Pagrindinis skirtumas – Alpha Helix vs Beta klostuotas lapas
Alfa spiralės ir beta klostuoti lakštai yra dvi dažniausiai aptinkamos antrinės struktūros polipeptidinėje grandinėje. Šie du struktūriniai komponentai yra pirmieji pagrindiniai žingsniai polipeptidinės grandinės sulankstymo procese. Pagrindinis skirtumas tarp Alpha Helix ir Beta plisuotų lakštų yra jų struktūroje; jie turi dvi skirtingas formas konkrečiam darbui atlikti.
Kas yra Alpha Helix?
Alfa spiralė yra polipeptidinės grandinės aminorūgščių liekanų dešinė. Aminorūgščių liekanų diapazonas gali svyruoti nuo 4 iki 40 liekanų. Vandeniliniai ryšiai, susidarę tarp C=O grupės deguonies viršutinėje ritėje ir apatinės ritės N-H grupės vandenilio, padeda išlaikyti ritę kartu. Vandenilio jungtis susidaro kas keturias grandinės aminorūgščių liekanas aukščiau nurodytu būdu. Šis vienodas raštas suteikia jai tam tikras savybes, tokias kaip ritės storis, ir lemia kiekvieno viso posūkio išilgai spiralės ašies ilgį. Alfa spiralės struktūros stabilumas priklauso nuo kelių veiksnių.
O atomai raudonai, N atomai mėlynai, o vandenilio ryšiai – žalios punktyrinės linijos
Kas yra beta versijos klostuotas lapas?
Beta klostuotas lakštas, taip pat žinomas kaip beta lakštas, laikomas antra antrinės b altymų struktūros forma. Jame yra beta gijų, kurios yra sujungtos iš šonų mažiausiai dviem arba trimis vandenilio jungtimis, kad sudarytų susuktą, klostuotą lakštą, kaip parodyta paveikslėlyje. Beta grandinė yra polipeptidinės grandinės ruožas; jo ilgis paprastai yra lygus 3–10 aminorūgščių, įskaitant pagrindą išplėstiniame patvirtinime.
4-grandinis antilygiagretus β lakšto fragmentas iš fermento katalazės kristalinės struktūros.
a), rodantis antilygiagrečius vandenilio ryšius (punktyrinius) tarp peptidų NH ir CO grupių gretimose gijose. Rodyklės rodo grandinės kryptį, o elektronų tankio kontūrai apibūdina ne H atomus. O atomai yra raudoni rutuliukai, N atomai yra mėlyni, o H atomai yra praleisti dėl paprastumo; šoninės grandinės rodomos tik iki pirmosios šoninės grandinės C atomo (žalia)
b) Centrinių dviejų β gijų vaizdas iš krašto
Beta klostuotuose lakštuose polipeptidinės grandinės eina greta viena kitos. Jis gavo pavadinimą „klostuotas lapas“dėl į bangą panašios struktūros. Jie yra sujungti vandeniliniais ryšiais. Ši struktūra leidžia sudaryti daugiau vandenilio jungčių ištiesiant polipeptidinę grandinę.
Kuo skiriasi Alpha Helix ir Beta Plisuotas lapas?
Alfa spiralės ir beta klostuoto lakšto struktūra
Alpha Helix:
Šioje struktūroje polipeptido pagrindas yra tvirtai surištas aplink įsivaizduojamą ašį kaip spiralinė struktūra. Jis taip pat žinomas kaip spiralinis peptidinės grandinės išsidėstymas.
Alfa spiralės struktūra susidaro, kai polipeptidinės grandinės susukamos į spiralę. Tai leidžia visoms grandinėje esančioms aminorūgštims sudaryti vandenilinius ryšius (ryšį tarp deguonies molekulės ir vandenilio molekulės) tarpusavyje. Vandenilio ryšiai leidžia spiralei išlaikyti spiralės formą ir suteikia tvirtą ritę. Dėl šios spiralės formos alfa spiralė yra labai stipri.
Vandenilinės jungtys pažymėtos geltonais taškais.
Beta klostuotas lapas:
Kai du ar daugiau polipeptidinės grandinės (-ių) fragmentų persidengia vienas su kitu, sudarydami vandenilinių jungčių eilę, galima rasti šias struktūras. Tai gali atsitikti dviem būdais; lygiagretus išdėstymas ir antilygiagretus išdėstymas.
Struktūros pavyzdžiai:
Alfa spiralė: rankų arba kojų nagus galima laikyti alfa spiralės struktūros pavyzdžiu.
Beta klostuotas lapas: plunksnų struktūra panaši į beta klostuoto lakšto struktūrą.
Struktūros ypatybės:
Alfa spiralė: alfa spiralės struktūroje viename spiralės posūkyje yra 3,6 aminorūgštys. Visos peptidinės jungtys yra trans ir plokštumos, o peptidinėse jungtyse esančios N-H grupės yra nukreiptos ta pačia kryptimi, kuri yra maždaug lygiagreti spiralės ašiai. Visų peptidinių ryšių C=O grupės yra nukreiptos priešinga kryptimi ir yra lygiagrečios spiralės ašiai. Kiekvienos peptidinės jungties C=O grupė yra prijungta prie peptidinės jungties N-H grupės ir sudaro vandenilio jungtį. Visos R grupės yra nukreiptos į išorę nuo spiralės.
Beta klostuotas lapas: kiekviena peptidinė jungtis beta klostuotame lakšte yra plokščia ir turi transformaciją. Peptidinių jungčių C=O ir N-H grupės iš gretimų grandinių yra toje pačioje plokštumoje ir nukreiptos viena į kitą, sudarydamos tarp jų vandenilinį ryšį. Visos R grupės bet kurioje grandinėje gali atsirasti aukščiau ir žemiau lapo plokštumos.
Apibrėžimai:
Antrinė struktūra: tai susilankstančio b altymo forma, atsirandanti dėl vandenilinio ryšio tarp jo pagrindo amido ir karbonilo grupių.
