Pagrindinis skirtumas tarp LTR ir ne LTR retrotransposonų yra tas, kad LTR retrotransposonai yra retrotranspozonų tipas, kurio struktūroje yra ilgi galinių pasikartojimų, o ne LTR retrotranspozonai yra retrotranspozonų tipas, neturintis ilgų galinių pasikartojimų. jų struktūroje.
Retrotranspozonai (I klasės perkeliami elementai arba transpozonai per RNR tarpinius produktus) yra genetinių komponentų tipas, galintis nukopijuoti ir įklijuoti save į skirtingas genomo vietas. Jie tai atlieka paversdami RNR atgal į DNR per procesą, vadinamą atvirkštine transkripcija, naudojant RNR perkėlimo tarpinį produktą. Yra du pagrindiniai retrotranspozonų tipai: LTR ir ne LTR retrotranspozonai
Kas yra LTR retrotranspozonai?
LTR retrotranspozonai yra retrotranspozonų tipas, kurio struktūroje yra ilgi terminaliniai pasikartojimai. Kiekviename LTR retrotransposono gale galima rasti ilgas pasikartojančios DNR grandines. Tai žinomi kaip ilgi terminaliniai kartojimai (LTR). Kiekvienas LTR yra kelių šimtų bazinių porų ilgio. LTR retrotranspozonai paprastai yra ilgesni nei 5 kilobazės. Be to, tarp ilgų galinių pakartojimų yra genų, kurie gali būti transkribuojami lygiaverčiai retroviruso genams gag ir pol. Šie genai persidengia taip, kad koduoja proteazę, kuri paprastai apdoroja gautą transkriptą į funkcinius genų produktus.
01 pav.: LTR retrotransposonai
Retrotranspozonų Gag genas sukuria produktą, kuris susieja su kitų retrotranspozonų transkriptais ir sudaro į virusą panašias daleles. Pol genas gamina produktus, kuriuose yra fermentų, tokių kaip atvirkštinės transkriptazės, integrazės ir ribonukleazės H domenai. Atvirkštinės transkriptazės fermentas atlieka retrotransposono DNR atvirkštinę transkripciją. Integrazės fermentas integruoja retrotransposono DNR į eukariotų genomo DNR. Ribonukleazės H domenai yra naudingi skaidant fosfodiesterio ryšius tarp RNR tarpinių produktų. LTR retrotranspozonai taip pat koduoja nuorašus su tRNR surišimo vietomis, kad jie galėtų gana lengvai atlikti atvirkštinę transkripciją. Be to, kadangi retrotransposone yra informacijos apie eukariotų genomą, jis gali įterpti savo kopijas į kitas genomo vietas eukariotinės ląstelės viduje.
Kas yra ne LTR retrotranspozonai?
Ne LTR retrotranspozonai yra retrotranspozonų tipas, kurių struktūroje nėra ilgų galinių pakartojimų. Kaip ir LTR retrotranspozonai, ne LTR retrotranspozonai taip pat turi atvirkštinės transkriptazės, RNR surišančio b altymo, nukleazės ir kartais ribonukleazės H domenų genų. Tačiau jiems trūksta ilgų terminalo pakartojimų; vietoj to jie turi trumpus pakartojimus, kurie gali turėti atvirkštinę bazių tvarką vienas šalia kito. RNR surišantys b altymai jungiasi prie RNR perkėlimo tarpinio junginio, o nukleazės nutraukia fosfodiesterio ryšius tarp nukleorūgščių nukleotidų.
02 pav. LTR ir ne LTR retrotranspozonai
Nors jie yra retrotranspozonai, jie negali atlikti atvirkštinės transkripcijos naudojant tarpinį RNR, kaip ir LTR retrotranspozonai. Taip yra todėl, kad ne LTR retrotransposonuose nėra sekų, kurios jungiasi tRNR. Taigi ne LTR retrotransposonas, transkribuotas į mRNR ir paverstas b altymais, veikia kaip atvirkštinė transkriptazė. Atvirkštinė transkriptazė sukuria ne LTR retrotransposono RNR DNR kopiją, kuri gali būti integruota į genomą naujoje vietoje. Be to, ne LTR retrotranspozonai skirstomi į du tipus: LINE (ilgai įsiterpę branduoliniai elementai) ir SINE (trumpi įsiterpę branduoliniai elementai).
Kokie yra LTR ir ne LTR retrotranspozonų panašumai?
- LTR ir ne LTR retrotranspozonai yra du pagrindiniai retrotranspozonų tipai.
- Abu tipai turi fermentų, pvz., atvirkštinės transkriptazės, RNR surišančio b altymo, nukleazės ir ribonukleazės H domenų, genų.
- Jų galima rasti žmogaus genome.
- Abu tipai yra svarbūs evoliuciškai.
Kuo skiriasi LTR ir ne LTR retrotranspozonai?
LTR retrotransposonų struktūroje yra ilgi galiniai pasikartojimai, o ne LTR retrotransposonų struktūroje trūksta ilgų galinių pasikartojimų. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp LTR ir ne LTR retrotranspozonų. Be to, LTR retrotransposonai turi ilgus tiesioginius pasikartojimus, kurie yra tik viena bazių seka, pasikartojanti. Kita vertus, ne LTR retrotranspozonai turi trumpus pasikartojimus, kurie gali turėti atvirkštinę bazių tvarką vienas šalia kito.
Toliau pateiktoje infografikoje pateikiami skirtumai tarp LTR ir ne LTR retrotranspozonų lentelės pavidalu, kad būtų galima palyginti.
Santrauka – LTR ir ne LTR retrotransposonai
LTR ir ne LTR retrotranspozonai yra du pagrindiniai retrotranspozonų tipai. LTR retrotranspozonai savo struktūroje turi ilgus galinius pasikartojimus, o ne LTR retrotranspozonų struktūroje nėra ilgų galinių pakartojimų. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp LTR ir ne LTR retrotranspozonų.
