Pagrindinis skirtumas – zondas prieš pradmenį
Molekulinis zondas yra mažas DNR arba RNR fragmentas, atpažįstantis DNR arba RNR papildomas sekas ir leidžiantis identifikuoti tikslinę seką. Gruntas yra mažas DNR arba RNR ruožas, kuris yra DNR sintezės pradžios taškas. Pradmenys ir zondai hibridizuojasi su papildomais šabloninės DNR arba tikslinės DNR nukleotidais. Tačiau pagrindinis skirtumas tarp zondo ir pradmenų yra tas, kad pradmenys yra būtini DNR replikacijai, o zondai būtini specifinėms DNR sekoms aptikti.
Kas yra zondas?
Zondas yra mažas DNR arba RNR fragmentas, naudojamas tikslinei DNR arba RNR aptikti mėginyje molekulinės hibridizacijos būdu. Jie taip pat žinomi kaip molekuliniai žymenys. Zodo ilgis gali skirtis (100–1000 bazių), o zondo nukleotidai papildo tikslinės sekos dalį. Kad būtų lengviau aptikti, zondai yra paženklinti radioaktyviais izotopais arba fluorescenciniais dažais arba antikūnais. Zondai jungiasi su papildomomis tikslinės sekos bazėmis ir atskleidžia tikslinės DNR arba RNR buvimą mėginyje. Yra du pagrindiniai zondų ženklinimo būdai: pabaigos žymėjimas ir slapyvardžio vertimas. Zondai skirstomi į skirtingus tipus, įskaitant DNR zondus, RNR zondus, cDNa zondus ir sintetinių oligonukleotidų zondus, ir jie paruošiami naudojant skirtingus metodus.
Zondai yra svarbios priemonės daugelyje mikrobų ir molekulinių sričių, pvz., virusologijos, teismo patologijos, tėvystės tyrimų, DNR pirštų atspaudų ėmimo, genetinių ligų nustatymo, RFLP, molekulinės citogenetikos, hibridizacijos in situ ir kt.
01 pav. Fluorescenciniu būdu pažymėtas zondas, naudojamas FISH patogenui aptikti
Kas yra gruntas?
Primer yra trumpas DNR arba RNR fragmentas, kuris naudojamas kaip DNR sintezės iniciatorius. DNR polimerazės fermentas prideda nukleotidus į pradmenų sekos 3' OH grupę ir sintezuoja naują grandinę, kuri yra komplementari DNR šablonui. Pradmenys yra labai trumpi fragmentai, kurių ilgis nuo 18 iki 20 nukleotidų. Jie chemiškai sintetinami laboratorijoje DNR amplifikacijai in vitro (PGR). Pradmenys gali turėti bet kokią nukleotidų seką, nes juos sukūrė vartotojas. Jie sintetinami taip, kad atitiktų papildomas DNR šablono bazes. Todėl jis gali turėti bet kokią nukleotidų seką. Pradmenys yra nepaprastai svarbūs DNR replikacijai, nes DNR polimerazė negali susintetinti naujos DNR be jau esančios DNR dalies. Kuriant pradmenis PGR, reikia atsižvelgti į šiuos dalykus:
- Pradmenys turi turėti papildomus nukleotidus, papildančius DNR, kuri nori amplifikuoti, galą.
- Gruntų lydymosi temperatūra turi būti 55–65 0C
- G ir C kiekis turėtų būti nuo 50 iki 60%.
Du pradmenys PGR naudojami kaip priekinė ir atvirkštinė, kad būtų atkartotos abi mėginio DNR grandinės. Pradmenys dažniausiai naudojami PGR ir DNR sekos nustatymui atlikti.
02 pav. Pradmenų atkaitinimas naudojant PGR
Kuo skiriasi Probe ir Primer?
Probe vs Primer |
|
| Zondas yra mažas DNR/RNR fragmentas, naudojamas tikslinės sekos buvimui mėginyje aptikti naudojant molekulinę hibridizaciją. | Primer yra nedidelis DNR arba RNR ruožas, kuris yra DNR replikacijos pradžios taškas. |
| Funkcija | |
| Tai aptinka konkrečios sekos buvimą DNR arba RNR mėginyje. | Tai veikia kaip DNR sintezės pradžios taškas. |
| Ilgis | |
| Ilgis gali būti nuo 100 iki 1000 bazių | Ilgis paprastai yra apie 18–20 bazių |
| Surišimas su papildoma seka | |
| Zondas hibridizuojasi su papildomomis tikslinės sekos bazėmis | Gruntas susilieja su papildomomis DNR grandžių bazėmis. |
| Etiketė | |
| Zondai yra pažymėti etiketėmis, kad būtų lengviau aptikti | Gruntai paprastai neženklinami |
| Naudokite PGR | |
| Zondai nenaudojami atliekant PGR | PGR naudojami pradmenys |
Santrauka – Probe vs Primer
Zondas yra mažas DNR arba RNR sekos fragmentas, kurį galima hibridizuoti su komplementariais nukleotidais, kad būtų galima aptikti mėginio tikslinę seką. Zondai yra paženklinti radioaktyviai, imunologiškai arba fluorescenciškai, kad būtų galima pamatyti tikslinės sekos buvimą. Pradmenys yra labai mažas DNR arba RNR fragmentas, kuris veikia kaip in vitro DNR amplifikacijos pradžios taškas. DNR polimerazė identifikuoja 3' OH grupės pradmenį ir inicijuoja naujos grandinės, papildančios šabloną, kūrimą. Zondai ir pradmenys veikia panašiai hibridizuodamiesi su komplementariais nukleotidais. Taigi pagrindinis skirtumas tarp zondo ir pradmenų yra jų pagrindinė funkcija.
