Pagrindinis skirtumas tarp atsitiktinių pradmenų ir oligo dT yra tas, kad atsitiktinis pradmuo yra visų galimų heksamero oligonukleotidų sekų mišinys, o oligo dT pradmenį sudaro 12–18 deoksitimidinų viengrandė.
Atvirkštinė transkripcija yra mechanizmas, kurio metu cDNR gali būti susintetinta naudojant mRNR arba bet kurią RNR rūšį. Norint gaminti cDNR, reikia pateikti atvirkštinės transkriptazės fermentą ir kitus būtinus komponentus, ypač šabloną ir pradmenis. Pradmenys yra trumpos DNR sekos, specialiai sukurtos tikslinių sekų amplifikacijai. Atsitiktiniai pradmenys ir oligo dT pradmenys yra du įprasti pradmenų tipai, naudojami atvirkštinei transkripcijai. Todėl atsitiktinis pradmuo arba oligo dT pradmuo yra trumpos DNR oligonukleotidų sekos, reikalingos atvirkštinei transkriptazei inicijuoti atvirkštinę transkripciją. Atsižvelgiant į RNR šabloną, iš šių dviejų pradmenų tipų galima pasirinkti tinkamą pradmenį.
Kas yra atsitiktiniai pradmenys?
Atsitiktinis pradmuo yra oligonukleotidų, atstovaujančių visas galimas heksamerų sekas, mišinys. Atsitiktinio pradmens pradmenų seka yra 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T arba C. Todėl atsitiktiniai pradmenys gali būti naudojami viengrandės DNR arba RNR amplifikacijai DNR polimeraze arba atvirkštine transkriptaze, atitinkamai. Be to, atsitiktinis pradmenų mišinys gali amplifikuoti visas RNR sritis, kad susidarytų cDNR. Taigi ji gamina įvairaus ilgio cDNR.
01 pav.: Atsitiktiniai pradmenys
Svarbiausia, kad atsitiktinis pradmenų mišinys neparodo šablono specifiškumo. Jis nesugeba atskirti mRNR ir kitų RNR rūšių. Ir jis susilieja su bet kokia RNR rūšimi mėginyje. Tačiau atsitiktinis pradmenų mišinys yra tinkamas atvirkštinei RNR transkripcijai be poli(A) uodegų, pvz., rRNR, tRNR, nekoduojančių RNR, mažų RNR, prokariotų mRNR ir kt., suskaidytos RNR ir RNR su žinomomis antrinėmis struktūromis.
Kas yra Oligo dT?
Oligo dT gruntas yra 12–18 deoksitimino (dT) ruožas. Pradmenų seka gali būti pavaizduota kaip 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Jis naudojamas cDNR gamybai iš mRNR, turinčios poli(A) uodegą. Iš esmės jis veikia kaip atvirkštinės transkriptazės katalizuojamos reakcijos pradmuo. Atvirkštinės transkripcijos metu oligo dT pradmenys susilieja su poliadenilinta uodega, esančia daugumos eukariotų mRNR 3' gale, ir pradeda procesą.
02 pav.: Atvirkštinė transkripcija naudojant Oligo dT Primer
Skirtingai nei atsitiktinis pradmuo, oligo dT pradmuo netinka suskaidytai RNR arba RNR, kurioms trūksta poli(A) uodegos, įskaitant prokariotinę RNR ir mikroRNR.
Kokie yra atsitiktinių pradmenų ir Oligo dT panašumai?
- Atsitiktinis pradmenys ir oligo dT pradmenys yra dviejų tipų pradmenys, naudojami atvirkštinei transkripcijai ir cDNR gamybai.
- Naudojant atsitiktinį pradmenį ir oligo dT pradmenį kartu padidėja cDNR sintezės jautrumas.
- Jos yra vienos grandinės trumpų nukleotidų sekos.
Kuo skiriasi atsitiktiniai gruntai ir Oligo dT?
Atsitiktinis pradmuo yra trumpa oligonukleotidų seka, sudaryta iš atsitiktinės sekos. Tuo tarpu oligo dT gruntas yra trumpa juosta, sudaryta iš 12–18 deoksitimidinų. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp atsitiktinių pradmenų ir oligo dT. Atsitiktinių pradmenų seka yra 5' – d (NNNNNN) –3' N=G, A, T arba C. Tuo tarpu oligo dT pradmenų seka yra 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3'. Todėl galime tai laikyti dar vienu skirtumu tarp atsitiktinių pradmenų ir oligo dT.
Be to, atsitiktiniai pradmenys nepasižymi šablono specifiškumu ir susilieja su bet kokia RNR rūšimi, o oligo dT pradmenys rodo specifiškumą eukariotinės mRNR poli(A) uodegoms.
Toliau pateiktoje infografikoje apibendrinamas skirtumas tarp atsitiktinių pradmenų ir oligo dT.
Santrauka – atsitiktiniai pradmenys prieš Oligo dT
Atsitiktinis pradmenys ir oligo dT pradmenys yra dviejų tipų pradmenys, naudojami cDNR sintezei. Atsitiktinis pradmuo susideda iš oligonukleotidų mišinio, atspindinčio visas įmanomas heksamerų sekas, o oligo dT pradmuo yra viengrandė 12–18 deoksitimidinų seka. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp atsitiktinių pradmenų ir oligo dT. Be to, oligo dT pradmenys yra naudingi viso ilgio atvirkštinei RNR transkripcijai su poli(A) uodega, o atsitiktiniai pradmenys naudingi daugumos RNR rūšių atvirkštinei transkripcijai, įskaitant degraduotą RNR, RNR, kurioms trūksta poli(A) uodegų ir RNR, turinčią RNR. antrinės struktūros. Todėl atsitiktinis pradmuo neparodo šablono specifiškumo, o oligo dT pradmuo rodo specifiškumą eukariotinės mRNR, turinčios poli(A) uodegą, atžvilgiu.
