Pagrindinis skirtumas – pirmyn ir atgalinis pradmenys
Polimerazės grandininė reakcija (PGR) yra DNR amplifikacijos metodas, naudojamas molekulinėje biologijoje. Tai dažniausiai naudojama technika, kuri daro nuo milijonų iki milijardų ypač įdomios DNR sekos kopijų. Tai in vitro metodas, atliekamas laboratorijose. PGR metodas visiškai priklauso nuo komerciškai pagamintos DNR polimerazės, vadinamos Taq polimeraze. Taip pat tam reikia kelių kitų komponentų ir tinkamos temperatūros palaikymo. Vienas svarbus komponentas yra gruntai. Pradmenys yra trumpos DNR sekos, specialiai sukurtos tikslinei DNR sekai. Paprastai jie yra apie 20 nukleotidų ilgio. Taq polimerazė katalizuoja nukleotidų įtraukimą į jau egzistuojančią nukleotidų seką. Taigi pradmenys yra naujų gijų sintezės pradžios taškai. Taq polimerazė veikia tik 5'-3' kryptimi, todėl DNR sintezė vyksta ta pačia 5'-3' kryptimi. Kadangi DNR yra dvigrandė, PGR reikalingi dviejų tipų pradmenys. Jie žinomi kaip priekiniai ir atvirkštiniai pradmenys. Pirmieji ir atvirkštiniai pradmenys vadinami pagal pradmenų pailgėjimo kryptį DNR, kai vyksta DNR sintezė. Pirminis pradmuo susilieja su antisensine DNR grandine ir inicijuoja +ve geno grandinės sintezę 5’–3’ kryptimi. Atvirkštinis pradmuo susilieja su sensorine grandine ir inicijuoja papildomos koduojančios grandinės grandinės sintezę; kuri yra –ve geno grandis 5’-3’ kryptimi. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp tiesioginio ir atvirkštinio pradmenų.
Kas yra Forward Primer?
Orientacija į priekį – tai koduojančios arba jutiminės geno grandinės sintezė. Taq polimerazė katalizuoja naujos grandinės sintezę 5’-3’ kryptimis. Koduojančios grandinės sintezė įvyksta, kai pradmenys susilieja su nekoduojančia arba antisensine grandine ir pailgėja 5–3 colių kryptimi.
01 pav. Pirmyn ir atgal pradmenys
Primeris, kuris susijungia su antisensine grandine, nekoduojančia grandine arba šablono grandine, yra žinomas kaip priekinis pradmuo, nes pirminis pradmuo veikia kaip koduojančios arba teigiamos geno grandinės sintezės pradžios taškas. Pirminis pradmuo turi trumpą nukleotidų seką, kuri yra komplementari su antisensinės grandinės 3' besiribojančiu galu. Jis hibridizuojasi su antisense grandine ir padeda Taq polimerazei pridėti nukleotidų, kurie papildo šablono grandinę.
Kas yra atvirkštinis gruntas?
Atvirkštinis pradmuo yra trumpa DNR seka, kuri susijungia su jutimo grandinės arba koduojančios grandinės 3' galu. Atvirkštinis pradmuo yra pradinis taškas, norint susintetinti papildomą koduojančios sekos grandinę arba nekoduojančią seką. Atvirkštinis gruntas yra sukurtas papildantis koduojančios grandinės 3 colių galą. Taigi jis susilieja su besiribojančiu 3’ koduojančios grandinės galu ir leidžia Taq polimerazei susintetinti antisensinę grandinę arba šabloninę grandinę. Kadangi jo orientacija yra atvirkštinė, šis gruntas pažymėtas kaip atvirkštinis gruntas.
Tiek atvirkštiniai, tiek priekiniai pradmenys yra svarbūs gaminant nuo milijonų iki milijardų konkrečių DNR sričių, kurios yra tikslinės arba suinteresuotos, kopijų.
Kokie yra Forward ir Reverse Primer panašumai?
- Ir pirmieji, ir atvirkštiniai pradmenys yra pagaminti iš oligonukleotidų.
- Tiek priekiniai, tiek atvirkštiniai pradmenys turi trumpą nukleotidų seką, papildančią besiribojančius DNR dvigubų grandžių galus.
- Tiek pirmieji, tiek atvirkštiniai pradmenys paprastai susideda iš 20 nukleotidų.
- Polimerazės grandininėse reakcijose naudojami pirmieji ir atvirkštiniai pradmenys.
- Ir priekiniai, ir atvirkštiniai pradmenys yra sintezuojami komerciniais tikslais.
- Tiek priekiniai, tiek atbuliniai gruntai yra stabilūs ir paprastai turi panašią Tm.
- Tiek pirmieji, tiek atvirkštiniai pradmenys yra sujungti su tikslinėmis DNR sekomis.
- Tiek priekiniai, tiek atvirkštiniai pradmenys sukurti pagal PGR reakcijas.
- Ir pirmieji, ir atvirkštiniai pradmenys naudojami kaip DNR amplifikacijos pradžios taškai.
- Tiek atvirkštiniai, tiek priekiniai pradmenys yra svarbūs gaminant milijonus tam tikrų tikslinių ar dominančių DNR sekų regionų kopijų.
Kuo skiriasi pirminis ir atvirkštinis gruntas?
Forward Primer vs Reverse Primer |
|
| Pirmyninis pradmuo yra trumpa DNR seka, kuri hibridizuojasi su nekoduojančios arba šabloninės geno grandinės 3' galu ir naudojama kaip koduojančios sekos sintezės pradžios taškas. | Atvirkštinis pradmuo yra trumpa DNR seka, kuri hibridizuojasi su koduojančios grandinės 3' galu arba ne šablonine grandine ir naudojama kaip nekoduojančios sekos sintezės pradžios taškas. |
| Atkaitinimo kryptis | |
| Pirmyn grunto atkaitinimas su šablono sruogelėmis. | Atvirkštinis gruntas atkaitinamas su nešablone. |
| Gamia nauja seka | |
| Pirmyninis pradmuo palengvina kodavimo sekos sintezę. | Atvirkštinis pradmuo palengvina nekoduojančios sekos sintezę. |
Santrauka – pirmyn ir atvirkščiai pradmenys
PGR technikoje naudojami dviejų tipų pradmenys. Jie yra priekiniai ir atvirkštiniai pradmenys. Remiantis pradmenų pailgėjimu naujos DNR grandinės sintezėje, šie pradmenys yra pažymėti arba pavadinti. Taq polimerazė sintezuoja naują DNR nuo 5 iki 3 colių. Taigi gruntai yra sukurti kaip papildantys dvigubų sruogų 3 colių galus. Pirminis pradmuo, kuris pailgėja 5'–3' kryptimi, hibridizuojasi su antisenso arba šablono 3' galu arba nekoduojančia seka. Tai yra kodavimo sekos sintezės pradžios taškas. Atvirkštinis pradmuo, kuris pailgėja 5’–3’ kryptimi, hibridizuojasi su 3’ kodavimo galu arba nešablone arba sensorine grandine. Jis naudojamas kaip nekoduojančios sekos sintezės pradžios taškas. Tai yra skirtumas tarp priekinio ir atvirkštinio pradmenų.
