Pagrindinis skirtumas tarp MLVA ir MLST yra tas, kad MLVA naudoja tandemiškai pasikartojančių DNR sekų polimorfizmą mikrobų rūšims apibūdinti, o MLST naudoja kelių namų ūkio genų vidinių fragmentų DNR sekų polimorfizmą mikrobų rūšims apibūdinti.
Mikrobų tipavimas paprastai naudojamas infekcijų š altiniui ir maršrutams nustatyti. Tai patvirtina arba atmeta protrūkius. Mikrobų tipavimas taip pat atskleidžia kryžminį su sveikatos priežiūra susijusių patogenų perdavimą ir atpažįsta virulentiškas padermes. Be to, mikrobų tipavimas įvertina patogeninių mikrobų rūšių kontrolės priemonių efektyvumą. MLVA ir MLST yra du molekulinės biologijos metodai, naudojami mikrobų tipavimui.
Kas yra MLVA?
Kelių lokusų VNTR analizė (MLVA) yra molekulinis biologinis metodas, kuriuo mikrobų rūšims apibūdinti naudojamas tandemiškai pasikartojančių DNR sekų polimorfizmas. Tai metodas, naudojamas tam tikrų mikrobų rūšių genetinei analizei.
Per pirmąjį MLVA veiksmą kiekvienas tikslinis VNTR lokusas amplifikuojamas PGR su šalia esančiais regionui būdingais pradmenimis. Tada gauti fragmentai yra atskiriami pagal dydį elektroforezės būdu ant kapiliarų sekvencerio. Kiekvieno lokuso genotipas ir iš kiekvieno mėginio surinkti rezultatai leidžia apibūdinti mikroorganizmą, kurio rūšis yra žinoma. Tai taip pat leidžia identifikuoti porūšius naudojant alelių tipavimą ir palyginimą su MLVA duomenų bazėmis.
01 pav.: MLVA
Šis MLVA metodas yra selektyvesnis nei MLST metodas. Be to, taikant MLVA metodą nereikia atlikti DNR sekos nustatymo. Taigi, tai leidžia atskirti artimus porūšius arba klonines rūšis.
Kas yra MLST?
Multilocus sekvencijos tipavimas (MLST) yra metodas, kuris naudoja kelių namų ūkio genų vidinių fragmentų DNR sekų polimorfizmą mikrobų rūšims apibūdinti. MLST yra genetinės analizės metodas, skirtas kelių lokusų tipavimui.
02 pav.: MLST
Tai sekos tipavimo tipas, naudojamas kaip etaloninis metodas, skirtas atskirti skirtingas mikrobų rūšių padermes. Šis metodas pagrįstas namų tvarkymo genų sekos nustatymu. Namų tvarkymo genai paprastai koduoja esminius mikrobų, tokių kaip bakterijos, b altymus. Šios namų tvarkymo genų sekos pasižymi stabiliu polimorfizmu laikui bėgant. Todėl namų tvarkymo genų sekų skirtumų pakanka, kad atskirtų padermes viena nuo kitos. Be to, pirmoji sukurta MLST schema buvo Neisseria meningitidis, meningokokinio meningito ir septicemijos sukėlėjas. Nuo pat įvedimo MLST buvo naudojamas ne tik žmonių, bet ir augalų patogenams.
Kokie yra MLVA ir MLST panašumai?
- MLVA ir MLST yra du molekulinės biologijos metodai, naudojami mikrobų tipavimui.
- Abu metodai gali būti naudojami mikrobų filogenetinei analizei.
- Abu metodai pagrįsti genetiniu polimorfizmu.
- Jie gali būti naudojami žmonių ligoms, sukeliančioms mikrobų patogenus, aptikti.
- Abu metodus turėtų atlikti kvalifikuoti molekuliniai biologai.
Kuo skiriasi MLVA ir MLST?
MLVA yra metodas, kuris naudoja kartu pasikartojančių DNR sekų polimorfizmą mikrobų rūšims apibūdinti. Tuo tarpu MLST yra metodas, kuris naudoja kelių namų ūkio genų vidinių fragmentų DNR sekų polimorfizmą mikrobų rūšims apibūdinti. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp MLVA ir MLST. Be to, MLVA metodas yra selektyvesnis nei MLST metodas.
Toliau pateiktoje infografikoje pateikiami skirtumai tarp MLVA ir MLST lentelės pavidalu, kad būtų galima palyginti.
Santrauka – MLVA vs MLST
MLVA ir MLST yra du molekulinės biologijos metodai, naudojami mikrobų tipavimui. MLVA naudoja tandemiškai pasikartojančių DNR sekų polimorfizmą mikrobų rūšims apibūdinti, o MLST naudoja kelių namų ūkio genų vidinių fragmentų DNR sekų polimorfizmą mikrobų rūšims apibūdinti. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp MLVA ir MLST.
