Pagrindinis skirtumas tarp sintezės ir kolineariškumo yra tas, kad sintezė yra fizinis genetinių lokusų lokalizavimas toje pačioje rūšies chromosomoje, o kolineariškumas yra fizinis genetinių lokusų lokalizavimas toje pačioje chromosomoje skirtingose rūšyse, siekiant išsaugoti. ta pati tvarka.
Sintenija ir kolineariškumas yra du terminai, kurie genomikoje vartojami pakaitomis. Abu terminai apibūdina genų lokalizacijos modelius skirtingų rūšių chromosomose. Šie susiję genų išdėstymai tarp taksonų yra vertinga informacija, kai daroma išvada apie bendrus genų protėvius. Sintenija reiškia fizinį genetinių lokusų lokalizavimą toje pačioje rūšies chromosomoje. Kolineariškumas reiškia fizinį genetinių lokusų lokalizavimą toje pačioje chromosomoje skirtingose rūšyse, išsaugant tą pačią tvarką. Todėl tai yra sintezės forma.
Kas yra Synteny?
Skirtingose rūšyse yra genų rinkinys, esantis toje pačioje chromosomoje. Ir šis fizinis skirtingų rūšių genų lokalizavimas toje pačioje chromosomoje yra žinomas kaip sintezė. Be to, šie genai yra labai arti vienas kito vienoje chromosomoje. Genų tvarka nebūtinai gali būti vienoda. Tačiau genų lokalizacija šalia vienas kito toje pačioje chromosomoje vyksta sintezėje. Todėl sintezė daugiausia apibūdina genų pasiskirstymo chromosomoje modelį. Šie genų bendro lokalizavimo modeliai rodo ryšį tarp skirtingų rūšių ir jų evoliucijos. Tačiau sintezė gali būti sutrikdyta dėl chromosomų pertvarkymų, tokių kaip translokacijos, inversija ir chromosomų suliejimas ir kt., dubliavimosi, praradimo ir nevienodos homologinės rekombinacijos.
01 pav.: Sintezija
Manoma, kad visi susieti genai yra sintetiniai. Tačiau ne visi sinteniniai genai yra būtinai susieti. Jie turi bendras chromosomų sekas. Žmonės turi daug sintetinių genų su kitais žinduoliais. Be to, daugelis javų turi sintetinių genų.
Kas yra kolineariškumas?
Kolineariškumas yra specifiškesnė sintezės forma, kai genų rinkinys yra toje pačioje skirtingų rūšių chromosomoje ta pačia tvarka kaip ir protėvių rūšyse. Todėl, jei yra nukrypimų nuo kolineariškumo, tai bus patikimesnis filogenetinis pobūdis, nes kolineariškumas paaiškina bendrą genų kilmę.
02 pav.: Kolineariškumas
Daugiakryptė kolinearumo analizė suteikia daug patikimesnės informacijos apie susijusias rūšis ir jų filogenezę.
Kokie yra sintezės ir kolinearumo panašumai?
- Sintenijos ir kolineariškumo požiūriu dviejų skirtingų rūšių lokusų rinkinys yra toje pačioje chromosomoje.
- Šie terminai apibūdina fizinę genetinių lokusų lokalizaciją toje pačioje chromosomoje.
- Kolineariškumas yra konkretesnė sintezės forma.
- Kartais abu terminai genomikoje vartojami pakaitomis.
- Jei du regionai yra kolineariški, jie akivaizdžiai yra sintetiniai.
- Jie naudingi nustatant filogenezę.
Kuo skiriasi sintezė ir kolineariškumas?
Sintenija ir kolineariškumas yra du terminai, kurie genomikoje vartojami pakaitomis. Sintenija reiškia fizinį skirtingų rūšių genų rinkinio lokalizavimą toje pačioje chromosomoje. Kolineariškumas yra sintezės forma, kai genų rinkinys yra lokalizuotas ta pačia tvarka tarp skirtingų rūšių. Todėl tai yra pagrindinis skirtumas tarp sintezės ir kolineariškumo.
Santrauka – Synteny vs Collinearity
Sąvokos sintezė ir kolineariškumas reiškia genų, esančių toje pačioje skirtingų rūšių chromosomoje, rinkinį. Tiesą sakant, šie genai yra lokalizuoti toje pačioje chromosomoje skirtingose rūšyse. Sintenija apibūdina fizinį toje pačioje chromosomoje esančių skirtingų rūšių genų lokalizaciją, o kolineariškumas yra konkretesnė sintezės forma, kai genų rinkinys yra lokalizuotas ta pačia tvarka. Taigi čia apibendrinamas skirtumas tarp sintezės ir kolineariškumo.
