Skirtumas tarp benzonazės ir DNazės

2024 Autorius: Alex Aldridge | [email protected]. Paskutinį kartą keistas: 2023-12-17 13:44

Pagrindinis skirtumas – benzonazė ir DNazė

Nukleino rūgščių skaidymas yra svarbus daugeliui molekulinės biologijos metodų. Jis plačiai naudojamas rekombinantinėje DNR technologijoje, siekiant atsikratyti nepageidaujamų DNR ir RNR fragmentų. Nukleino rūgštis skaidantys fermentai vadinami nukleazėmis ir gali būti įvairių tipų, atsižvelgiant į reikiamą funkciją. Nukleazės, kurios skaido DNR, yra žinomos kaip DNazės, o tos, kurios skaido RNR, yra žinomos RNazės. Šie fermentai dažniausiai naudojami in vitro eksperimentuose, kai atliekami in vitro molekuliniai tyrimai, siekiant išskirti gryną DNR, RNR ar b altymus. Benzonazės yra nukleazių tipas, kuris skaido ir DNR, ir RNR, o DNazės skaido tik DNR. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp benzonazės ir DNazės.

Kas yra benzonazė?

Benzonazė yra genetiškai modifikuota endonukleazė iš Serratia marcescens. Šis fermentas gaminamas E. coli šeimininkuose pramoniniu mastu. Benzonazė gali skaidyti dvigrandę DNR, linijinę DNR, žiedinę DNR ir viengrandę RNR. Taigi benzonazė yra komerciškai svarbi. Benzonazės fermentas yra b altymo dimeras, turintis 245 identiškas aminorūgštis, ~30 kDa subvienetus su dviem esminėmis disulfidinėmis jungtimis. Benzonazė suskaido nukleino rūgštis savo 5' gale ir susidaro fragmentai su laisvais 5' galais. Benzonazė gali skaidyti nukleino rūgštis bet kokia seka, bet teikia pirmenybę regionams, kuriuose gausu GC.

Benzonazė laikoma -20 ^{0C temperatūroje. Nustatyta, kad optimalus fermento aktyvumo pH yra 8,0–9,2. Benzonazės panaudojimas apima mėginių paruošimą b altymų 2D gelio elektroforezei, kai benzonazė pašalina surištas nukleino rūgštis ir pašalina nukleorūgščių teršalus iš rekombinantinių b altymų preparatų. Jis taip pat naudojamas b altymų ekstraktų klampumui sumažinti ir ląstelių mišinio ląstelių susikaupimo prevencijai.}

Kas yra DNazė?

DNazė yra nukleazė, hidrolizinis fermentas, galintis skaidyti tik dvigrandę DNR. Yra du pagrindiniai DNazės tipai: DNazė I ir DNazė II. DNazė I dalyvauja skaidant dvigrandę DNR, kad susidarytų polinukleotidai su 5' laisvais galais. DNazė II dalyvauja skaidant dvigrandę DNR, kad susidarytų polinukleotidinės grandinės su 3 colių laisvais galais arba iškyšomis.

DNase I

DNazė I veikia esant optimaliam pH nuo 7,0 iki 8,0. Fermento aktyvumas priklauso nuo daugelio joninių kofaktorių, įskaitant Ca²⁺, Mg²⁺ arba Mn^2+Mg2+ ^{ir Mn}2+ ^{aktyvumas lemia DNazės I funkciją. Esant Mg} 2+^{, DNazė I atskirai suskaido kiekvieną dsDNR grandinę. Tai vyksta atsitiktiniu būdu. Priešingai, esant Mn}2+, ^{, fermentas suskaido abi DNR grandines maždaug toje pačioje vietoje. Dėl šio skilimo susidaro dviejų tipų DNR fragmentai; vieno tipo bukais galais ir kito tipo su vienu ar dviem nukleotidų iškyšomis.}

02 pav.: DNazė

DNase II

DNazė II veikia esant optimaliam pH 4,5–5,0, o jos veiklai reikalingi dvivalenčių metalų jonai, panašiai kaip DNazė I. Yra žinoma, kad DNazės II mechanizmas susideda iš trijų pagrindinių etapų.

1. DNR stuburo viduje sukeliamos kelios vienos grandinės pertraukos.
2. Gaminami rūgštyje tirpūs nukleotidai ir oligonukleotidai.
3. Netiesinis hiperchrominis poslinkis įvyksta paskutinėje fazėje.

Pagrindiniai fermento DNazės inhibitoriai yra metalų chelatoriai, pereinamieji metalai ir cheminės medžiagos, pvz., natrio dodecilo sulfatas ir β – merkaptoetanolis.

Pagrindiniai DNazės panaudojimo būdai yra DNR neturinčių RNR ekstraktų ir b altymų ekstraktų ruošimas ir šabloninės DNR pašalinimas atliekant in vitro transkripcijos eksperimentus.

Kokie yra benzonazės ir DNazės panašumai?

• Abu yra hidroliziniai fermentai.
• Abu yra nukleazės.
• Abu dalyvauja skaidydami nukleorūgščių fosfodiesterinius ryšius.
• Abu reikia optimalaus pH ir laikymo temperatūros, kad išlaikytų fermento aktyvumą.
• Fermentų inhibitoriai apima kompleksonus, pereinamuosius metalus ir ploviklius.
• Programos daugiausia skirtos didelio grynumo DNR, RNR ir b altymų ekstraktams gauti.
• Abu fermentai gali būti gaminami naudojant genų inžineriją.

Kuo skiriasi benzonazė ir DNazė?

benzonazė vs DNazė
Benzonazė yra fermentas, galintis skaidyti dvigrandę DNR, linijinę DNR, žiedinę DNR ir RNR.	DNazė yra fermentas, galintis suskaidyti dvigrandę DNR.
Fermento substratas
Tiek DNR, tiek RNR yra benzonazės substratai.	DNR yra DNazės substratas.
Struktūra
Optimalus benzonazės pH diapazonas yra 7,0–8,0	Optimalus DNazės I pH diapazonas yra 7,0–8,0, o DNazės II – 4,5–5,0.

Santrauka – benzonazė prieš DNazę

Nukleazės fermentai yra plačiai naudojami įvairiose eksperimentinėse procedūrose, susijusiose su molekuline biologija ir genų inžinerija. Benzonazė ir DNazė yra dviejų tipų nukleazės. Benzonazė dalyvauja skaidant DNR ir RNR, o DNazė dalyvauja skaidant dvigrandę DNR. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp benzonazės ir DNazės. Šiuo metu abu šie nukleazių tipai gaminami naudojant rekombinantinę DNR technologiją, kuri duoda aukštesnės kokybės fermentus, optimizuotus maksimaliai gamybai.

Atsisiųsti Benzonase vs DNase PDF versiją

Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatos pastaboje. Atsisiųskite PDF versiją čia. Skirtumas tarp benzonazės ir DNazės