Pagrindinis skirtumas tarp kontigų ir pastolių yra tas, kad kontiguose nėra tarpų, o pastolius sudaro įtvarai ir tarpai.
Daugialąsčių organizmų genomo sekos nustatymas yra labai sudėtingas, palyginti su vienaląsčių organizmų sekos nustatymu. Viso genomo šautuvų sekos nustatymas yra paprastas ir greitas daugialąsčių genomų genomo sekos nustatymo metodas. Tai metodas, kuriuo lygiagrečiai seka daug persidengiančių DNR fragmentų. Taikant šį metodą, maži fragmentai surenkami į didesnius fragmentus, o vėliau naudojant kompiuterį į didesnius kontigus. Tada kontigai surenkami į pastolius ir galiausiai į chromosomą. Todėl contig yra nenutrūkstamas nukleotidų sekų ruožas, o pastoliai yra genomo dalis, susidedanti iš kontigų ir tarpų. Tiek kontigas, tiek karkasas yra rekonstruotos genominės sekos.
Kas yra Contig?
Contig yra genomo seka. Tai ištisinis sekų ruožas, sudarytas iš A, C, G ir T bazių. Jis susidaro sujungiant kelis nedidelius persidengiančius DNR bitus į ilgesnę seką. Paprastais žodžiais tariant, contig yra sekos fragmentų rinkinys. Contig kūrimas apima persidengiančių sekos fragmentų identifikavimą, pagrįstą vietinių eilučių suderinimo ir derinimo metodais, kurie nustato persidengiančius sekų galus.
Kontiguose nėra spragų. Tai pastolių dalis. Kuriant pastolius, kontigai sujungiami grandinėmis. Tam reikia papildomos informacijos apie santykinę kontigų padėtį ir orientaciją genome. Tarpai atskiria pastoliuose esančius kontigus. Iš esmės kontigų surinkimas yra svarbus viso genomo šautuvų sekos nustatymo žingsnis. Kontigai galiausiai surenkami į visą genominę seką. Contig surinkimui paprastai reikia suprasti eilučių suderinimo ir sekos derinimo algoritmus.
Kas yra pastoliai?
Pastoliai yra atkurta genomo seka iš galutinės sekos sudarytų viso genomo šautuvų klonų. Struktūriškai pastoliai susideda iš kontigų ir tarpų. Todėl pastoliai kuriami sujungiant grandines ir atskiriant juos tarpais. Kuriant pastolius reikia informacijos apie santykinę kontigų padėtį ir orientaciją genome. Viso genomo šautuvų surinkimo tikslas - vaizduoti kiekvieną genominę seką viename pastoliuose. Tačiau tai nėra visiškai įmanoma. Taigi viena chromosoma gali būti pavaizduota keliais karkasais. Kartais pastoliai gali persidengti. Be to, kai kurie pastoliai gali būti išfiltruoti surinkimo metu.
02 pav. Viso genomo šautuvų surinkimo apžvalga
Pastolių tarpo ilgis nerodo tikrojo ilgio. Paprastai tarpai savavališkai nustatomi tam tikru fiksuotu ilgiu. Taigi šios spragos ir jų ilgio neapibrėžtumas sukelia problemų suprasti tikrus erdvinius funkcinių elementų ryšius genomuose ir tikrąjį trūkstamos informacijos mastą. Kartais tarpai rodo trūkstamą genominę informaciją.
Kokie yra Contig ir Scaffold panašumai?
- Contig ir karkasas yra genominės sekos, sudarytos iš nukleotidų sekų.
- Pastoliai sudaryti iš kontigų ir tarpų.
Kuo skiriasi „Contig“ir „Scaffold“?
Contig yra ištisinė seka, surinkta iš sekos fragmentų rinkinio. Priešingai, pastoliai yra genominės sekos dalis, rekonstruota sujungiant grandines. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp kontigo ir pastolių. Be to, kontiguose nėra tarpų, o pastoliuose esantys kontingai yra atskirti tarpais.
Toliau infografika pateikia daugiau skirtumų tarp kontig ir pastolių.
Santrauka – Contig vs Scaffold
Tiek kontig, tiek karkasas yra rekonstruotos nukleotidų sekos viso genomo sekos nustatymo projektuose. Contig yra nenutrūkstamas genominės sekos ruožas, turintis A, C, G ir T bazes be tarpų. Pastoliai yra genominė seka, susidedanti iš kontigų ir tarpų. Taigi trumpiausi surinkimo komponentai yra kontiginiai, o pastoliai yra kontigų rinkiniai. Galiausiai pastoliai surenkami į chromosomas atliekant viso genomo seką. Taigi čia apibendrinamas skirtumas tarp kontig ir pastolių.
