Pagrindinis skirtumas tarp EcoRI ir HindIII restrikcijos fermentų yra tas, kad EcoRI yra II tipo restrikcijos fermentas, išskirtas iš E. coli, o HindIII yra II tipo restrikcijos fermentas, išskirtas iš Haemophilus influenza.
Restrikcijos fermentas arba restrikcijos endonukleazė yra fermentas, suskaidantis DNR į fragmentus specifinėse atpažinimo vietose (restrikcijos vietose) DNR molekulėje. Šie restrikcijos fermentai randami bakterijose ir archėjose. Jie suteikia apsaugos nuo įsiveržusių virusų mechanizmą. Restrikcijos fermentai paprastai skirstomi į penkis skirtingus tipus: I, II, III, IV ir V. EcoRI ir HindIII yra du restrikcijos fermentai, priklausantys II tipo restrikcijos fermentų grupei.
Kas yra EcoRI ribojimo fermentai?
EcoRI yra II tipo restrikcijos fermentas, išskirtas iš E.coli rūšių. Tai restrikcijos fermentas, kuris suskaido dvigubas DNR spirales į fragmentus tam tikrose vietose. EcoRI taip pat yra apribojimų modifikavimo sistemos dalis. EcoRI buvo pirmasis fermentas, kuris iš pradžių buvo išskirtas iš E. coli rūšies RY13 padermės. Jis naudojamas kaip restrikcijos fermentas molekulinėje biologijoje. EcoRI sukuria 4 nukleotidų lipnius galus su 5 colių AATT galų iškyšomis. EcoRI supjausto DNR pagal specifinę atpažinimo seką G↓AATTC. Jis turi palindrominę CTTAA↓G seką. Be to, šis restrikcijos fermentas priklauso II tipo P (palindrominio specifiškumo) poklasiui. Pirminėje EcoRI struktūroje, kaip ir daugelyje kitų restrikcijos fermentų, aktyvioje vietoje yra PD. D/EXK motyvas.
01 pav.: EcoRI
EcoRI restrikcijos fermentas yra 31 kDa homodimeras. Jame yra vienas rutulinis α/β architektūros domenas. Kiekviename subvienete yra kilpa, kuri išsikiša iš rutulinio domeno ir, kai yra surišta, apgaubia DNR. Šis fermentas gali būti kristalizuotas pagal seką, kurią jis paprastai supjausto. Be to, EcoRI restrikcijos fermentas naudojamas daugelyje molekulinių genetinių metodų, įskaitant klonavimą, DNR atranką ir DNR in vitro delecijos dalis.
Kas yra HindIII restrikcijos fermentai?
HindIII yra II tipo restrikcijos fermentas, išskirtas iš Haemophilus influenza rūšies. Hidrolizės būdu jis suskaido DNR palindrominę seką AACCTT, dalyvaujant kofaktoriui Mg2+. Šios konkrečios sekos skilimas tarp AA’S (5’A↓ACCTT3’ ir 3’TTCGA↓A5’) sukelia 5’ DNR molekulės iškyšas, vadinamas lipniais galais. Šis fermentas randamas prokariotiniuose organizmuose, pavyzdžiui, bakterijose. Bakterijos naudoja šį fermentą kaip gynybos mechanizmą nuo virusų, pvz., bakteriofagų.
02 pav.: HindIII
Struktūriškai HindIII yra homodimeras. Jame yra bendra struktūrinė šerdis, susidedanti iš keturių β lakštų ir vienos α spiralės, kaip ir kitų tipų II restrikcijos fermentai. Šio fermento molekulinė masė yra 34,9 kDa. Be to, HindIII yra labai naudingas atliekant šiuolaikinius molekulinės biologijos mokslo eksperimentus, tokius kaip DNR sekos nustatymas ir kartografavimas.
Kokie yra EcoRI ir HindIII restrikcijos fermentų panašumai?
- EcoRI ir HindIII yra du restrikcijos fermentai, priklausantys II tipo restrikcijos fermentų grupei.
- EcoRI ir HindIII buvo rasti aštuntojo dešimtmečio pradžioje.
- EcoRI ir HindIII turi PD.. D/EXK aminorūgščių sekos motyvą.
- Abu restrikcijos fermentai atlieka labai specifinį DNR skaidymą.
- Šiems restrikcijos fermentams reikalingas Mg2+ kaip specifinio jų aktyvumo kofaktorius.
- Jų galiukai tampa lipnūs nupjovus DNR.
- Jie yra labai naudingi šiuolaikinių molekulinės biologijos tyrimų komponentai.
Kuo skiriasi EcoRI ir HindIII restrikcijos fermentai?
EcoRI yra II tipo restrikcijos fermentas, išskirtas iš E.coli rūšių, o HindIII yra II tipo restrikcijos fermentas, išskirtas iš Haemophilus influenza rūšies. Taigi tai yra pagrindinis skirtumas tarp EcoRI ir HindIII. Be to, EcoRI supjausto DNR pagal specifinę atpažinimo seką G↓AATTC, o HindIII pjauna DNR pagal specifinę atpažinimo seką A↓ACCTT.
Toliau pateiktoje infografikoje pateikiami EcoRI ir HindIII skirtumai lentelės pavidalu, kad būtų galima palyginti.
Santrauka – EcoRI vs HindIII restrikcijos fermentai
EcoRI ir HindIII yra du restrikcijos fermentai, priklausantys II tipo p poklasiui. Jie atlieka labai specifinį DNR skaidymą. EcoRI yra II tipo restrikcijos fermentas, išskirtas iš E.coli rūšių, o HindIII yra II tipo restrikcijos fermentas, išskirtas iš Haemophilus influenza rūšių. Taigi, čia apibendrinamas skirtumas tarp EcoRI ir HindIII.
