Pagrindinis skirtumas – proteomika vs transkriptomika
Omic technologija yra dabartinė tendencija, kai į skirtingas organizmo biomolekules žiūrima kaip į visą rinkinį, atsižvelgiant į jo savybes ir funkcijas. Omic technologija turi platų pritaikymo spektrą. Skirtinga biologinio mėginio omika apima genomiką, proteomiką, transkriptomiką ir metabolomiką. Proteomika apima išsamų visų gyvo organizmo b altymų tyrimą. Jis apibrėžiamas kaip visų organizme išreikštų b altymų rinkinys, jo struktūrinės ir funkcinės savybės. Taigi visas b altymų rinkinys sudaro proteomą. Transkriptomika yra išsamus visų gyvame organizme esančių pasiuntinių RNR (mRNR) molekulių tyrimas. Taigi transkriptomika nagrinėja genus, kurie aktyviai ekspresuojami gyvame organizme. Visas mRNR rinkinys gyvame organizme vadinamas transkriptu. Pagrindinis skirtumas tarp proteomikos ir transkriptomikos yra pagrįstas biomolekulės tipu. Proteomikoje tiriamas visas gyvame organizme išreikštų b altymų rinkinys, o transkriptomikoje – visa gyvo organizmo mRNR.
Kas yra proteomika?
Sąvoka proteomika buvo sukurta 1995 m. ir iš pradžių buvo apibrėžta kaip bendras b altymų komplementas ląstelėje, audinyje ar organizme. Tobulėjant proteomikos tyrimams, jis vėliau buvo pakeistas, kad būtų laikomas skėčiu, į kurį įtraukta daug studijų krypčių. Šiuo metu pagal temą proteomika tiriama b altymų struktūra, orientacija, funkcijos, sąveika, modifikacijos, pritaikymas ir svarba. Todėl šiuo metu daug tyrimų atliekama proteomikos srityje.
Pirmieji proteominiai tyrimai buvo atlikti siekiant nustatyti b altymų kiekį Escherichia coli. Bendras b altymų kiekis buvo nustatytas naudojant dvimačius (2D) gelius. Pasisekus šiam tyrimui, mokslininkai pradėjo apibūdinti bendrą b altymų kiekį gyvūnuose, tokiuose kaip jūrų kiaulytės ir pelės. Šiuo metu žmogaus b altymų kartografavimas atliekamas naudojant 2D gelio elektroforezę.
Proteomikos taikymai
Proteomikos studijavimas turi daug privalumų, nes b altymai yra didžiąją dalį veiklos valdančios molekulės dėl b altymų katalizatoriaus savybių. Taigi ištisų b altymų tyrimas gali suteikti informacijos apie organizmo sveikatos būklę. Kai kurios programos yra:
- Genomo anotacija: ištyrus b altymų kiekį organizme, galima nustatyti tikslius genomus, atsakingus už aktyvų b altymų junginį. Pagal šį scenarijų visos genomikos rezultatai yra svarbūs transkriptomika ir proteomika.
- Ligos identifikavimas / Diagnostika: Proteomika naudojama ligos būklei nustatyti, lyginant sveikus ir sergančius
- Eksperimento metu tirtai b altymų ekspresijai atlikti.
- B altymų modifikacijos ir sąveikos tyrimai: norint naudoti b altymus in vitro arba in vivo sąlygomis, nustatyti šių ekstrahuotų b altymų laikymo sąlygas ir ištirti b altymų elgseną in vitro, in vivo ir in vitro. – silico metodai.
01 pav.: Proteomika
Proteomikoje naudojami įvairūs metodai
- Viso b altymo ekstrahavimas ir b altymų atskyrimas naudojant 2D gelio elektroforezę. B altymus taip pat galima atskirti naudojant didelio efektyvumo skysčių chromatografiją (HPLC).
- Išskirtų b altymų sekos nustatymas naudojant tokius metodus kaip Edmundo sekos nustatymo metodas arba masių spektrometrija.
- Nustačius sekas, struktūrinės ir funkcinės b altymų kiekio savybės analizuojamos naudojant kompiuterinę programinę įrangą ir bioinformatikos įrankius.
Kas yra transkriptomika?
Transkripto terminas buvo sukurtas neseniai. Transkriptomika yra viso organizmo mRNR kiekio tyrimas. Bendra mRNR yra gyvame organizme arba ląstelėje išreikšta DNR. Visas mRNR rinkinys vadinamas transkriptu.
Žingsniai link transkripto analizės apima:
- RNR ekstrahavimas, mRNR atskyrimas naudojant kolonėlės gelio chromatografiją su poli DT granulėmis.
- MRNR seka atlikta.
Microarray technologija yra vienas iš įprastų būdų nustatyti organizmo transkriptą. „Microarray“technika apima zondo plokštelę su papildomomis transkripto sruogomis. Po hibridizacijos galima apibūdinti organizme arba ląstelėse esančią mRNR.
02 pav.: transkriptominiai metodai
Transkriptomika dabar plačiai naudojama medicinos srityje. Ligos diagnostika ir ligų profiliavimas yra pagrindinės sritys, kuriose naudojama transkriptomika. Išanalizavus organizmo transkriptą, galima nustatyti svetimą iRNR, o jei yra infekcijų, ją nustatyti. Nekoduojanti RNR gali būti atskirta naudojant transkripto technologijas. Taip pat galima stebėti genų ekspresiją esant įvairiems aplinkos įtempiams.
Kokie yra proteomikos ir transkriptomikos panašumai?
- Abu yra omikos technologijos koncepcijos dalis.
- Abu naudojami ligų diagnostikai ir organizmo ligų apibūdinimui.
- Abi tyrimo sritys apėmė biomolekulės ekstrakciją, biomolekulės atskyrimą ir sekos nustatymo etapus.
Kuo skiriasi proteomika ir transkriptomika?
Protemics vs Transcriptomics |
|
| Proteomika apima išsamų visų gyvo organizmo b altymų tyrimą. | Transkriptomika yra išsamus visų gyvame organizme esančių pasiuntinių RNR (mRNR) molekulių tyrimas. |
| Ištirtas biologinės molekulės tipas | |
| B altymai tiriami proteomikoje. | mRNR tiriama transkriptomikoje. |
| Ištirti veiksniai | |
| Proteomikoje tiriama b altymų struktūra, funkcija, sąveika, modifikacijos ir pritaikymas. | Sekvencijos struktūra, sąveika su aplinka ir mRNR pritaikymai tiriami transkriptomikoje. |
Santrauka – proteomika vs transkriptomika
Omika vaidina svarbų vaidmenį gyvosios gamtos mokslų srityje. Proteomika reiškia proteomo, kuris ląstelėje arba organizme sudaro visas b altymų kolekcijas, tyrimą. Transkriptomika reiškia transkripto, kuris yra visas išreikštos DNR rinkinys, kuris yra mRNR pavidalu, tyrimą. Dvi tyrimo sritys, proteomika ir transkriptomika, buvo gautos įdiegus genomiką ir šiuo metu plačiai naudojamos medicininėje diagnostikoje ir organizmų apibūdinime bei atrankoje. Tai yra skirtumas tarp proteomikos ir transkriptomikos.
Atsisiųskite „Proteomics vs Transcriptomics“PDF failą
Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatos pastaboje. Atsisiųskite PDF versiją čia: Skirtumas tarp proteomikos ir transkriptomikos
