biologijos laboratorijose. Agarozės gelio elektroforezėje biomolekulėms atskirti naudojamas agarozės gelis. Agarozė paprastai nėra toksiška žmonėms, o poliakrilamidas yra toksiškas žmonėms. Be to, agarozės gelio elektroforezė rodo mažą skiriamąją gebą, o poliakrilamido gelio elektroforezė rodo didesnę skiriamąją gebą. Poliakrilamido gelio elektroforezėje biomolekulėms atskirti naudojamas poliakrilamido gelis. Tai apibendrina skirtumą tarp agarozės ir poliakrilamido gelio elektroforezės
