Pagrindinis skirtumas tarp CGH ir masyvo CGH yra tas, kad CGH yra tradicinis molekulinis citogenetinis metodas, skirtas analizuoti mažesnės skiriamosios gebos tiriamojo mėginio DNR kopijų skaičiaus kitimą, o masyvo CGH yra visiškai automatizuotas molekulinis citogenetinis metodas didesnės skiriamosios gebos tiriamojo mėginio DNR kopijų skaičiaus kitimo analizė.
CGH ir masyvo CGH yra du metodai, skirti aptikti asmenų kopijų skaičiaus pokyčius. Kopijų skaičiaus variacija reiškia genomo dalis, kurios kartojasi. Kopijų skaičius skirtingiems asmenims skiriasi. Kopijų skaičiaus variacijos paprastai skirstomos į dvi grupes: trumpus pakartojimus ir ilgus kartojimus. Vienas iš labiausiai žinomų trumpo kopijų skaičiaus variacijos pavyzdžių yra CAG trinukleotido pasikartojimas huntingtino gene. Tai sukelia neurologinį sutrikimą, vadinamą huntingtinu. Geriausias ilgo kartojimo kopijų skaičiaus kitimo pavyzdys yra alfa amilazės genas, sukeliantis atsparumą insulinui. Kopijų skaičiaus kitimas gali būti aptiktas naudojant tokius metodus kaip FISH, CGH ir masyvo CGH.
Kas yra CGH?
CGH yra tradicinis molekulinis citogenetinis metodas, skirtas analizuoti tiriamojo mėginio DNR kopijų skaičiaus kitimą, palyginti su etaloniniu mėginiu. Jis turi mažesnę skiriamąją gebą, palyginti su automatizuotomis technologijomis. Šios technikos tikslas – greitai ir efektyviai palyginti du genomo DNR mėginius, gaunamus iš skirtingų š altinių.
01 pav.: CGH
Procedūra apima DNR išskyrimą iš dviejų š altinių: testo ir atskaitos. Tada kitas žingsnis yra nepriklausomas tiriamųjų ir etaloninių DNR mėginių žymėjimas skirtingų spalvų fluoroforais. Vėliau du DNR mėginiai buvo denatūruoti, kad būtų gauti vienos grandinės DNR mėginiai. Galiausiai buvo atlikta dviejų gautų DNR mėginių hibridizacija santykiu 1: 1 su normaliu chromosomų metafazės paplitimu. Chromosomų skirtumus galima nustatyti tarp dviejų š altinių naudojant fluorescencinį mikroskopą ir kompiuterio programinę įrangą. Be to, CGH technika gali aptikti tik nesubalansuotus chromosomų anomalijas.
Kas yra Array CGH?
Array CGH yra visiškai automatizuotas molekulinis citogenetinis metodas, skirtas analizuoti tiriamojo mėginio DNR kopijų skaičiaus kitimą, palyginti su etaloniniu mėginiu. Jis turi didesnę skiriamąją gebą ir buvo sukurtas siekiant sumažinti tradicinio CGH apribojimus. Array CGH sujungia CGH principus su mikromasyvų naudojimu. Užuot naudoję metafazines chromosomas, šis metodas kaip taikinius naudoja skaidres su mažais DNR segmentais. Šios mikrogardelės buvo padarytos nusodinant ir imobilizuojant nedidelį kiekį DNR (zondų) ant kieto stiklo atramos. Zondų dydis gali skirtis nuo oligonukleotido iki bakterinės dirbtinės chromosomos.
02 paveikslas: masyvas CGH
Nepriklausomai nuo zondų, pagrindinis CGH masyvo metodas yra panašus į CGH. Paruošus zondus, kuriuose yra mikrogardelė, du DNR mėginiai (bandomasis ir etaloninis), pažymėti skirtingų spalvų fluoroforais, sumaišomi ir pridedami prie mikromatricos. Kadangi mėginiuose esanti DNR dėl denatūracijos yra vienagrandė, ši DNR hibridizuojasi su išdėstytais viengrandžiais zondais. Naudojant skaitmeninę vaizdo gavimo sistemą, galima nustatyti chromosomų skirtumus tarp dviejų š altinių.
Kokie yra CGH ir Array CGH panašumai?
- CGH ir masyvo CGH yra du būdai aptikti kopijų skaičiaus variacijas.
- Tai molekuliniai citogenetiniai metodai.
- Abu metodai diagnozuoja nesubalansuotus chromosomų anomalijas.
- Fluoroforai naudojami abiejuose metoduose.
- Abu metodai gali būti naudojami genetiniams sutrikimams, atsirandantiems dėl kopijų skaičiaus variacijų, nustatyti.
- Jie plačiai naudojami lyginamojoje genominėje analizėje.
Kuo skiriasi CGH ir Array CGH?
CGH yra tradicinis molekulinis citogenetinis metodas, skirtas analizuoti mažesnės skiriamosios gebos tiriamojo mėginio DNR kopijų skaičiaus kitimą, o masyvas CGH yra visiškai automatizuotas molekulinis citogenetinis metodas tiriamojo mėginio DNR kopijų skaičiaus kitimui analizuoti. kuri turi didesnę skiriamąją gebą. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp CGH ir masyvo CGH. Be to, CGH tiriamieji ir etaloniniai DNR mėginiai hibridizuojasi su normalia chromosomų metafazės plitimu, tačiau CGH matricoje tiriamieji ir etaloniniai DNR mėginiai hibridizuojasi su imobilizuotais DNR zondais, kuriuose yra mikromatrica.
Toliau pateiktoje infografijoje lentelės pavidalu pateikiami skirtumai tarp CGH ir masyvo CGH, kad būtų galima palyginti.
Santrauka – CGH vs Array CGH
CGH ir masyvo CGH yra du molekuliniai citogenetiniai metodai, skirti nustatyti nesubalansuotus chromosomų anomalijas. Jie plačiai naudojami lyginamojoje genominėje analizėje. CGH yra tradicinis molekulinis citogenetinis metodas, skirtas analizuoti mažesnės skiriamosios gebos tiriamojo mėginio DNR kopijų skaičiaus kitimą. Priešingai, masyvas CGH yra visiškai automatizuotas molekulinis citogenetinis metodas, skirtas analizuoti didesnės skiriamosios gebos tiriamojo mėginio DNR kopijų skaičiaus kitimą. Taigi čia apibendrinamas skirtumas tarp CGH ir masyvo CGH.
