Pagrindinis skirtumas – Nick Translation vs Primer Extension
Nicko vertimas ir pradmenų išplėtimas yra du svarbūs metodai, atliekami molekulinėje biologijoje. Pagrindinis skirtumas tarp slapyvardžio transliacijos ir pradmenų išplėtimo yra tas, kad slapyvardžio transliacijos procesas gamina žymėtus zondus kitiems hibridizacijos metodams, o pradmenų išplėtimo metodas identifikuoja specifinę RNR seką iš mišinio ir atskleidžia informaciją apie mRNR ekspresiją. Abu metodai yra labai svarbūs ir reguliariai atliekami molekulinių tyrimų laboratorijose.
Kas yra Niko vertimas?
Nicko vertimas yra svarbi technika, naudojama ruošiant paženklintus zondus įvairioms molekulinės biologijos technikoms, tokioms kaip blotingas, hibridizacija in situ, fluorescencinė in situ hibridizacija ir kt. Tai DNR žymėjimo in vitro metodas. DNR zondai naudojami specifinėms DNR arba RNR sekoms nustatyti. Pažymėto zondo pagalba iš sudėtingo nukleorūgščių mišinio galima pažymėti arba vizualizuoti specifinius fragmentus. Todėl paženklinti zondai ruošiami naudojant įvairius metodus, kurie gali būti naudojami skirtingiems metodams. Niko vertimas yra vienas iš tokių metodų, kuriais, naudojant DNazės 1 ir DNR polimerazės 1 fermentus, gaunami pažymėti zondai.
Slapyvardžio vertimo procesas prasideda nuo DNazės 1 fermento aktyvumo. DNazė 1 įveda įtrūkimus į dvigrandės DNR fosfatinį pagrindą, suskaidydama fosfodiesterio ryšius tarp nukleotidų. Sukūrus slapyvardį, atsiras laisva nukleotido 3’ OH grupė ir ją veiks DNR polimerazės 1 fermentas. DNR polimerazės 1 eksonukleazės aktyvumas nuo 5’ iki 3’ pašalina nukleotidus nuo plyšio link 3’ DNR grandinės krypties. Tuo pačiu metu veikia DNR polimerazės 1 fermento polimerazės aktyvumas ir prideda nukleotidų, kad pakeistų pašalintus nukleotidus. Jei nukleotidai buvo pažymėti, pakeitimas įvyks pažymėtais nukleotidais ir pažymės DNR identifikavimui. Ši naujai susintetinta pažymėta DNR gali būti naudojama kaip zondai įvairiose molekulinės biologijos hibridizacijos reakcijose.
01 pav.: Slapyvardžio vertimo procesas
Kas yra „Primer Extension“?
Pradmenų išplėtimas yra metodas, naudojamas norint rasti specifinę RNR seką iš RNR mišinio ir nustatyti 5' mRNR transkripto galą. Jis taip pat naudojamas tiriant RNR struktūrą ir ekspresiją. Pradmenų pratęsimo metodas atliekamas naudojant žymėtus pradmenis arba su pažymėtais nukleotidais. Jei naudojami žymėti pradmenys, nereikia žymėti nukleotidų, kurie naudojami cDNR sintezei. Šioje technikoje yra keli žingsniai. Jis prasideda RNR išskyrimu iš mėginio. Tada į mišinį pridedamas pažymėtas oligonukleotidinis pradmuo kartu su būtinomis sudedamosiomis dalimis, kad būtų susintetinta specifinės RNR sekos cDNR. Gruntas atkaitinamas su papildoma seka iš mišinio. Naudodamas pradmenų atkaitintą seką kaip šabloną, fermentas atvirkštinė transkriptazė sintezuoja RNR sekos komplementariąją DNR (cDNR). Pradmenų susijungimas ir atvirkštinė transkripcija vyksta tik tada, kai mėginyje yra specifinė RNR seka. Galiausiai, kai atliekama denatūruojančio gelio elektroforezė, galima nustatyti RNR sekos dydį. Pradmenų pratęsimo metodu taip pat lengva rasti mRNR (transkripcijos pradžios vietos) sekos +1 bazę. Šiuo metodu galima nustatyti mRNR kiekį mėginyje, jei naudojamas pradmenų perteklius.
02 pav.: Grunto plėtinys
Kuo skiriasi Nick Translation ir Primer Extension?
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Nicko vertimas yra procesas, kurio metu sukuriami pažymėti DNR zondai įvairioms hibridizacijos reakcijoms. | Primer pratęsimas yra metodas, naudojamas specifinei RNR rasti arba genų ekspresijai tirti. |
| Naudojami fermentai | |
| Naudojama DNazė 1 ir DNR polimerazės fermentai. | Naudojamas atvirkštinės transkriptazės fermentas. |
| Svarbu | |
| Slaptažodžio vertimas palengvina konkrečios DNR sekos žymėjimą. | Primer išplėtimas leidžia aptikti specifinį mRNR sekos dydį ir kiekį mėginyje. |
Santrauka – Nick Translation vs Primer Extension
Nicko vertimas yra metodas, naudojamas pažymėtiems zondams sintetinti, remiantis DNazės 1 ir E coli DNR polimerazės 1 fermentų aktyvumu. Tai in vitro metodas, naudojamas laboratorijose prieš įvairius hibridizacijos metodus. Vykstant slapyvardžiui, DNR polimerazės 1 5'-3' egzonukleazės aktyvumas pašalina nukleotidus prieš slapyvardį, o DNR polimerazės 1 polimerazės aktyvumas pakeičia pašalintus nukleotidus pažymėtais nukleotidais už slapyvardžio. Pradmenų pratęsimas yra metodas, naudojamas aptikti specifinį RNR nuorašą iš mišinio ir kiekybiškai įvertinti dominančios RNR dydį bei kiekį. Tai yra skirtumas tarp slapyvardžio vertimo ir pradinio plėtinio.
