Pagrindinis skirtumas tarp spiralės-kilpos-spiralės ir spiralės-kilpos-spiralės yra tas, kad spiralė-kilpa-spiralė tarpininkauja b altymų dimerizacijai, o spiralės posūkio spiralė reguliuoja genų ekspresiją per DNR surišimą.
B altymų motyvas yra trumpai išsilaikiusi seka, susijusi su skirtingomis DNR funkcijomis. Jis daugiausia susijęs su specialia struktūrine vieta, turinčia unikalią cheminę ar biologinę funkciją. Šiuose motyvuose yra nedideli trimačių aminorūgščių struktūrų regionai su skirtingomis b altymų molekulėmis. Paprastai atskiruose motyvuose yra tik keli elementai. Sraigtas-kilpa-spiralė ir spiralė-posūkis-spiralė turi tris elementus. Jų b altymų struktūriniai motyvai apima įvairaus ilgio kilpas ir nepatikslintas struktūras.
Kas yra Helix-Loop-Helix?
Helix-loop-helix (HLH) yra b altymo struktūrinis motyvas, apibūdinantis vieną didžiausių dimerizuojančių transkripcijos faktorių šeimų. Šiuose transkripcijos faktoriuose yra aminorūgščių liekanų, palengvinančių DNR surišimo mechanizmą, ir jie yra dimeriniai. B altymų struktūriniame motyve yra dvi α-spiralės, kurios yra sujungtos kilpa. Viena spiralė atrodo mažesnė iš dviejų spiralių, o kilpos lankstumas leidžia dimerizuoti supakuojant ir sulenkiant prieš kitą spiralę. Didesnė spiralė paprastai turi DNR surišančių sričių. HLH b altymai jungiasi prie konsensuso sekos, žinomos kaip E-box. Konsensuso seka yra apskaičiuota tvarka, kurioje yra nukleotidų arba aminorūgščių liekanų. E-box yra elementas, reaguojantis į kai kurių eukariotų DNR, kuris veikia kaip b altymų surišimo vieta ir reguliuoja genų ekspresiją.
01 pav.: spiralės-kilpos-spiralės motyvas
HLH transkripcijos faktoriai yra būtini vystymuisi ir ląstelių veiklai. HLH b altymai daugiausia priklauso šešioms grupėms, kurios pažymėtos nuo A iki F raidžių. Kiekvienoje grupėje yra šie transkripcijos faktoriai:
A grupė: MyoD, Myf5, Beta2 / NeuroD1, Scl, p-CaMK, NeuroD ir Neurogenins, B grupė: MAX, C-Myc, N-Myc ir TCF4
C grupė: AhR, BMAL-1-CLOCK, HIF, NPAS1, NPAS3 ir MOP5
D grupė; EMC
E grupė: HEY1 ir HEY2
F grupė: EBF1
Kadangi dauguma HLH transkripcijos faktorių yra heterodimeriniai, juos dažnai reguliuoja dimerizacija.
Kas yra Helix-Turn-Helix?
Helix-turn-helix (HTH) yra b altymo struktūrinis motyvas, galintis surišti DNR. Kiekvienas monomeras susideda iš dviejų α-spiralių ir yra sujungtas trumpa aminorūgščių grandine. Tai jungiasi prie DNR spiralės griovelio. HTH motyvai paprastai reguliuoja genų ekspresiją. HTH atpažinimą ir prisijungimą prie DNR atlieka dvi α-spiralės. Viena spiralė užima N galą, o kita yra C gale. Daugumoje scenarijų spiralė atlieka DNR atpažinimą. Todėl ji žinoma kaip atpažinimo spiralė. Prisirišimas prie DNR griovelio vyksta per Van der Waals sąveiką ir vandenilio ryšius su atviromis bazėmis. Kita α-spiralė stabilizuoja b altymų ir DNR sąveiką ir nevaidina pagrindinio vaidmens atpažįstant. Tačiau atpažinimo spiralė ir likusioji spiralė yra panašios.
02 pav.: TetR šeimos spiralės posūkis-spiralė
HTH klasifikuojamas pagal sraigtų struktūrą ir erdvinį išdėstymą. Pagrindiniai tipai yra dvispiralinis, trispiralinis, tetraspiralinis ir sparnuotas HTH. Dispiralinis tipas yra paprasčiausias tipas, turintis dvi sraigtas ir nepriklausomą sulankstomo b altymo domeną. Trispiralinis tipas randamas transkripcijos aktyvatoriuje Myb. Tetraspiralinis tipas turi papildomą C galinę spiralę. Galiausiai sparnuotą HTH sudaro 3 spiralinis pluoštas ir 3 arba 4 gijų beta lakštas.
Kokie yra Helix-Loop-Helix ir Helix-Turn-Helix panašumai?
- Sraigtinė-kilpa-spiralė ir spiralė-posūkis-spiralė yra b altymo struktūriniai motyvai.
- Abu turi bendrą bazinių ir specifinių transkripcijos faktorių vardiklį.
- Jų yra eukariotuose.
Kuo skiriasi Helix-Loop-Helix ir Helix-Turn-Helix?
Helix-loop-helix tarpininkauja b altymų dimerizacijai, o spiralės posūkis-spiralė reguliuoja genų ekspresiją per DNR surišimą. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp spiralės-kilpos-spiralės ir spiralės-posūkio-spiralės. Be to, HLH yra tam tikrų proto-onkogenų ir genų, dalyvaujančių diferenciacijoje, koduojančių transkripcijos faktorius, o HTH yra daug homeotinių genų, kurie koduoja transkripcijos faktorius. Be to, spiralė-kilpa-spiralė daugiausia susideda iš alfa-spiralių, sujungtų kilpa, o spiralės posūkio-spiralė daugiausia susideda iš kilpų, sujungtų trumpu aminorūgščių stovu ir sudaro griovelį.
Toliau pateiktoje infografikoje pateikiami skirtumai tarp spiralės-kilpos-spiralės ir spiralės-posūkio-spiralės lentelės forma, kad būtų galima palyginti.
Santrauka – Helix-Loop-Helix vs Helix-Turn-Helix
B altymų motyvas yra trumpai išsilaikiusi seka, susijusi su skirtingomis DNR funkcijomis. Helix-loop-helix ir Helix-turn-helix yra dviejų tipų b altymų struktūriniai motyvai. Pagrindinis skirtumas tarp spiralės-kilpos-spiralės ir spiralės-kilpos-spiralės yra tas, kad spiralė-kilpa-spiralė tarpininkauja b altymų dimerizacijai, o spiralė-kilpa-spiralė reguliuoja genų ekspresiją per DNR surišimą. HLH yra b altymo struktūrinis motyvas, apibrėžiantis vieną didžiausių dimerizuojančių transkripcijos faktorių šeimų. B altymų struktūriniame motyve yra dvi α-spiralės, kurios yra sujungtos kilpa. HTH yra b altymo struktūrinis motyvas, galintis surišti DNR. Kiekvienas monomeras susideda iš dviejų α-spiralių ir yra sujungtas trumpa aminorūgščių grandine ir jungiasi prie DNR spiralės griovelio. Taigi, čia apibendrinamas skirtumas tarp spiralės-kilpos-spiralės ir spiralės-posūkio-spiralės.
