Pagrindinis skirtumas – Exome ir RNR sekos nustatymas
Nukleino rūgščių sekos nustatymas yra metodas, kuriuo nustatoma nukleotidų tvarka tam tikrame organizmo DNR arba RNR fragmente. Sekvenavimas yra svarbus nustatant ląstelės DNR ir RNR struktūrą ir išskiriant tam tikrus genus, koduojančius funkcinius b altymus; taigi sekvenavimas gali būti naudojamas norint suprasti šių genų mutacijas ir genų išraiškas. „Sanger“sekos metodas arba pažangesni naujos kartos sekos nustatymo metodai yra dažniausiai naudojami sekos nustatymo metodai. Egzomų sekos nustatymas yra viso organizme esančių egzonų arba koduojančių DNR sričių rinkinio sekos nustatymas, o RNR sekos nustatymas yra ribonukleino rūgščių (RNR) sekos nustatymo procedūra. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp egzomo ir RNR sekos nustatymo.
Kas yra Exome sekos nustatymas?
Egzomas yra genomo pogrupis, kurį sudaro tam tikro organizmo koduojantys genai. Koduojantys genai vadinami egzonais ir yra transkribuojami į mRNR, o po to paverčiami aminorūgščių sekomis. Po transkripcijos modifikacijų metu RNR sujungimo mechanizmas eukariotuose pašalina intronus (nekoduojančius regionus), o egzonai išlieka. Yra du pagrindiniai egzomų sekos nustatymo būdai: sprendimas pagrįstas ir masyvas.
Atliekant egzomų seką tirpalu, DNR mėginiai fragmentuojami naudojant restrikcijos fermentus arba mechaninį metodą ir denatūruojami šiluma. Taikant šį metodą, biotinilinti oligonukleotidiniai zondai (jaukai) naudojami selektyviai hibridizuotis su tikslinėmis genomo sritimis. Pririšimo etapui naudojami magnetiniai streptavidino karoliukai. Po surišimo seka plovimo etapas, kai nuplaunamos nesusietos ir netikslinės sekos. Tada surišti taikiniai amplifikuojami naudojant polimerazės grandininę reakciją (PGR), o tada sekvenuojami naudojant Sangerio sekos nustatymo arba naujos kartos sekos metodus.
01 paveikslas: egzomų sekos nustatymas
Mayvo metodas taip pat panašus į tirpalu pagrįstą metodą, išskyrus tai, kad DNR fragmentai surenkami į mikro masyvą, o tada prieš sekvenavimą atliekami surišimo ir plovimo veiksmai.
Egzomų sekos nustatymas naudojamas daugelyje programų, pvz., ligų genetinė diagnostika, genų terapija, naujų genetinių žymenų nustatymas, žemės ūkyje, siekiant nustatyti įvairius naudingus agronominius požymius ir augalų veisimo procedūras.
Kas yra RNR sekos nustatymas?
RNR sekos nustatymas yra pagrįstas transkriptu, kuris yra visi ląstelės transkriptai. Pagrindiniai RNR sekos nustatymo tikslai yra kataloguoti visas transkripto rūšis, įskaitant mRNR, nekoduojančią RNR ir mažą RNR, siekiant nustatyti transkripcijos genų struktūrą ir kiekybiškai įvertinti kiekvieno transkripto ekspresijos lygius vystymosi metu. Atliekant RNR seką, sekvenavimui iš pradžių buvo naudojamos hibridizacijos technologijos (kurios buvo komplementari DNR, gauta iš subrendusių mRNR sekų). Šiuo metu RNR sekos nustatymui naudojama tikslesnė ir pažangesnė pralaidumo technika.
02 pav.: RNR sekos nustatymas
Nustatant RNR seką, RNR mėginys, kuris gali būti visa RNR arba frakcionuota RNR, paverčiama jo komplementaria DNR (cDNR), naudojant atvirkštinę transkripciją, ir paruošiama cDNR biblioteka. Kiekvienas cDNR fragmentas yra pritvirtintas prie adapterių iš abiejų pusių (poros galo sekvenavimas) arba iš vienos pusės (vieno galo sekvenavimas). Šios pažymėtos sekos yra suskirstytos naudojant „Sanger“seką arba naujos kartos, pvz., „Exome“seką.
Kokie yra Exome ir RNR sekos panašumai?
- Trumpi atrinkti fragmentai arba visas DNR/RNR rinkinys gali būti naudojamas Exome arba RNR sekos nustatymui.
- Sekvenciniai fragmentai išsaugomi bibliotekose.
- Galima naudoti „Sanger“seką arba „Next Generation“seką.
- Abu yra in vitro sekos nustatymo metodai.
- Sekvencinius fragmentus galima nustatyti pagal fluorescencines žymas.
Kuo skiriasi Exome ir RNR sekos nustatymas?
Exome vs RNR sekos nustatymas |
|
| Egzomų sekos nustatymas – tai viso organizme esančių egzonų arba koduojančių DNR sričių rinkinio sekos nustatymas. | RNR sekos nustatymas reiškia ribonukleino rūgščių (RNR) sekos nustatymo procedūrą; nuorašas. |
| Pradinis pavyzdys | |
| Genominė DNR yra pradinis egzomų sekos nustatymo pavyzdys. | RNR yra pradinis RNR sekos nustatymo pavyzdys. |
| Sudėtis | |
| Jame yra tik visos DNR koduojančios sritys, žinomos kaip egzonai | Jame yra RNR-mRNR / transkriptas. |
| Sekvencija | |
| Yra du pagrindiniai egzomų sekos nustatymo metodai; sprendimais ir masyve pagrįstos technologijos. | RNR sekos nustatymas atliekamas paruošiant cDNR biblioteką, ekstrahuojant visą RNR arba fragmentuotą RNR. |
Santrauka – Exome vs RNR sekos nustatymas
Exome yra visas organizmo koduojančių sričių rinkinys, o metodai, susiję su tikslios Exome nukleotidų tvarkos nustatymo, yra žinomi kaip egzomų sekos nustatymas. RNR sekos nustatymas yra metodas, susijęs su organizmo RNR nukleotidų eilės nustatymu. Tai yra skirtumas tarp egzomo ir RNR sekos nustatymo.
Atsisiųskite PDF versiją Exome vs RNA Sequencing
Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatos pastaboje. Atsisiųskite PDF versiją čia. Skirtumas tarp Exome ir RNR sekos
