Pagrindinis skirtumas – Exome vs Transcriptome
Gene yra koduojančių ir nekoduojančių sričių. Koduojančios sekos yra žinomos kaip egzonai, o nekoduojančios sekos yra žinomos kaip intronai. Geno egzonų nukleotidų seka parodo genetinį geno kodą, skirtą specifiniam b altymui sintetinti. Vadinasi, mRNR molekulėje lieka egzonai. Visas genomo egzoninis regionas yra žinomas kaip egzomas ir yra svarbi genomo dalis. Genų genetinis kodas paverčiamas iRNR molekulės genetiniu kodu, kuris reikalingas b altymo gamybai. Visos ląstelėje arba ląstelių populiacijoje vienu metu transkribuotos mRNR molekulės yra žinomos kaip transkriptas. Pagrindinis skirtumas tarp egzomo ir transkripto yra tas, kad egzomas reiškia genomo egzoninių sričių sekas, o transkriptas – visą ląstelės arba audinio mRNR tam tikru metu.
Kas yra Exome?
Genai susideda iš egzonų, intronų ir reguliavimo sekų. Egzonai yra genų sritys, kurios transkripcijos metu yra transkribuojamos į mRNR seką. Transkripcijos metu pašalinami intronai ir kiti nekoduojantys regionai. Egzonų nukleotidų seka lemia geno, sintezuojančio specifinį jo koduojamą b altymą, genetinį kodą. B altymo mRNR lieka tik egzonai. Egzonų rinkinys genome yra žinomas kaip organizmo egzomas. Tai yra genomo dalis, išreikšta genais. Žmonėms egzomas sudaro 1% genomo. Tai b altymus koduojanti žmogaus genomo dalis.
01 pav.: Exome
Kas yra transkriptas?
Transkriptas yra visų b altymus koduojančių ir nekoduojančių nuorašų (RNR) rinkinys tam tikrame audinyje. Transkriptas yra visų mRNR molekulių rinkinys, išreikštas ląstelėje arba audinyje esančiais genais. Ląstelės transkriptas gali būti keičiamas su kito tipo ląstelės transkriptu. Transkriptas taip pat yra dinamiškas – jis kinta laikui bėgant, reaguodamas į vidinius ir išorinius dirgiklius. Net tame pačiame audinyje arba to paties tipo ląstelėse transkriptas gali pasikeisti po kelių minučių.
Transkriptas skiriasi nuo organizmo egzomo. Transkriptas apima tik išreikštas egzomų sekas. Nors ląstelės egzomas išlieka toks pat, transkriptas ląstelėse skiriasi, nes genų ekspresija nėra vienoda visoms ląstelėms ar audiniams. Tik esminiai genai ekspresuojami skirtingose ląstelėse ir audiniuose. Genų ekspresija yra specifinis audinio ar ląstelės tipo procesas. Jį reguliuoja įvairūs veiksniai, įskaitant aplinkos veiksnius. Todėl transkriptas gali skirtis priklausomai nuo išorinės aplinkos sąlygų.
Transkriptas naudojamas kaip proteomikos tyrimų pirmtakas. Visi b altymai yra kilę iš mRNR sekų. Dėl vertimo modifikacijų gali pasikeisti b altymai. Tačiau transkriptas suteikia svarbios pagrindinės informacijos proteominiams tyrimams.
02 pav.: Embrioninių kamieninių ląstelių transkriptas
Kuo skiriasi Exome ir Transcriptome?
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome yra b altymus koduojančių genų srities rinkinys. | Transkriptas yra visos perrašytos RNR, įskaitant mRNR, rinkinys. |
| Pavyzdys | |
| Egzomas tiriamas naudojant DNR mėginį. | Transkriptas tiriamas naudojant RNR mėginį. |
| Tyrimo metodas | |
| Viso egzomo sekos nustatymas yra egzomo tyrimo metodas. | RNR sekos nustatymas yra transkripto tyrimo metodas. |
Santrauka – Exome vs Transcriptome
Egzonai yra koduojančios genų sekos ir lemia b altymų mRNR sekas. Šių koduojančių sekų (egzonų) rinkinys yra žinomas kaip organizmo egzomas. Prieš gaminant b altymus, genai transkribuojami į mRNR molekules. Visos ląstelės ar audinio mRNR molekulės bet kuriuo metu yra žinomos kaip transkriptas. Transkriptas reiškia genus, kurie bet kuriuo metu aktyviai ekspresuojami į mRNR. Transkriptas yra specifinis ląstelėms ir audiniams ir turi įtakos aplinkos sąlygoms. Tai yra skirtumas tarp egzomo ir transkripto.
