Pagrindinis skirtumas – SDS puslapis ir vietinis puslapis
SDS ir vietinis puslapis yra dviejų tipų poliakrilamido gelio elektroforezės metodai, naudojami molekulinėje biologijoje. Pagrindinis skirtumas tarp SDS puslapio ir gimtojo puslapio yra naudojamo poliakrilamido gelio tipas. SDS puslapyje naudojamas denatūruojantis gelis, todėl molekulės yra atskiriamos pagal jų molekulinę masę. Priešingai, „Native Page“naudojami nedenatūruojantys geliai. Todėl molekulės yra atskiriamos pagal jų dydį, krūvį ir formą.
Poliakrilamido gelio elektroforezėje (Puslapis) naudojamas gelis, pagamintas polimerizuojant akrilamido monomerus su metileno bisakrilamidu. Poliakrilamidas yra kietesnis ir atsparesnis karščiui nei agarozė. Poliakrilamido geliai turi mažesnį porų dydį, kuris leidžia efektyviai atskirti b altymus. Yra du pagrindiniai puslapio sąrankų tipai, būtent SDS puslapis ir vietinis puslapis. SDS Page arba natrio dodecilo sulfato poliakrilamido gelio elektroforezė atskiria b altymus pagal jų molekulinę masę. SDS puslapyje naudojami denatūruojantys geliai. „Native Page“naudoja nedenatūruojančius gelius ir atskiria b altymus pagal jų dydį, krūvį ir formą (3D konformaciją).
Kas yra SDS puslapis?
SDS puslapis yra labiausiai paplitęs elektroforezės metodas, naudojamas b altymams atskirti pagal jų molekulinę masę. Gelis gaminamas pridedant SDS (natrio dodecilo sulfato), kuris yra ploviklis. SDS protezuoja b altymus į monomerus. SDS yra anijoninis ploviklis. Todėl jis prideda grynąjį neigiamą krūvį b altymams plačiame pH diapazone. Kai grynasis neigiamas krūvis patenka į b altymų molekules, dėl krūvio kitimo sudėtingos struktūros suskaidomos. Dėl neigiamo krūvio b altymai traukia link teigiamo galo. Taigi mažesnės molekulinės masės molekulės greičiau keliauja ant gelio matricos ir gali būti stebimos arti anodo, o didesnės molekulinės masės b altymai stebimi arčiau šulinių.
01 pav.: SDS puslapis
SDS prisijungimas prie polipeptidinės grandinės yra proporcingas jos santykinei molekulinei masei. Todėl molekulinę masę taip pat galima nustatyti naudojant SDS puslapį. SDS Page geliai dažomi bromfenolio mėlynuoju dažymu. SDS puslapių pritaikymas yra didesnis, kai jis gali būti naudojamas santykinei molekulinei masei įvertinti ir santykiniam b altymų kiekiui b altymų mišinyje nustatyti. SDS puslapis taip pat gali būti naudojamas b altymų pasiskirstymui b altymų mišinyje nustatyti. SDS puslapis taip pat naudojamas b altymams valyti ir įvertinti. Jis naudojamas kaip preliminari Western blotting ir hibridizacijos procedūra, kuri savo ruožtu naudojama b altymų kartografavimui ir identifikavimui.
Kas yra vietinis puslapis?
Gimtoji poliakrilamido gelio elektroforezė (Native Page) naudoja nedenatūruojantį gelį. Todėl į gelio matricą nededama SDS ar bet kurios kitos denatūruojančios medžiagos. Native Page b altymų atskyrimas pagrįstas b altymo krūviu ir dydžiu. Todėl b altymo mobilumas priklauso nuo krūvio ir b altymo dydžio.
B altymų krūvis priklauso nuo aminorūgščių šoninių grandinių. Jei šoninės grandinės yra neigiamai įkrautos, b altymas gaus bendrą neigiamą krūvį ir atvirkščiai. Dėl vykstančio sulankstymo b altymai išlaiko 3D konformaciją. Sulankstymas atsiranda dėl kelių b altymų jungčių tipų, tokių kaip disulfidiniai ryšiai, hidrofobinės sąveikos ir vandenilio ryšiai. Todėl, jei gimtoji Puslapis yra nešamas esant neutraliam pH, b altymai bus atskirti pagal b altymo molekulinę formą. Todėl vietinį puslapį galima naudoti kaip jautrią metodiką, leidžiančią aptikti b altymo krūvio ar konformacijos pokyčius.
Pagrindinis vietinio puslapio privalumas yra tas, kad puslapių analizei naudojamas b altymas gali būti atkurtas pradinėje būsenoje po puslapio analizės, nes b altymas proceso metu nepažeidžiamas. Vietinis puslapis yra gana didelio našumo metodas, todėl padidėja b altymo stabilumas.
02 pav. Vietinis puslapis
Pasibaigus gelio paleidimui, Native Page gelį galima peržiūrėti nudažant bromfenolio mėlynuoju arba bet kokiu kitu tinkamu dažymo reagentu. „Native Page“taikymas apima rūgščių b altymų, įskaitant glikoproteinus, tokius kaip žmogaus rekombinantinis eritropoetinas, atskyrimą arba galvijų serumo albumino (BSA) esančių b altymų identifikavimą.
Kokie yra SDS puslapio ir vietinio puslapio panašumai?
- Tiek SDS Page, tiek Native Page sistemose kaip gelio matrica naudojamas poliakrilamido gelis.
- Abu naudojami b altymams atskirti ir identifikuoti.
- Abu naudoja elektroforezinį mobilumą, kad atskirtų junginius.
- Abu gali būti atliekami vertikaliai arba horizontaliai (dažniausiai tai daroma kaip vertikalios puslapio sąrankos, nes veikimo ilgis yra ilgesnis).
- Elektroforezės aparatas, įskaitant gelio bakelį, šukas ir maitinimo š altinį, reikalingas abiem technikoms naudoti.
- Gelio vizualizavimas gali būti atliktas dažymo metodais abiem būdais.
Kuo skiriasi SDS puslapis ir vietinis puslapis?
SDS puslapis prieš vietinį puslapį |
|
| SDS puslapis arba natrio dodecilo sulfato puslapis atskiria b altymus pagal jų molekulinę masę ir naudoja denatūruojantį gelį. | Native Page naudoja nedenatūruojančius gelius ir atskiria b altymus pagal jų dydį, krūvį ir formą (3D konformaciją). |
| Gelio tipas | |
| SDS puslapyje naudojamas denatūruojantis gelis. | Gimtajame puslapyje naudojamas nedenatūruojantis gelis. |
| SDS buvimas | |
| SDS yra kaip ploviklis, suteikiantis neigiamą mėginio krūvį SDS puslapyje. | SDS nėra gimtajame puslapyje. |
| Atskyrimo pagrindas | |
| B altymų atskyrimas priklauso nuo b altymo molekulinės masės SDS puslapyje. | Atskyrimas priklauso nuo b altymo molekulės dydžio ir formos gimtajame puslapyje. |
| B altymų stabilumas | |
| B altymų stabilumas SDS puslapyje yra mažas. | Gimtajame puslapyje b altymų stabilumas yra didelis. |
| Pirminio b altymo atkūrimas | |
| Neįmanoma, nes jis denatūruotas SDS puslapyje. | Galima gimtajame puslapyje. |
Santrauka – SDS puslapis ir vietinis puslapis
SDS puslapis ir vietinis puslapis yra dviejų tipų poliakrilamido gelio elektroforezės metodai, naudojami b altymams atskirti. SDS puslapis apdorojamas plovikliu, vadinamu SDS. SDS suteikia b altymui bendrą neigiamą krūvį, dėl kurio b altymas denatūruojasi. Todėl b altymai yra atskiriami pagal jų molekulinę masę. Priešingai, Native Page technikoje nenaudojamas joks denatūravimo agentas. Taigi b altymai yra atskiriami pagal jų dydį arba formą. Tai yra skirtumas tarp SDS puslapio ir savojo puslapio.
