Pagrindinis skirtumas tarp dNTP ir ddNTP yra tas, kad dNTP arba dezoksiribonukleotidai yra DNR statybiniai blokai ir turi 3'-OH grupę pentozės cukraus struktūroje, o ddNTP arba dideoksinukleozido trifosfatai yra nukleotidai, kuriuose nėra 3'-OH grupės ir jie yra naudojami Sanger dideoksi DNR sekos nustatymo technikoje, norint sukurti skirtingo ilgio DNR sekas.
dNTP ir ddNTP yra nukleotidai. dNTP reiškia dezoksiribozės nukleotidus. Jie yra DNR statybiniai blokai. dNTP naudojami DNR sintezei. Kita vertus, dNTP reiškia dideoksinukleozido trifosfatus. Jie naudojami Sangerio sekos nustatymui, siekiant nutraukti skirtingo ilgio DNR sintezę. Jiems trūksta OH grupės 3' padėtyje. 3ʹ padėtyje vietoj OH grupės yra vandenilis. Todėl ddNTP negali sudaryti fosfodiesterio jungties su kitu nukleotidu. dNTP gali atlikti DNR sintezę, o ddNTP gali nutraukti DNR polimerizaciją.
Kas yra dNTP?
dNTP reiškia dezoksiribozės nukleotidą arba dezoksiribonukleotidą. Tai yra DNR statybinė medžiaga. Yra keturi dNTP tipai. Tai yra dATP, dTTP, dCTP ir dGTP. Jie pavadinti pagal purino arba pirimidino azoto bazes: adeninas (A), guaninas (G), timinas (T) ir citozinas (C).
01 paveikslas: dNTP
Adeninas ir guaninas yra purino bazės, o timinas ir citozinas yra pirimidino bazės. DNTP pentozinis cukrus yra dezoksiribozė. Taip pat yra fosfatų grupė. Todėl dNTP sudaro trys komponentai: azoto bazė, dezoksiribozės cukrus ir fosfato grupė. Šie dNTP jungiasi vienas su kitu per fosfodiesterio ryšius. DNTP yra OH grupė, prijungta prie pentozės cukraus 3' padėties, kuri yra reikalinga, kad būtų sudarytas ryšys su fosfato grupe, prijungta prie kito nukleotido cukraus 5' anglies. Kadangi visi dNTP turi šią 3'-OH grupę, jie gali sintetinti ir išplėsti DNR grandines. Taigi dNTP veikia kaip pagrindinis pasikartojantis DNR ir cheminės genų medžiagos vienetas. DNR sintezė visada vyksta nuo 5ʹ iki 3ʹ.
Kas yra DdNTP?
Sangerio sekos nustatymas yra pirmosios kartos DNR sekos nustatymo metodas, kurį 1977 m. sukūrė Frederickas Sangeris ir jo kolegijos. Jis taip pat žinomas kaip grandinės nutraukimo sekos arba dideoksi sekvenavimas, nes pagrindinis šio metodo principas yra grandinės nutraukimas naudojant dideoksinukleozido trifosfatus. (ddNTP). ddNTP yra nukleotidai, naudojami Sangerio sekos nustatymui. Sangerio sekos nustatymas yra pagrįstas selektyviu ddNTP įtraukimu ir DNR sintezės nutraukimu DNR replikacijos in vitro metu. DdNTP ypatumas yra tas, kad jiems trūksta 3'-OH grupės ant pentozės cukraus, kad būtų tęsiamas fosfodiesterio jungties susidarymas tarp 5' fosfatų grupės gretimo nukleotido. Taigi, ddNTP prijungus prie besitęsiančios gijos, grandinės pailgėjimas nutrūksta ir baigiasi nuo to taško. Taikant Sanger sekos metodą, ddNTP veikia kaip grandinės pailginimo DNR polimerazės inhibitoriai.
02 paveikslas: ddNTP
Yra keturi ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP ir ddTTP, naudojami Sangerio sekoje. Šie nukleotidai sustabdo DNR replikacijos procesą, kai yra įtraukiami į augančią DNR grandinę. Dėl to Sangerio seka sukuria įvairaus ilgio trumpą DNR. Kapiliarinė gelio elektroforezė naudojama šioms trumpoms DNR grandinėms organizuoti pagal jų dydį ant gelio. ddNTP yra radioaktyviai arba fluorescenciškai paženklinti skirtingomis spalvomis, kad būtų lengviau analizuoti DNR seką. Analizuojant gelį galima nustatyti nežinomos DNR grandinės nukleotidų seką.
Kokie yra dNTP ir DdNTP panašumai?
- Ir dNTP, ir ddNTP naudojami Sangerio sekoje.
- Yra keturių tipų dNTP ir ddNTP.
- Jos sudarytos iš trijų komponentų: azoto bazės, dezoksiribozės cukraus ir fosfatų grupių.
Kuo skiriasi dNTP ir DdNTP?
dNTP yra vienas iš keturių tipų dezoksiribonukleotidų, kurie yra DNR statybiniai blokai. ddNTP yra vienas iš keturių dideoksiribonukleozido trifosfatų tipų, naudojamų Sangerio sekos nustatymo technikoje. dNTP turi 3'-OH grupę ant pentozės cukraus, o ddNTP neturi 3'-OH grupės ant pentozės cukraus. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp dNTP ir ddNTP. Be to, dNTP vykdo DNR polimerizaciją, o ddNTP nutraukia DNR polimerizaciją. Taigi tai dar vienas didelis skirtumas tarp dNTP ir ddNTP.
Toliau pateiktoje infografikoje lentelės pavidalu pateikiami skirtumai tarp dNTP ir ddNTP.
Santrauka – dNTP vs DdNTP
Įprasti dNTP yra DNR statybiniai blokai, o ddNTP yra nukleotidai, naudojami Sangerio sekos nustatymo technikoje. dNTP turi 3ʹ-OH, o ddNTP neturi 3ʹ-OH. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp dNTP ir ddNTP. Be to, dNTP gali sintetinti DNR grandinę, o ddNTP gali nutraukti DNR polimerizaciją. Todėl ddNTP yra naudojami Sangerio sekos nustatymui, siekiant sukurti skirtingas skirtingo ilgio DNR grandines. „Sanger“sekos metu įtraukiami ir dNTP, ir ddNTP.
