Pagrindinis skirtumas tarp DNR ir RNR zondų yra tas, kad DNR zondai yra DNR fragmentai, kurie papildo tikslines nukleotidų sekas, o RNR zondai yra vienos grandinės RNR atkarpos, kurios yra papildomos tikslinių sekų nukleorūgščių sekos.
Zondas yra dirbtinai susintetinta trumpa DNR arba RNR seka, kuri gali būti paženklinta radioaktyviai arba neradioaktyviomis molekulėmis. Jo ilgis gali būti nuo 100 iki 1000 bazių. Zondai yra naudingi nustatant tikslines nukleotidų sekas, kurios yra komplementarios zondo sekai. Pridėjus zondus, jie hibridizuojasi su papildomomis arba tikslinėmis sekomis ir tampa matomi, kad būtų galima identifikuoti tikslines sekas, nes jie turi radioaktyvumo. Zondai yra svarbios molekulinės priemonės daugelyje mikrobų ir molekulinių sričių, pvz., genetinių ligų aptikimo, virusologijos, teismo patologijos, tėvystės tyrimų, DNR pirštų atspaudų ėmimo, RFLP, molekulinės citogenetikos, hibridizacijos in situ ir kt.
Kas yra DNR zondai?
DNR zondai yra vienos grandinės DNR atkarpos. Jie gali būti naudojami komplementarių nukleorūgščių sekų (tikslinių sekų) buvimui nustatyti hibridizacijos būdu. Kai DNR zondas hibridizuojasi su savo komplementaria seka, jis sudaro dvigrandį hibridą. Norint juos aptikti, DNR zondai paprastai žymimi radioizotopais, biotinu, epitopais arba fluoroforais. Biotinu paženklinti DNR zondai gali būti aptikti naudojant streptavidinu pažymėtą šarminę fosfatazę įvairiais fermentiniais ir cheminiais metodais.
01 pav.: DNR zondas
DNR zondo nukleotidų seka žinoma. Tai trumpos sekos, kurių ilgis nuo 100 iki 1000 bazinių porų. Ilgi DNR zondai gali būti generuojami naudojant rekombinantinės DNR technologiją. Jie taip pat gali būti generuojami PGR ir klonavimo būdu. Klinikinės mikrobiologijos laboratorijose DNR zondai yra lengvai prieinami greitai diagnozuoti infekcines ligas.
Kas yra RNR zondai?
RNR zondai yra vienos grandinės RNR atkarpos. Tai yra sekos, kurios papildo mėginio tikslines sekas. Paprastai jie sintetinami su RNR polimerazėmis iš bakteriofagų SP6, T7 arba T3 in vitro transkripcijos būdu. Ilgi RNR zondai gali būti generuojami transkripcija in vitro iš tiesinės plazmidinės DNR. Paprastai RNR zondai stipriai ir tvirčiau jungiasi prie savo komplementarių sekų nei DNR zondai. Panašiai kaip DNR zondai, RNR zondai taip pat gali būti pažymėti, kol jie yra transkribuojami.
Kokie yra DNR ir RNR zondų panašumai?
- Tiek DNR, tiek RNR zondai yra vienos grandinės nukleotidų sekos.
- Abu yra dirbtinai sukurti ir susintetinti.
- Be to, jie gali būti pažymėti radioizotopais, epitopais, biotinu arba fluoroforais.
- Jie turi stiprų giminingumą konkrečiai DNR arba RNR tikslinei sekai.
- Jie naudojami įvairiuose blotavimo ir in situ hibridizacijos metoduose, siekiant aptikti tikslines nukleorūgščių sekas.
- Abu zondų tipai gali būti hibridizuoti su viena kitą papildančiomis sekomis.
- Jie taip pat naudojami identifikuojant mikroorganizmus ir diagnozuojant infekcines, paveldimas ir kitas ligas.
Kuo skiriasi DNR ir RNR zondai?
DNR zondas yra trumpa DNR atkarpa, kuri papildo tikslinę seką. Kita vertus, RNR zondas yra trumpas vienos grandinės RNR ruožas, papildantis tikslinę seką. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp DNR ir RNR zondų. Be to, DNR zonduose yra A, T, C ir G, o RNR zonduose yra A, U, C ir G.
Be to, dar vienas skirtumas tarp DNR ir RNR zondų yra jų termodinaminis stabilumas. RNR zondai rodo didesnį termodinaminį stabilumą, palyginti su DNR zondais.
Toliau infografijoje pateikiami svarbūs skirtumai tarp DNR ir RNR zondų.
Santrauka – DNR vs RNR zondai
Zondas yra mažas DNR arba RNR fragmentas, naudojamas tam tikros sekos buvimui DNR arba RNR mėginyje aptikti molekulinės hibridizacijos būdu. DNR zondai yra trumpi vienos grandinės DNR fragmentai, o RNR zondai yra trumpos vienos grandinės RNR sekos. Tai žinomos sekos. RNR zondų termodinaminis stabilumas yra didesnis nei DNR zondų. RNR zondai glaudžiai jungiasi prie savo komplementarių sekų nei DNR zondai. Taigi čia apibendrinamas skirtumas tarp DNR ir RNR zondų.
