Pagrindinis skirtumas – gelio elektroforezė ir SDS puslapis
Gelio elektroforezė yra metodas, kuris atskiria makromolekules elektriniame lauke. Molekulinėje biologijoje tai yra įprastas metodas atskirti DNR, RNR ir b altymus iš mišinių pagal jų molekulinius dydžius. SDS puslapis yra gelio elektroforezės tipas, naudojamas b altymams atskirti nuo b altymų mišinio pagal jų dydį. Gelio elektroforezė yra terminas, naudojamas apibūdinti įprastą DNR, RNR ir b altymų atskyrimo metodiką, o SDS Page yra vienos rūšies gelio elektroforezė. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp gelio elektroforezės ir SDS puslapio.
Kas yra gelio elektroforezė?
Gelio elektroforezė yra įprastas metodas, naudojamas laboratorijose, siekiant atskirti įkrautas molekules, tokias kaip DNR, RNR, b altymai ir kt., iš jų mišinių. Gelio elektroforezėje naudojamas gelis. Jis veikia kaip molekulinis sietas. Gelio elektroforezėje naudojami dviejų tipų geliai, būtent agarozė ir poliakrilamidas. Gelio ir gelio preparato pasirinkimas yra svarbūs veiksniai, į kuriuos reikia atsižvelgti atliekant gelio elektroforezę, nes gelio porų dydis turi būti kruopščiai reguliuojamas, kad molekulės būtų gerai atskirtos naudojant gelio elektroforezę. Gelio elektroforezė turi elektrinį lauką, prijungtą prie dviejų gelio galų. Vienas gelio galas rodo teigiamą krūvį, o kitas – neigiamą.
DNR ir RNR yra neigiamo krūvio molekulės. Kai jie įkeliami į gelį iš neigiamo gelio galo ir patenka į elektrinį lauką, jie migruoja per gelio poras link teigiamai įkrauto gelio galo. Migracijos greitis priklauso nuo krūvio ir molekulės dydžio. Mažesnės molekulės lengvai migruoja per gelio poras nei didesnės molekulės. Taigi mažesnės molekulės per gelį nukeliauja ilgą atstumą, o didesnės – trumpą atstumą. Norint stebėti molekulių judėjimą ant gelio, naudojami specialūs dažų tipai. Elektrinis laukas veikia tam tikrą laiką ir sustabdomas, kad būtų išvengta molekulių praradimo ir išlaikyti molekules judančiose padėtyse. Gelyje galima pastebėti skirtingas juostas. Šios juostos žymi skirtingų dydžių molekules. Taigi, gelio elektroforezė yra naudinga atskirti molekules pagal jų dydį.
Gelio elektroforezė yra įtraukta į įvairius molekulinės biologijos metodus, tokius kaip PGR, RFLP, klonavimas, DNR sekos nustatymas, Southern blotingas, genomo kartografavimas ir kt.
01 pav. Agarozės gelio elektroforezė
Kas yra SDS puslapis?
Natrio dodecilsulfato poliakrilamido gelio elektroforezė (SDS puslapis) yra gelio elektroforezės rūšis, naudojama b altymams atskirti. Kai b altymams atskirti naudojama gelio elektroforezė, reikalingas specialus gydymas, nes b altymai nėra neigiamai įkrauti, kaip DNR ir RNR, ir nemigruoja link teigiamo ar neigiamo galo. Taigi b altymai denatūruojami ir padengiami neigiamu krūviu prieš gelio elektroforezę. Tai atliekama naudojant ploviklį, vadinamą natrio dodecilsulfatu (SDS). Gelio elektroforezė, kai palaikomajai terpei naudojamas SDS ir poliakrilamido gelis, yra žinoma kaip SDS Page. Šis metodas dažniausiai naudojamas biochemijoje, genetikoje, kriminalistikoje ir molekulinėje biologijoje.
Per SDS puslapį b altymai sumaišomi su SDS. SDS išskleidžia b altymus į linijinę formą ir padengia juos neigiamu krūviu, proporcingu jų molekulinei masei. Dėl neigiamo krūvio b altymų molekulės migruoja link teigiamo krūvio gelio galo ir atsiskiria pagal jų molekulines mases. SDS puslapyje poliakrilamidas naudojamas kaip kieta gelio atrama. Faktinis b altymų atskyrimas daugiausia priklauso nuo gelio savybių. Todėl poliakrilamido gelį reikia ruošti atsargiai ir naudoti tinkamos koncentracijos poliakrilamidą. Poliakrilamido geliai pasižymi didesne skiriamąja geba nei agarozės geliai. Todėl SDS puslapis laikomas didelės raiškos b altymų atskyrimo metodu.
SDS Page yra denatūruojančios gelio elektroforezės rūšis. Jis turi didelį b altymų analizės apribojimą. Kadangi SDS denatūruoja b altymus prieš atskyrimą, jis neleidžia nustatyti fermentinio aktyvumo, b altymų surišimo sąveikos, b altymų kofaktorių ir kt.
02 pav.: SDS puslapis
Kuo skiriasi gelio elektroforezė ir SDS puslapis?
Gelio elektroforezė vs SDS Puslapis |
|
| Gelio elektroforezė yra metodas, atliekamas makromolekulėms atskirti naudojant elektrinį lauką. | SDS puslapis yra didelės skiriamosios gebos gelio elektroforezės metodas, naudojamas b altymams atskirti pagal jų masę. |
| Gel Run | |
| Galima atlikti horizontaliai arba vertikaliai. | SDS puslapis visada veikia vertikaliai. |
| Atskyrimo pagrindas | |
| Atskyrimas vyksta pagal įkrovą ir dydį. | B altymai atsiskiria pagal masę ir krūvį. |
| Rezoliucija | |
| Agarozės gelio elektroforezė turi mažą skiriamąją gebą, o poliakrilamido gelio elektroforezė – didesnę | SDS puslapio skyra geresnė. |
| Denatūracija | |
| Gelio elektroforezė apima ir denatūravimo, ir nedenatūravimo būdus. | SDS puslapis denatūruoja b altymus prieš atskyrimą. |
Santrauka – gelio elektroforezė ir SDS puslapis
Gelio elektroforezė yra įprastas metodas, naudojamas DNR, RNR ir b altymų atskyrimui ir analizei pagal jų dydį ir krūvį. Yra du pagrindiniai gelio elektroforezės tipai, būtent agarozės gelio elektroforezė ir poliakrilamido gelio elektroforezė. Agarozės geliai daugiausia naudojami nukleorūgščių atskyrimui; kai reikalinga didesnė skiriamoji geba, naudojami poliakrilamido geliai. SDS puslapis yra gelio elektroforezės tipas, dažniausiai naudojamas sudėtingiems b altymų mišiniams atskirti. Tai laikoma didelės raiškos b altymų atskyrimo technika. Tai yra skirtumas tarp gelio elektroforezės ir SDS puslapio.
