Pagrindinis skirtumas tarp CDS ir ORF yra tas, kad CDS yra tikroji geno nukleotidų seka, kuri virsta b altymu, o ORF yra DNR sekos atkarpa, kuri prasideda transliacijos iniciacijos vieta (pradžios kodonu) ir baigiasi vertimo pabaigos svetainė (stop kodonas).
Genas turi kodavimo seką (CDS). Jį sudaro visi geno egzonai ir startkodonas bei stopkodonas. Tai yra tikroji geno dalis, kuri verčia ir gamina b altymą. Atviras skaitymo rėmelis arba ORF yra nukleotidų seka, esanti tarp pradžios kodono ir pabaigos kodono. ORF viduje nėra stop kodono, kuris nutrauktų genetinį kodą, kuris virsta b altymu. Prokariotuose geno CDS ir ORF yra vienodi.
Kas yra CDS?
CDS arba koduojanti seka yra geno dalis, kuri iš tikrųjų virsta b altymu. Jį sudaro egzonai ir du kodonai, žinomi kaip AUG kodonas ir stopkodonas. CDS nėra dviejų neišverstų regionų: 5 colių UTR ir 3 colių UTR. Be to, intronai neįtraukti į CDS.
01 pav.: kodavimo seka
Palyginus su visu individo genomu, koduojančios sekos yra nedidelė dalis. Kodavimo seka susideda iš būtinos nukleotidų sekos, kad būtų sudaryta b altymo aminorūgščių seka. Todėl CDS yra koncentruoti egzonai, kuriuos galima suskirstyti į nukleotidų tripletus arba kodonus. Dėl kodonų susidaro aminorūgštys.
Kas yra ORF?
Atviras skaitymo rėmelis arba ORF yra nuolatinis nukleotidų sekos ruožas, kuris prasideda pradžios kodonu ir baigiasi pabaigos kodonu. Paprastais žodžiais tariant, ORF reiškia nukleotidų sekos sritį, esančią tarp pradžios ir pabaigos kodonų. Tarp jų nėra sustabdymo kodono, nutraukiančio ORF. Nukleotidų seka tarp pradžios ir pabaigos kodono koduoja aminorūgštis. Paprastai pradžios kodonas yra ATG, o stabdymo kodonai yra TAG, TAA ir TGA. ORF suteikia funkcinį b altymą, kai transkribuojamas ir verčiamas. Taigi ORF apima pradžios kodoną, kelis kodonus vidurinėje srityje ir stop kodoną. Įdomu tai, kad ORF ilgis gali būti padalintas iš trijų.
02 pav.: Atidarykite skaitymo rėmelį
Prokariotuose, kadangi nėra intronų, ORF yra koduojanti geno seka, kuri transkribuoja tiesiogiai į mRNR. Todėl CDS ir PRF prokariotuose yra vienodi. Ieškant genų prokariotuose, nesunku aptikti ORF ir rasti geną prokariotuose. Kadangi eukariotuose yra intronų, ORF yra kodono seka, susidaranti po apdorojimo arba RNR sujungimo. ORF yra įrodymas, padedantis nuspėti geną, kol tikėtina, kad ORF yra geno dalis.
Kokie yra CDS ir ORF panašumai?
- Prokariotuose CDS ir ORF yra vienodi.
- Abu turi pradžios kodoną ir pabaigos kodoną.
- Juose yra daug nukleotidų, kuriuos galima padalyti iš trijų.
- Išvertę jie sukuria aminorūgščių sekas.
Koks skirtumas tarp CDS ir ORF?
CDS yra tikroji geno dalis, kuri virsta b altymu, o ORF yra DNR ruožas tarp pradžios kodono ir stop kodono. Taigi, tai yra pagrindinis skirtumas tarp CDS ir ORF. Be to, CDS nėra intronų, bet ORF gali turėti intronų. CDS visiškai transkribuoja į visą mRNR seką, o ORF gali būti mRNR sekos dalis. Taigi tai dar vienas skirtumas tarp CDS ir ORF.
Žemiau infografikos lentelėse pateikiami CDS ir ORF skirtumai.
Santrauka – CDS vs ORF
CDS ir ORF yra dvi svarbios geno dalys. CDS reiškia tikrąjį DNR regioną, kuris virsta b altymu. ORF yra DNR seka, kuri prasideda pradžios kodonu „ATG“ir baigiasi bet kuriuo iš trijų pabaigos kodonų (TAA, TAG arba TGA). ORF gali būti visos geno mRNR dalis. Tačiau koduojanti geno seka transkribuoja visą mRNR seką. Visi CDS yra ORF. Tačiau ne visi ORF yra CDS. Taigi čia apibendrinamas skirtumas tarp CDS ir ORF.
