Pagrindinis skirtumas tarp LINE ir SINE yra tas, kad LINE (ilgai įsiterpę branduoliniai elementai) yra ilgesnių ne LTR retrotranspozonų tipas, o SINE (trumpieji branduoliniai elementai) yra daug trumpesnių ne LTR retrotranspozonų tipas.
Ne LTR retrotranspozonuose nėra ilgų galinių pakartojimų (LTR). Tačiau juose yra atvirkštinės transkriptazės, RNR surišančio b altymo, nukleazės ir ribonukleazės H domeno genų. Ne LTR retrotranspozonai turi trumpus pasikartojimus. Šie pakartojimai turi atvirkštinę bazių tvarką vienas šalia kito. Be to, ne LTR retrotranspozonai taip pat turi tiesioginius pasikartojimus, randamus LRT transpozonuose. Ne LTR retrotranspozonai skirstomi į dvi kategorijas: LINE ir SINE.
Kas yra LINES?
LINE (ilgai įsiterpę branduoliniai elementai) yra ilgesni ne LTR retrotranspozonai. Jie plačiai paplitę eukariotų genomuose. Paprastai jie sudaro 21,1% žmogaus genomo. Kiekviena LINIJA yra maždaug 7000 bazinių porų ilgio. LINEs gali transkribuoti į mRNR ir virsti b altymu, kuris gali veikti kaip atvirkštinės transkriptazės fermentas. Ši atvirkštinė transkriptazė gamina LINEs RNR DNR kopijas. Šios DNR kopijos gali būti integruotos į genomą naujoje vietoje.
01 pav.: LINIJAS ir SINES
Žmogaus genome yra tik viena gausi LINIJA, vadinama LINE-1. LINE-1 elementas yra maždaug 6000 bazinių porų ilgio. Žmogaus genome yra apie 100 000 sutrumpintų LINE-1 elementų. LINE gali atsirasti atsitiktinė mutacija. Dėl atsitiktinių mutacijų LINE gali išsigimti. Jie nebetranskribuojami ir neverčiami. Be to, LINEs yra sugrupuotos į penkias pagrindines grupes, tokias kaip L1, RTE, R2, I ir jockey. Šios penkios grupės dar skirstomos į dar 28 kladus.
LINIJOS paprastai skleidžiamos naudojant mechanizmą, vadinamą tikslinės pirminės atvirkštinės transkripcijos mechanizmu (TPRT). LINE įterpimas sukelia žmonių ligas, tokias kaip hemofilija A, vėžys, mendelio sutrikimai ir kt. LINE hipometilinimas taip pat sukelia tam tikrų rūšių vėžį.
Kas yra SINE?
SINE (trumpi branduoliniai elementai) yra daug trumpesnių ne LTR retrotranspozonų tipas. Jų ilgis yra nuo 100 iki 700 bazinių porų. SINE taip pat yra DNR elementai, kurie per RNR tarpinius produktus amplifikuojasi visuose eukariotų genomuose. SINEs sudaro apie 13% žinduolių genomo. Vidiniai SINE regionai yra kilę iš tRNR. Jis išlieka labai konservuotas. Jie dažnai būna daugelyje stuburinių ir bestuburių rūšių. Kopijų skaičiaus kitimas ir mutacijos SINE gali būti įtrauktos kuriant filogene pagrįstą rūšių klasifikaciją.
SINE gali būti sugrupuoti į tris pagrindinius tipus: CORE-SINE, V-SINE ir AmnSINE. Alu elementas yra labiausiai paplitęs SINE primatuose. Be to, yra daugiau nei 50 žmonių ligų, susijusių su SINE įterpimu. Kai jie įterpiami į egzonus arba šalia jų, jie gali sukelti netinkamą sujungimą arba pakeisti skaitymo rėmelį. Tai sukelia ligų fenotipus, tokius kaip krūties vėžys, gaubtinės žarnos vėžys, leukemija, hemofilija, cistinė fibrozė, gaubtinės žarnos vėžys, Dento liga, neurofibromatozė ir kt.
Kokie yra linijų ir SINE panašumai?
- LINEs ir SINE yra dviejų tipų ne LTR retrotranspozonai.
- Abu neturi ilgų terminalų regionų (LTR).
- Abu daugiausia randami tik eukariotuose.
- Jie abu nėra savarankiški.
Kuo skiriasi LINE ir SINE?
LINE yra ilgesni ne LTR retrotranspozonai, o SINE yra daug trumpesni ne LTR retrotranspozonai. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp LINE ir SINE. Be to, LINES koduoja atvirkštinės transkriptazės fermentą, o SINE nekoduoja atvirkštinės transkriptazės fermento. Taigi tai dar vienas skirtumas tarp LINE ir SINE.
Daugiau skirtumų tarp LINE ir SINE pateikiami žemiau lentelės pavidalu, kad būtų galima palyginti.
Santrauka – LINEs vs SINEs
Retrotranspozonai daugiausia randami visuose eukariotuose, tačiau prokariotuose jų nėra. Apytiksliai 37% žmogaus genomo yra retrotranspozonų. Retrotranspozonai daugiausia yra dviejų tipų: LTR ir ne LTR retrotranspozonai. Ne LTR retrotranspozonuose nėra ilgų galinių pakartojimų (LTR), kurių yra LTR retrotranspozonuose. Ne LTR retrotranspozonai dar skirstomi į dvi kategorijas: LINE ir SINE. LINE yra ilgesni ne LTR retrotranspozonai, o SINE yra daug trumpesni ne LTR retrotranspozonai. Taigi, tai yra skirtumo tarp LINE ir SINE santrauka.
